Menée à l'aide de lignées cellulaires et de données génomiques portant sur 780 cas de cancer mammaire, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel des translocations induites par les estrogènes favorisent l'amplification d'oncogènes via la formation de ponts chromosomiques

ERα-associated translocations underlie oncogene amplifications in breast cancer

Lee, Jake June-Koo ; Jung, Youngsook Lucy ; Cheong, Taek-Chin ; Espejo Valle-Inclan, Jose ; Chu, Chong ; Gulhan, Doga C. ; Ljungström, Viktor ; Jin, Hu ; Viswanadham, Vinayak V. ; Watson, Emma V. ; Cortés-Ciriano, Isidro ; Elledge, Stephen J. ; Chiarle, Roberto ; Pellman, David ; Park, Peter J.

Focal copy-number amplification is an oncogenic event. Although recent studies have revealed the complex structure1–3 and the evolutionary trajectories4 of oncogene amplicons, their origin remains poorly understood. Here we show that focal amplifications in breast cancer frequently derive from a mechanism—which we term translocation–bridge amplification—involving inter-chromosomal translocations that lead to dicentric chromosome bridge formation and breakage. In 780 breast cancer genomes, we [...]

Menée à l'aide d'organoïdes et à partir de l'analyse génomique de différentes régions d'échantillons tumoraux prélevés sur 148 patientes atteintes d'un carcinome séreux ovarien de haut grade, cette étude identifie trois états évolutifs distincts associés à la réponse thérapeutique

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma

Lahtinen, Alexandra ; Lavikka, Kari ; Virtanen, Anni ; Li, Yilin ; Jamalzadeh, Sanaz ; Skorda, Aikaterini ; Lauridsen, Anna Røssberg ; Zhang, Kaiyang ; Marchi, Giovanni ; Isoviita, Veli-Matti ; Ariotta, Valeria ; Lehtonen, Oskari ; Muranen, Taru A. ; Huhtinen, Kaisa ; Carpen, Olli ; Hietanen, Sakari ; Senkowski, Wojciech ; Kallunki, Tuula ; Häkkinen, Antti ; Hynninen, Johanna ; Oikkonen, Jaana ; Hautaniemi, Sampsa

Ovarian high-grade serous carcinoma (HGSC) is typically diagnosed at an advanced stage, with multiple genetically heterogeneous clones existing in the tumors long before therapeutic intervention. Herein we integrate clonal composition and topology using whole-genome sequencing data from 510 samples of 148 patients with HGSC in the prospective, longitudinal, multiregion DECIDER study. Our results reveal three evolutionary states, which have distinct features in genomics, pathways, and [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires, d'échantillons tumoraux et de modèles murins de glioblastome, cette étude met en évidence un mécanisme favorisant l'immunosuppression et la croissance tumorale via la modification du catabolisme de la lysine par les cellules souches cancéreuses

Lysine catabolism reprograms tumour immunity through histone crotonylation

Yuan, Huairui ; Wu, Xujia ; Wu, Qiulian ; Chatoff, Adam ; Megill, Emily ; Gao, Jinjun ; Huang, Tengfei ; Duan, Tingting ; Yang, Kailin ; Jin, Chunyu ; Yuan, Fanen ; Wang, Shuai ; Zhao, Linjie ; Zinn, Pascal O. ; Abdullah, Kalil G. ; Zhao, Yingming ; Snyder, Nathaniel W. ; Rich, Jeremy N.

Cancer cells rewire metabolism to favour the generation of specialized metabolites that support tumour growth and reshape the tumour microenvironment1,2. Lysine functions as a biosynthetic molecule, energy source and antioxidant3–5, but little is known about its pathological role in cancer. Here we show that glioblastoma stem cells (GSCs) reprogram lysine catabolism through the upregulation of lysine transporter SLC7A2 and crotonyl-coenzyme A (crotonyl-CoA)-producing enzyme glutaryl-CoA [...]

