A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" (12 types de tumeurs) et analysées à l'aide d'un modèle statistique appelé "xseq", cette étude identifie un ensemble de mutations somatiques exerçant une influence sur l'expression de certains gènes

Systematic analysis of somatic mutations impacting gene expression in 12 tumour types

Ding, Jiarui ; McConechy, Melissa K. ; Horlings, Hugo M. ; Ha, Gavin ; Chun Chan, Fong ; Funnell, Tyler ; Mullaly, Sarah C. ; Reimand, Jüri ; Bashashati, Ali ; Bader, Gary D. ; Huntsman, David ; Aparicio, Samuel ; Condon, Anne ; Shah, Sohrab P.

We present a novel hierarchical Bayes statistical model, xseq, to systematically quantify the impact of somatic mutations on expression profiles. We establish the theoretical framework and robust inference characteristics of the method using computational benchmarking. We then use xseq to analyse thousands of tumour data sets available through The Cancer Genome Atlas, to systematically quantify somatic mutations impacting expression profiles. We identify 30 novel cis-effect tumour suppressor [...]

Menée sur 67 patients atteints d'une leucémie myéloïde aiguë avec duplication interne en tandem du gène FLT3, cette étude analyse l'évolution des profils de mutations somatiques lors du diagnostic et de la récidive

Profiling of somatic mutations of acute myeloid leukemia, FLT3-ITD subgroup at diagnosis and relapse

Garg, Manoj ; Nagata, Yasunobu ; Kanojia, Deepika ; M.T, Anand ; Yoshida, Kenichi ; Keloth, Sreya Haridas ; Jiang, Zang Zhi ; Okuno, Yusuke ; Shiraishi, Yuichi ; Chiba, Kenichi ; Tanaka, Hiroko ; Miyano, Satoru ; Ding, Ling-Wen ; Alpermann, Tamara ; Sun, Qiao-Yang ; Lin, De-Chen ; Chien, Wenwen ; Madan, Vikas ; Liu, Li-Zhen ; Tan, Kar-Tong ; Sampath, Abhishek ; Venkatesan, Subhashree ; Inokuchi, Koiti ; Wakita, Satoshi ; Yamaguchi, Hiroki ; Chng, Wee Joo ; Kham, Shirley-Kow Yin ; Yeoh, Allen Eng-Juh ; Sanada, Masashi ; Schiller, Joanna ; Kreuzer, Karl-Anton ; Kornblau, Steven M. ; Kantarjian, Hagop M. ; Haferlach, Torsten ; Lill, Michael ; Kuo, Ming-Chung ; Shih, Lee-Yung ; Blau, Igor-Wolfgang ; Blau, Olga ; Yang, Henry ; Ogawa, Seishi ; Koeffler, H. Phillip

MLL3 acts as tumor suppressor in FLT3-ITD AML.Existence of DNMT3A mutations in remission samples implies that the DNMT3A mutant clone can survive the induction chemotherapy. Acute myeloid leukemia (AML) with a FLT3 internal tandem duplication (FLT3-ITD) mutation is an aggressive hematologic malignancy with a grave prognosis. To identify mutational spectrum associated with relapse, whole exome sequencing was performed on 13 matched diagnosis, relapse and remission trios followed by targeted [...]

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 13 patients atteints d'un lymphome de Burkitt avec translocation IG-MYC, sur 9 patients atteints d'un lymphome folliculaire avec translocation BCL2 et sur 4 patients atteints d'un lymphome à cellules B du centre germinatif, cette étude met en évidence une méthylation différente de certaines régions génomiques en association avec des mutations somatiques et le contrôle de la transcription dans des voies de signalisation clés des lymphocytes B

DNA methylome analysis in Burkitt and follicular lymphomas identifies differentially methylated regions linked to somatic mutation and transcriptional control

