Menée à partir du séquençage de l'ADN d'échantillons tumoraux prélevés sur 124 patients atteints d'un carcinome hépatocellulaire et menée à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel l'intégration dans le génome du virus de l'hépatite B favorise l'hépatocarcinogenèse en modifiant de manière profonde les structures génomiques

HBV integrations reshaping genomic structures promote hepatocellular carcinoma

Zhaoyang Qian ; Junbo Liang ; Rong Huang ; Wei Song ; Jianming Ying ; Xinyu Bi ; Jianjun Zhao ; Zhenyu Shi ; Wenjie Liu ; Jianmei Liu ; Zhiyu Li ; Jianguo Zhou ; Zhen Huang ; Yefan Zhang ; Dongbing Zhao ; Jianxiong Wu ; Liming Wang ; Xiao Chen ; Rui Mao ; Yanchi Zhou ; Lei Guo ; Hanjie Hu ; Dazhuang Ge ; Xingchen Li ; Zhiwen Luo ; Jinjie Yao ; Tengyan Li ; Qichen Chen ; Bingzhi Wang ; Zhewen Wei ; Kun Chen ; Chunfeng Qu ; Jianqiang Cai ; Yuchen Jiao ; Li Bao ; Hong Zhao

Objective : Hepatitis B virus (HBV)-related hepatocellular carcinoma (HCC), mostly characterised by HBV integrations, is prevalent worldwide. Previous HBV studies mainly focused on a few hotspot integrations. However, the oncogenic role of the other HBV integrations remains unclear. This study aimed to elucidate HBV integration-induced tumourigenesis further. Design : Here, we illuminated the genomic structures encompassing HBV integrations in 124 HCCs across ages using whole genome sequencing [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires et de xénogreffes de glioblastomes sur des modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel le régulateur d'épissage NOVA1, en se liant à des transcrits codant pour des protéines impliquées dans la régulation de l'homéostasie du cholestérol, favorise la survie des cellules cancéreuses

NOVA1 acts as an oncogenic RNA-binding protein to regulate cholesterol homeostasis in human glioblastoma cells

Saito, Yuhki ; Yang, Yanhong ; Saito, Misa ; Park, Christopher Y. ; Funato, Kosuke ; Tabar, Viviane ; Darnell, Robert B.

NOVA1 is a neuronal RNA-binding protein identified as the target antigen of a rare autoimmune disorder associated with cancer and neurological symptoms, termed paraneoplastic opsoclonus-myoclonus ataxia. Despite the strong association between NOVA1 and cancer, it has been unclear how NOVA1 function might contribute to cancer biology. In this study, we find that NOVA1 acts as an oncogenic factor in a GBM (glioblastoma multiforme) cell line established from a patient. Interestingly, NOVA1 and [...]

Menée à l'aide de données du projet "The Cancer Genome Atlas" ainsi que de lignées de cellules épithéliales mammaires et de cellules épithéliales rénales aneuploïdes, cette étude examine les effets de l'aneuploïdie sur l'évolution chromosomique des tumeurs dépourvues de mutations "conductrices"

Chromosome evolution screens recapitulate tissue-specific tumor aneuploidy patterns

Watson, Emma V. ; Lee, Jake June-Koo ; Gulhan, Doga C. ; Melloni, Giorgio E. M. ; Venev, Sergey V. ; Magesh, Rayna Y. ; Frederick, Abdulrazak ; Chiba, Kunitoshi ; Wooten, Eric C. ; Naxerova, Kamila ; Dekker, Job ; Park, Peter J. ; Elledge, Stephen J.

Whole chromosome and arm-level copy number alterations occur at high frequencies in tumors, but their selective advantages, if any, are poorly understood. Here, utilizing unbiased whole chromosome genetic screens combined with in vitro evolution to generate arm- and subarm-level events, we iteratively selected the fittest karyotypes from aneuploidized human renal and mammary epithelial cells. Proliferation-based karyotype selection in these epithelial lines modeled tissue-specific tumor [...]

Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel le stress chronique favorise le développement de métastases en modifiant le microenvironnement tumoral via le changement du rythme circadien des neutrophiles et la formation par ces derniers de pièges extracellulaires

Chronic stress increases metastasis via neutrophil-mediated changes to the microenvironment

He, Xue-Yan ; Gao, Yuan ; Ng, David ; Michalopoulou, Evdokia ; George, Shanu ; Adrover, Jose M. ; Sun, Lijuan ; Albrengues, Jean ; Daßler-Plenker, Juliane ; Han, Xiao ; Wan, Ledong ; Wu, Xiaoli Sky ; Shui, Longling S. ; Huang, Yu-Han ; Liu, Bodu ; Su, Chang ; Spector, David L. ; Vakoc, Christopher R. ; Van Aelst, Linda ; Egeblad, Mikala

Chronic stress is associated with increased risk of metastasis and poor survival in cancer patients, yet the reasons are unclear. We show that chronic stress increases lung metastasis from disseminated cancer cells 2- to 4-fold in mice. Chronic stress significantly alters the lung microenvironment, with fibronectin accumulation, reduced T cell infiltration, and increased neutrophil infiltration. Depleting neutrophils abolishes stress-induced metastasis. Chronic stress shifts normal circadian [...]