Menée à l'aide d'organoïdes, de données cliniques et d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un cancer gastrique, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel les cellules souches cancéreuses, lors d'un manque de glutamine, se protègent des espèces réactives de l'oxygène issues des mitochondries en augmentant le niveau d'expression de la 3 phosphoglycérate déshydrogénase

PHGDH preserves one-carbon cycle to confer metabolic plasticity in chemoresistant gastric cancer during nutrient stress

Yoon, Bo Kyung ; Kim, Hyeonhui ; Oh, Tae Gyu ; Oh, Se Kyu ; Jo, Sugyeong ; Kim, Minki ; Chun, Kyu-Hye ; Hwang, Nahee ; Lee, Suji ; Jin, Suyon ; Atkins, Annette R. ; Yu, Ruth T. ; Downes, Michael ; Kim, Jae-woo ; Kim, Hyunkyung ; Evans, Ronald M. ; Cheong, Jae-Ho ; Fang, Sungsoon

Molecular classification of gastric cancer (GC) identified a subgroup of patients showing chemoresistance and poor prognosis, termed SEM (Stem-like/Epithelial-to-mesenchymal transition/Mesenchymal) type in this study. Here, we show that SEM-type GC exhibits a distinct metabolic profile characterized by high glutaminase (GLS) levels. Unexpectedly, SEM-type GC cells are resistant to glutaminolysis inhibition. We show that under glutamine starvation, SEM-type GC cells up-regulate the 3 [...]

Menée à partir de données transcriptomiques et génomiques du projet "The Cancer Genome Atlas" et de données cliniques du "PanCancer Atlas consortium" portant sur des patients atteints d'un cancer colorectal, d'un cancer de l'estomac ou d'un cancer de l'endomètre, cette étude met en évidence une association entre le microbiome intratumoral et l'instabilité des microsatellites

The intratumor microbiome is associated with microsatellite instability

Byrd, Doratha A ; Fan, Wenyi ; Greathouse, K Leigh ; Wu, Michael C ; Xie, Hao ; Wang, Xuefeng

Intratumoral microbes may have multifunctional roles in carcinogenesis. Microsatellite instability (MSI) is associated with higher tumor immunity and mutational burden. Using whole transcriptome and whole genome sequencing microbial abundance data, we investigated associations of intratumoral microbes with MSI, survival, and MSI-relevant tumor molecular characteristics across multiple cancer types including colorectal cancer (CRC), stomach adenocarcinoma, and endometrial carcinoma. Among CRC [...]

Cet article analyse les mécanismes par lesquels les modifications m6A de l'ARN messager influencent l'expression des protéines, les voies moléculaires et les phénotypes cellulaires puis examine le rôle et les implications de ces modifications dans les cancers

The roles and implications of RNA m6A modification in cancer

Deng, Xiaolan ; Qing, Ying ; Horne, David ; Huang, Huilin ; Chen, Jianjun

N6-Methyladenosine (m6A), the most prevalent internal modification in eukaryotic mRNA, has been extensively and increasingly studied over the past decade. Dysregulation of RNA m6A modification and its associated machinery, including writers, erasers and readers, is frequently observed in various cancer types, and the dysregulation profiles might serve as diagnostic, prognostic and/or predictive biomarkers. Dysregulated m6A modifiers have been shown to function as oncoproteins or tumour [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires et de modèles murins de cancer du pancréas, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel le ribose dérivé de l'uridine alimente les cellules cancéreuses lorsque la quantité de glucose est restreinte

Uridine-derived ribose fuels glucose-restricted pancreatic cancer

Nwosu, Zeribe C. ; Ward, Matthew H. ; Sajjakulnukit, Peter ; Poudel, Pawan ; Ragulan, Chanthirika ; Kasperek, Steven ; Radyk, Megan ; Sutton, Damien ; Menjivar, Rosa E. ; Andren, Anthony ; Apiz-Saab, Juan J. ; Tolstyka, Zachary ; Brown, Kristee ; Lee, Ho-Joon ; Dzierozynski, Lindsey N. ; He, Xi ; Ps, Hari ; Ugras, Julia ; Nyamundanda, Gift ; Zhang, Li ; Halbrook, Christopher J. ; Carpenter, Eileen S. ; Shi, Jiaqi ; Shriver, Leah P. ; Patti, Gary J. ; Muir, Alexander ; Pasca di Magliano, Marina ; Sadanandam, Anguraj ; Lyssiotis, Costas A.