Kretzmer, Helene ; Bernhart, Stephan H. ; Wang, Wei ; Haake, Andrea ; Weniger, Marc A. ; Bergmann, Anke K. ; Betts, Matthew J. ; Carrillo-de-Santa-Pau, Enrique ; Doose, Gero ; Gutwein, Jana ; Richter, Julia ; Hovestadt, Volker ; Huang, Bingding ; Rico, Daniel ; Juhling, Frank ; Kolarova, Julia ; Lu, Qianhao ; Otto, Christian ; Wagener, Rabea ; Arnolds, Judith ; Burkhardt, Birgit ; Claviez, Alexander ; Drexler, Hans G. ; Eberth, Sonja ; Eils, Roland ; Flicek, Paul ; Haas, Siegfried ; Hummel, Michael ; Karsch, Dennis ; Kerstens, Hinrik H. D. ; Klapper, Wolfram ; Kreuz, Markus ; Lawerenz, Chris ; Lenze, Dido ; Loeffler, Markus ; Lopez, Cristina ; MacLeod, Roderick A. F. ; Martens, Joost H. A. ; Kulis, Marta ; Martin-Subero, Jose Ignacio ; Moller, Peter ; Nagel, Inga ; Picelli, Simone ; Vater, Inga ; Rohde, Marius ; Rosenstiel, Philip ; Rosolowski, Maciej ; Russell, Robert B. ; Schilhabel, Markus ; Schlesner, Matthias ; Stadler, Peter F. ; Szczepanowski, Monika ; Trümper, Lorenz ; Stunnenberg, Hendrik G. ; Icgc Mmml- Seq project ; Blueprint project ; Küppers, Ralf ; Ammerpohl, Ole ; Lichter, Peter ; Siebert, Reiner ; Hoffmann, Steve ; Radlwimmer, Bernhard

Although Burkitt lymphomas and follicular lymphomas both have features of germinal center B cells, they are biologically and clinically quite distinct. Here we performed whole-genome bisulfite, genome and transcriptome sequencing in 13 IG-MYC translocation-positive Burkitt lymphoma, nine BCL2 translocation-positive follicular lymphoma and four normal germinal center B cell samples. Comparison of Burkitt and follicular lymphoma samples showed differential methylation of intragenic regions that [...]

A partir d'échantillons de tumeurs fibro-épithéliales du sein prélevés sur 122 patientes, cette étude identifie trois profils de mutations somatiques selon le caractère bénin, malin ou intermédiaire des tumeurs

Genomic landscapes of breast fibroepithelial tumors

Tan, Jing ; Ong, Choon Kiat ; Lim, Weng Khong ; Ng, Cedric Chuan Young ; Thike, Aye Aye ; Ng, Ley Moy ; Rajasegaran, Vikneswari ; Myint, Swe Swe ; Nagarajan, Sanjanaa ; Thangaraju, Saranya ; Dey, Sucharita ; Nasir, Nur Diyana Md ; Wijaya, Giovani Claresta ; Lim, Jing Quan ; Huang, DaChuan ; Li, Zhimei ; Wong, Bernice Huimin ; Chan, Jason Yong Sheng ; McPherson, John R. ; Cutcutache, Ioana ; Poore, Gregory ; Tay, Su Ting ; Tan, Wai Jin ; Putti, Thomas Choudary ; Ahmad, Buhari Shaik ; Iau, Philip ; Chan, Ching Wan ; Tang, Anthony P. H. ; Yong, Wei Sean ; Madhukumar, Preetha ; Ho, Gay Hui ; Tan, Veronique Kiak Mien ; Wong, Chow Yin ; Hartman, Mikael ; Ong, Kong Wee ; Tan, Benita K. T. ; Rozen, Steven G. ; Tan, Patrick ; Tan, Puay Hoon ; Teh, Bin Tean

Breast fibroepithelial tumors comprise a heterogeneous spectrum of pathological entities, from benign fibroadenomas to malignant phyllodes tumors. Although MED12 mutations have been frequently found in fibroadenomas and phyllodes tumors, the landscapes of genetic alterations across the fibroepithelial tumor spectrum remain unclear. Here, by performing exome sequencing of 22 phyllodes tumors followed by targeted sequencing of 100 breast fibroepithelial tumors, we observed three distinct somatic [...]