Menée à l'aide de modèles murins et d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un glioblastome, cette étude identifie une population de cellules endothéliales impliquées dans la polarisation des macrophages vers un profil immunosuppresseur et la résistance des cellules cancéreuses aux immunothérapies

An immunosuppressive vascular niche drives macrophage polarization and immunotherapy resistance in glioblastoma

Yang, Fan ; Akhtar, Md Naushad ; Zhang, Duo ; El-Mayta, Rakan ; Shin, Junyoung ; Dorsey, Jay F. ; Zhang, Lin ; Xu, Xiaowei ; Guo, Wei ; Bagley, Stephen J. ; Fuchs, Serge Y ; Koumenis, Constantinos ; Lathia, Justin D. ; Mitchell, Michael J. ; Gong, Yanqing ; Fan, Yi

Cancer immunity is subjected to spatiotemporal regulation by leukocyte interaction with neoplastic and stromal cells, contributing to immune evasion and immunotherapy resistance. Here, we identify a distinct mesenchymal-like population of endothelial cells (ECs) that form an immunosuppressive vascular niche in glioblastoma (GBM). We reveal a spatially restricted, Twist1/SATB1-mediated sequential transcriptional activation mechanism, through which tumor ECs produce osteopontin to promote [...]

Menée à l'aide de modèles murins ainsi que d'échantillons de tissus pulmonaires sains et de tissus tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un adénocarcinome du poumon de stade précoce, cette étude met en évidence des états cellulaires à l'origine du développement tumoral

An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma

Han, Guangchun ; Sinjab, Ansam ; Rahal, Zahraa ; Lynch, Anne M. ; Treekitkarnmongkol, Warapen ; Liu, Yuejiang ; Serrano, Alejandra G. ; Feng, Jiping ; Liang, Ke ; Khan, Khaja ; Lu, Wei ; Hernandez, Sharia D. ; Liu, Yunhe ; Cao, Xuanye ; Dai, Enyu ; Pei, Guangsheng ; Hu, Jian ; Abaya, Camille ; Gomez-Bolanos, Lorena I. ; Peng, Fuduan ; Chen, Minyue ; Parra, Edwin R. ; Cascone, Tina ; Sepesi, Boris ; Moghaddam, Seyed Javad ; Scheet, Paul ; Negrão, Marcelo V. ; Heymach, John V. ; Li, Mingyao ; Dubinett, Steven M. ; Stevenson, Christopher S. ; Spira, Avrum E. ; Fujimoto, Junya ; Solis, Luisa M. ; Wistuba, Ignacio I. ; Chen, Jichao ; Wang, Linghua ; Kadara, Humam

Understanding the cellular processes that underlie early lung adenocarcinoma (LUAD) development is needed to devise intervention strategies. Here we studied 246,102 single epithelial cells from 16 early-stage LUADs and 47 matched normal lung samples. Epithelial cells comprised diverse normal and cancer cell states, and diversity among cancer cells was strongly linked to LUAD-specific oncogenic drivers. KRAS mutant cancer cells showed distinct transcriptional features, reduced differentiation [...]

Menée à partir d'échantillons sanguins et d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un glioblastome, cette étude identifie, dans le microenvironnement tumoral, une population de lymphocytes T CD8+ exprimant la granzyme K

Glioblastoma-infiltrating CD8+ T cells are predominantly a clonally expanded GZMK+ effector population

Wang, Anthony Z. ; Mashimo, Bryce L. ; Schaettler, Maximilian O. ; Sherpa, Ngima D. ; Leavitt, Lydia A. ; Livingstone, Alexandra J. ; Khan, Saad M. ; Li, Mao ; Anzaldua-Campos, Markus I. ; Bradley, Joseph D. ; Leuthardt, Eric C. ; Kim, Albert H. ; Dowling, Joshua L. ; Chicoine, Michael R. ; Jones, Pamela S. ; Choi, Bryan D. ; Cahill, Daniel P. ; Carter, Bob S. ; Petti, Allegra A. ; Johanns, Tanner M. ; Dunn, Gavin P.

Recent clinical trials have highlighted the limited efficacy of T cell-based immunotherapy in patients with glioblastoma (GBM). To better understand the characteristics of tumor-infiltrating lymphocytes (TIL) in GBM, we performed cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing (CITE-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) with paired V(D)J sequencing, respectively, on TIL from two cohorts of patients totaling 15 patients with high grade glioma, including GBM or [...]