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) is a lethal disease notoriously resistant to therapy1,2. This is mediated in part by a complex tumour microenvironment3, low vascularity4, and metabolic aberrations5,6. Although altered metabolism drives tumour progression, the spectrum of metabolites used as nutrients by PDA remains largely unknown. Here we identified uridine as a fuel for PDA in glucose-deprived conditions by assessing how more than 175 metabolites impacted metabolic activity in 21 [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires, de cellules mononucléées du sang périphérique et d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un glioblastome, cette étude met en évidence le rôle de peptides microbiens dans l'activation des lymphocytes intratumoraux

Microbial peptides activate tumour-infiltrating lymphocytes in glioblastoma

Naghavian, Reza ; Faigle, Wolfgang ; Oldrati, Pietro ; Wang, Jian ; Toussaint, Nora C. ; Qiu, Yuhan ; Medici, Gioele ; Wacker, Marcel ; Freudenmann, Lena K. ; Bonté, Pierre-Emmanuel ; Weller, Michael ; Regli, Luca ; Amigorena, Sebastian ; Rammensee, Hans-Georg ; Walz, Juliane S. ; Brugger, Silvio D. ; Mohme, Malte ; Zhao, Yingdong ; Sospedra, Mireia ; Neidert, Marian C. ; Martin, Roland

Microbial organisms have key roles in numerous physiological processes in the human body and have recently been shown to modify the response to immune checkpoint inhibitors1,2. Here we aim to address the role of microbial organisms and their potential role in immune reactivity against glioblastoma. We demonstrate that HLA molecules of both glioblastoma tissues and tumour cell lines present bacteria-specific peptides. This finding prompted us to examine whether tumour-infiltrating lymphocytes [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires et d'un modèle murin de glioblastome, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la sous-unité régulatrice de la ribonucléotide réductase RRM2 favorise la résistance des cellules cancéreuses au témozolomide en induisant la synthèse de certains désoxynucléosides triphosphates

Ribonucleotide reductase regulatory subunit M2 drives glioblastoma TMZ resistance through modulation of dNTP production

Perrault, Ella N. ; Shireman, Jack M. ; Ali, Eunus S. ; Lin, Peiyu ; Preddy, Isabelle ; Park, Cheol ; Budhiraja, Shreya ; Baisiwala, Shivani ; Dixit, Karan ; James, C. David ; Heiland, Dieter H ; Ben-Sahra, Issam ; Pott, Sebastian ; Basu, Anindita ; Miska, Jason ; Ahmed, Atique U.

During therapy, adaptations driven by cellular plasticity are partly responsible for driving the inevitable recurrence of glioblastoma (GBM). To investigate plasticity-induced adaptation during standard-of-care chemotherapy temozolomide (TMZ), we performed in vivo single-cell RNA sequencing in patient-derived xenograft (PDX) tumors of GBM before, during, and after therapy. Comparing single-cell transcriptomic patterns identified distinct cellular populations present during TMZ therapy. Of [...]

Menée à partir de l'analyse d'échantillons cervicaux provenant de 710 femmes, cette étude met en évidence une association entre la présence de polymorphismes à simple nucléotide au niveau de gènes impliqués dans le système de réparation non homologue de l'ADN et l'intégration des papillomavirus humains de type 16 ou 18 dans les cellules cervicales dysplasiques

Polymorphisms in the non-homologous end-joining DNA repair pathway are associated with HPV integration in cervical dysplasia

Geris, Jennifer M. ; Amirian, E. Susan. ; Marquez-Do, Deborah A. ; Guillaud, Martial ; Dillon, Laura M. ; Follen, Michele ; Scheurer, Michael E.

Previous evidence indicates that HPV integration status may be associated with cervical cancer development and progression. However, host genetic variation within genes that may play important roles in the viral integration process is understudied. The aim of this study was to examine the association between HPV16 and HPV18 viral integration status and single nucleotide polymorphisms (SNPs) in non-homologous end-joining (NHEJ) DNA repair pathway genes on cervical dysplasia. Women enrolled in [...]

Cet articles passe en revue les découvertes récentes concernant la biologie et le traitement des cholangiocarcinomes

Cholangiocarcinoma — novel biological insights and therapeutic strategies

Ilyas, Sumera I. ; Affò, Silvia ; Goyal, Lipika ; Lamarca, Angela ; Sapisochin, Gonzalo ; Yang, Ju Dong ; Gores, Gregory J.

In the past 5 years, important advances have been made in the scientific understanding and clinical management of cholangiocarcinoma (CCA). The cellular immune landscape of CCA has been characterized and tumour subsets with distinct immune microenvironments have been defined using molecular approaches. Among these subsets, the identification of ‘immune-desert’ tumours that are relatively devoid of immune cells emphasizes the need to consider the tumour immune microenvironment in the development [...]