A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas", puis menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes induisant l'expression d'une nouvelle isoforme de la protéine ALK dans environ 11% des mélanomes et, de façon sporadique, dans d'autres types de cancer

Alternative transcription initiation leads to expression of a novel ALK isoform in cancer

Wiesner, Thomas ; Lee, William ; Obenauf, Anna C. ; Ran, Leili ; Murali, Rajmohan ; Zhang, Qi Fan ; Wong, Elissa W. P. ; Hu, Wenhuo ; Scott, Sasinya N. ; Shah, Ronak H. ; Landa, Iñigo ; Button, Julia ; Lailler, Nathalie ; Sboner, Andrea ; Gao, Dong ; Murphy, Devan A. ; Cao, Zhen ; Shukla, Shipra ; Hollmann, Travis J. ; Wang, Lu ; Borsu, Laetitia ; Merghoub, Taha ; Schwartz, Gary K. ; Postow, Michael A. ; Ariyan, Charlotte E. ; Fagin, James A. ; Zheng, Deyou ; Ladanyi, Marc ; Busam, Klaus J. ; Berger, Michael F. ; Chen, Yu ; Chi, Ping

Activation of oncogenes by mechanisms other than genetic aberrations such as mutations, translocations, or amplifications is largely undefined. Here we report a novel isoform of the anaplastic lymphoma kinase (ALK) that is expressed in ~11% of melanomas and sporadically in other human cancer types, but not in normal tissues. The novel ALK transcript initiates from a de novo alternative transcription initiation (ATI) site in ALK intron 19, and was termed ALKATI. In ALKATI-expressing tumours, the [...]

A partir de données de séquençage de l'ARN et de l'exome portant sur 1 812 patients atteints d'un cancer, cette étude met en évidence de fréquentes anomalies du mécanisme d'épissage alternatif induisant l'inactivation de gènes suppresseurs de tumeurs

Intron retention is a widespread mechanism of tumor-suppressor inactivation

Jung, Hyunchul ; Lee, Donghoon ; Lee, Jongkeun ; Park, Donghyun ; Kim, Yeon Jeong ; Park, Woong-Yang ; Hong, Dongwan ; Park, Peter J. ; Lee, Eunjung

A substantial fraction of disease-causing mutations are pathogenic through aberrant splicing. Although genome profiling studies have identified somatic single-nucleotide variants (SNVs) in cancer, the extent to which these variants trigger abnormal splicing has not been systematically examined. Here we analyzed RNA sequencing and exome data from 1,812 patients with cancer and identified ~900 somatic exonic SNVs that disrupt splicing. At least 163 SNVs, including 31 synonymous ones, were shown [...]

A partir de 6 236 échantillons tumoraux prélevés sur des patients dans le cadre du projet "The Cancer Genome Atlas" (17 types de cancer), cette étude met en évidence de fréquentes modifications post-transcriptionnelles des ARNs (remplacement d'une adénosine par une inosine) et évalue leur signification clinique

The Genomic Landscape and Clinical Relevance of A-to-I RNA Editing in Human Cancers

Han, Leng ; Diao, Lixia ; Yu, Shuangxing ; Xu, Xiaoyan ; Li, Jie ; Zhang, Rui ; Yang, Yang ; Werner, Henrica M J. ; Eterovic, A.  Karina ; Yuan, Yuan ; Li, Jun ; Nair, Nikitha ; Minelli, Rosalba ; Tsang, Yiu Huen ; Cheung, Lydia W T. ; Jeong, Kang Jin ; Roszik, Jason ; Ju, Zhenlin ; Woodman, Scott E ; Lu, Yiling ; Scott, Kenneth L ; Li, Jin Billy ; Mills, Gordon B ; Liang, Han

Adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing is a widespread post-transcriptional mechanism, but its genomic landscape and clinical relevance in cancer have not been investigated systematically. We characterized the global A-to-I RNA editing profiles of 6,236 patient samples of 17 cancer types from The Cancer Genome Atlas and revealed a striking diversity of altered RNA-editing patterns in tumors relative to normal tissues. We identified an appreciable number of clinically relevant editing events, [...]