A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" et portant sur 8 705 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un cancer (32 types différents), cette étude analyse la fréquence des événements d'épissage alternatif dans les tissus tumoraux et les tissus sains

Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients

Kahles, André ; Lehmann, Kjong-Van ; Toussaint, Nora C. ; Hüser, Matthias ; Stark, Stefan G. ; Sachsenberg, Timo ; Stegle, Oliver ; Kohlbacher, Oliver ; Sander, Chris ; Caesar-Johnson, Samantha J. ; Demchok, John A. ; Felau, Ina ; Kasapi, Melpomeni ; Ferguson, Martin L. ; Hutter, Carolyn M. ; Sofia, Heidi J. ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zenklusen, Jean C. ; Zhang, Jiashan ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Cho, Juok ; Defreitas, Timothy ; Frazer, Scott ; Gehlenborg, Nils ; Getz, Gad ; Heiman, David I. ; Kim, Jaegil ; Lawrence, Michael S. ; Lin, Pei ; Meier, Sam ; Noble, Michael S. ; Saksena, Gordon ; Voet, Doug ; Zhang, Hailei ; Bernard, Brady ; Chambwe, Nyasha ; Dhankani, Varsha ; Knijnenburg, Theo ; Kramer, Roger ; Leinonen, Kalle ; Liu, Yuexin ; Miller, Michael ; Reynolds, Sheila ; Shmulevich, Ilya ; Thorsson, Vésteinn ; Zhang, Wei ; Akbani, Rehan ; Broom, Bradley M. ; Hegde, Apurva M. ; Ju, Zhenlin ; Kanchi, Rupa S. ; Korkut, Anil ; Li, Jun ; Liang, Han ; Ling, Shiyun ; Liu, Wenbin ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B. ; Ng, Kwok-Shing ; Rao, Arvind ; Ryan, Michael ; Wang, Jing ; Weinstein, John N. ; Zhang, Jiexin ; Abeshouse, Adam ; Armenia, Joshua ; Chakravarty, Debyani ; Chatila, Walid K. ; de Bruijn, Ino ; Gao, JianJiong ; Gross, Benjamin E. ; Heins, Zachary J. ; Kundra, Ritika ; La, Konnor ; Ladanyi, Marc ; Luna, Augustin ; Nissan, Moriah G. ; Ochoa, Angelica ; Phillips, Sarah M. ; Reznik, Ed ; Sanchez-Vega, Francisco ; Schultz, Nikolaus ; Sheridan, Robert ; Sumer, S. Onur ; Sun, Yichao ; Taylor, Barry S. ; Wang, Jioajiao ; Zhang, Hongxin ; Anur, Pavana ; Peto, Myron ; Spellman, Paul ; Benz, Christopher ; Stuart, Joshua M. ; Wong, Christopher K. ; Yau, Christina ; Hayes, D. Neil ; Parker, Joel S. ; Wilkerson, Matthew D. ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Bowlby, Reanne ; Brooks, Denise ; Carlsen, Rebecca ; Chuah, Eric ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert ; Jones, Steven J. M. ; Kasaian, Katayoon ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A. ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A. ; Mungall, Andrew J. ; Mungall, Karen ; Robertson, A. Gordon ; Sadeghi, Sara ; Schein, Jacqueline E. ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Berger, Ashton C. ; Beroukhim, Rameen ; Cherniack, Andrew D. ; Cibulskis, Carrie ; Gabriel, Stacey B. ; Gao, Galen F. ; Ha, Gavin ; Meyerson, Matthew ; Schumacher, Steven E. ; Shih, Juliann ; Kucherlapati, Melanie H. ; Kucherlapati, Raju S. ; Baylin, Stephen ; Cope, Leslie ; Danilova, Ludmila ; Bootwalla, Moiz S. ; Lai, Phillip H. ; Maglinte, Dennis T. ; Van Den Berg, David J. ; Weisenberger, Daniel J. ; Auman, J. Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Fan, Cheng ; Hoadley, Katherine A. ; Hoyle, Alan P. ; Jefferys, Stuart R. ; Jones, Corbin D. ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A. ; Mose, Lisle E. ; Perou, Amy H. ; Perou, Charles M. ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V. ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G. ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Fan, Huihui ; Hinoue, Toshinori ; Laird, Peter W. ; Shen, Hui ; Zhou, Wanding ; Bellair, Michelle ; Chang, Kyle ; Covington, Kyle ; Creighton, Chad J. ; Dinh, Huyen ; Doddapaneni, Harshavardhan ; Donehower, Lawrence A. ; Drummond, Jennifer ; Gibbs, Richard A. ; Glenn, Robert ; Hale, Walker ; Han, Yi ; Hu, Jianhong ; Korchina, Viktoriya ; Lee, Sandra ; Lewis, Lora ; Li, Wei ; Liu, Xiuping ; Morgan, Margaret ; Morton, Donna ; Muzny, Donna ; Santibanez, Jireh ; Sheth, Margi ; Shinbrot, Eve ; Wang, Linghua ; Wang, Min ; Wheeler, David A. ; Xi, Liu ; Zhao, Fengmei ; Hess, Julian ; Appelbaum, Elizabeth L. ; Bailey, Matthew ; Cordes, Matthew G. ; Ding, Li ; Fronick, Catrina C. ; Fulton, Lucinda A. ; Fulton, Robert S. ; Kandoth, Cyriac ; Mardis, Elaine R. ; McLellan, Michael D. ; Miller, Christopher A. ; Schmidt, Heather K. ; Wilson, Richard K. ; Crain, Daniel ; Curley, Erin ; Gardner, Johanna ; Lau, Kevin ; Mallery, David ; Morris, Scott ; Paulauskis, Joseph ; Penny, Robert ; Shelton, Candace ; Shelton, Troy ; Sherman, Mark ; Thompson, Eric ; Yena, Peggy ; Bowen, Jay ; Gastier-Foster, Julie M. ; Gerken, Mark ; Leraas, Kristen M. ; Lichtenberg, Tara M. ; Ramirez, Nilsa C. ; Wise, Lisa ; Zmuda, Erik ; Corcoran, Niall ; Costello, Tony ; Hovens, Christopher ; Carvalho, Andre L. ; de Carvalho, Ana C. ; Fregnani, José H. ; Longatto-Filho, Adhemar ; Reis, Rui M. ; Scapulatempo-Neto, Cristovam ; Silveira, Henrique C. S. ; Vidal, Daniel O. ; Burnette, Andrew ; Eschbacher, Jennifer ; Hermes, Beth ; Noss, Ardene ; Singh, Rosy ; Anderson, Matthew L. ; Castro, Patricia D. ; Ittmann, Michael ; Huntsman, David ; Kohl, Bernard ; Le, Xuan ; Thorp, Richard ; Andry, Chris ; Duffy, Elizabeth R. ; Lyadov, Vladimir ; Paklina, Oxana ; Setdikova, Galiya ; Shabunin, Alexey ; Tavobilov, Mikhail ; McPherson, Christopher ; Warnick, Ronald ; Berkowitz, Ross ; Cramer, Daniel ; Feltmate, Colleen ; Horowitz, Neil ; Kibel, Adam ; Muto, Michael ; Raut, Chandrajit P. ; Malykh, Andrei ; Barnholtz-Sloan, Jill S. ; Barrett, Wendi ; Devine, Karen ; Fulop, Jordonna ; Ostrom, Quinn T. ; Shimmel, Kristen ; Wolinsky, Yingli ; Sloan, Andrew E. ; De Rose, Agostino ; Giuliante, Felice ; Goodman, Marc ; Karlan, Beth Y. ; Hagedorn, Curt H. ; Eckman, John ; Harr, Jodi ; Myers, Jerome ; Tucker, Kelinda ; Zach, Leigh Anne ; Deyarmin, Brenda ; Hu, Hai ; Kvecher, Leonid ; Larson, Caroline ; Mural, Richard J. ; Somiari, Stella ; Vicha, Ales ; Zelinka, Tomas ; Bennett, Joseph ; Iacocca, Mary ; Rabeno, Brenda ; Swanson, Patricia ; Latour, Mathieu ; Lacombe, Louis ; Tetu, Bernard ; Bergeron, Alain ; McGraw, Mary ; Staugaitis, Susan M. ; Chabot, John ; Hibshoosh, Hanina ; Sepulveda, Antonia ; Su, Tao ; Wang, Timothy ; Potapova, Olga ; Voronina, Olga ; Desjardins, Laurence ; Mariani, Odette ; Roman-Roman, Sergio ; Sastre, Xavier ; Stern, Marc-Henri ; Cheng, Feixiong ; Signoretti, Sabina ; Berchuck, Andrew ; Bigner, Darell ; Lipp, Eric ; Marks, Jeffrey ; McCall, Shannon ; McLendon, Roger ; Secord, Angeles ; Sharp, Alexis ; Behera, Madhusmita ; Brat, Daniel J. ; Chen, Amy ; Delman, Keith ; Force, Seth ; Khuri, Fadlo ; Magliocca, Kelly ; Maithel, Shishir ; Olson, Jeffrey J. ; Owonikoko, Taofeek ; Pickens, Alan ; Ramalingam, Suresh ; Shin, Dong M. ; Sica, Gabriel ; Van Meir, Erwin G. ; Zhang, Hongzheng ; Eijckenboom, Wil ; Gillis, Ad ; Korpershoek, Esther ; Looijenga, Leendert ; Oosterhuis, Wolter ; Stoop, Hans ; van Kessel, Kim E. ; Zwarthoff, Ellen C. ; Calatozzolo, Chiara ; Cuppini, Lucia ; Cuzzubbo, Stefania ; DiMeco, Francesco ; Finocchiaro, Gaetano ; Mattei, Luca ; Perin, Alessandro ; Pollo, Bianca ; Chen, Chu ; Houck, John ; Lohavanichbutr, Pawadee ; Hartmann, Arndt ; Stoehr, Christine ; Stoehr, Robert ; Taubert, Helge ; Wach, Sven ; Wullich, Bernd ; Kycler, Witold ; Murawa, Dawid ; Wiznerowicz, Maciej ; Chung, Ki ; Edenfield, W. Jeffrey ; Martin, Julie ; Baudin, Eric ; Bubley, Glenn ; Bueno, Raphael ; De Rienzo, Assunta ; Richards, William G. ; Kalkanis, Steven ; Mikkelsen, Tom ; Noushmehr, Houtan ; Scarpace, Lisa ; Girard, Nicolas ; Aymerich, Marta ; Campo, Elias ; Giné, Eva ; Guillermo, Armando López ; Van Bang, Nguyen ; Hanh, Phan Thi ; Phu, Bui Duc ; Tang, Yufang ; Colman, Howard ; Evason, Kimberley ; Dottino, Peter R. ; Martignetti, John A. ; Gabra, Hani ; Juhl, Hartmut ; Akeredolu, Teniola ; Stepa, Serghei ; Hoon, Dave ; Ahn, Keunsoo ; Kang, Koo Jeong ; Beuschlein, Felix ; Breggia, Anne ; Birrer, Michael ; Bell, Debra ; Borad, Mitesh ; Bryce, Alan H. ; Castle, Erik ; Chandan, Vishal ; Cheville, John ; Copland, John A. ; Farnell, Michael ; Flotte, Thomas ; Giama, Nasra ; Ho, Thai ; Kendrick, Michael ; Kocher, Jean-Pierre ; Kopp, Karla ; Moser, Catherine ; Nagorney, David ; O'Brien, Daniel ; O'Neill, Brian Patrick ; Patel, Tushar ; Petersen, Gloria ; Que, Florencia ; Rivera, Michael ; Roberts, Lewis ; Smallridge, Robert ; Smyrk, Thomas ; Stanton, Melissa ; Thompson, R. Houston ; Torbenson, Michael ; Yang, Ju Dong ; Zhang, Lizhi ; Brimo, Fadi ; Ajani, Jaffer A. ; Angulo Gonzalez, Ana Maria ; Behrens, Carmen ; Bondaruk, Jolanta ; Broaddus, Russell ; Czerniak, Bogdan ; Esmaeli, Bita ; Fujimoto, Junya ; Gershenwald, Jeffrey ; Guo, Charles ; Lazar, Alexander J. ; Logothetis, Christopher ; Meric-Bernstam, Funda ; Moran, Cesar ; Ramondetta, Lois ; Rice, David ; Sood, Anil ; Tamboli, Pheroze ; Thompson, Timothy ; Troncoso, Patricia ; Tsao, Anne ; Wistuba, Ignacio ; Carter, Candace ; Haydu, Lauren ; Hersey, Peter ; Jakrot, Valerie ; Kakavand, Hojabr ; Kefford, Richard ; Lee, Kenneth ; Long, Georgina ; Mann, Graham ; Quinn, Michael ; Saw, Robyn ; Scolyer, Richard ; Shannon, Kerwin ; Spillane, Andrew ; Stretch, Jonathan ; Synott, Maria ; Thompson, John ; Wilmott, James ; Al-Ahmadie, Hikmat ; Chan, Timothy A. ; Ghossein, Ronald ; Gopalan, Anuradha ; Levine, Douglas A. ; Reuter, Victor ; Singer, Samuel ; Singh, Bhuvanesh ; Tien, Nguyen Viet ; Broudy, Thomas ; Mirsaidi, Cyrus ; Nair, Praveen ; Drwiega, Paul ; Miller, Judy ; Smith, Jennifer ; Zaren, Howard ; Park, Joong-Won ; Hung, Nguyen Phi ; Kebebew, Electron ; Linehan, W. Marston ; Metwalli, Adam R. ; Pacak, Karel ; Pinto, Peter A. ; Schiffman, Mark ; Schmidt, Laura S. ; Vocke, Cathy D. ; Wentzensen, Nicolas ; Worrell, Robert ; Yang, Hannah ; Moncrieff, Marc ; Goparaju, Chandra ; Melamed, Jonathan ; Pass, Harvey ; Botnariuc, Natalia ; Caraman, Irina ; Cernat, Mircea ; Chemencedji, Inga ; Clipca, Adrian ; Doruc, Serghei ; Gorincioi, Ghenadie ; Mura, Sergiu ; Pirtac, Maria ; Stancul, Irina ; Tcaciuc, Diana ; Albert, Monique ; Alexopoulou, Iakovina ; Arnaout, Angel ; Bartlett, John ; Engel, Jay ; Gilbert, Sebastien ; Parfitt, Jeremy ; Sekhon, Harman ; Thomas, George ; Rassl, Doris M. ; Rintoul, Robert C. ; Bifulco, Carlo ; Tamakawa, Raina ; Urba, Walter ; Hayward, Nicholas ; Timmers, Henri ; Antenucci, Anna ; Facciolo, Francesco ; Grazi, Gianluca ; Marino, Mirella ; Merola, Roberta ; De Krijger, Ronald ; Gimenez-Roqueplo, Anne-Paule ; Piché, Alain ; Chevalier, Simone ; McKercher, Ginette ; Birsoy, Kivanc ; Barnett, Gene ; Brewer, Cathy ; Farver, Carol ; Naska, Theresa ; Pennell, Nathan A. ; Raymond, Daniel ; Schilero, Cathy ; Smolenski, Kathy ; Williams, Felicia ; Morrison, Carl ; Borgia, Jeffrey A. ; Liptay, Michael J. ; Pool, Mark ; Seder, Christopher W. ; Junker, Kerstin ; Omberg, Larsson ; Dinkin, Mikhail ; Manikhas, George ; Alvaro, Domenico ; Bragazzi, Maria Consiglia ; Cardinale, Vincenzo ; Carpino, Guido ; Gaudio, Eugenio ; Chesla, David ; Cottingham, Sandra ; Dubina, Michael ; Moiseenko, Fedor ; Dhanasekaran, Renumathy ; Becker, Karl-Friedrich ; Janssen, Klaus-Peter ; Slotta-Huspenina, Julia ; Abdel-Rahman, Mohamed H. ; Aziz, Dina ; Bell, Sue ; Cebulla, Colleen M. ; Davis, Amy ; Duell, Rebecca ; Elder, J. Bradley ; Hilty, Joe ; Kumar, Bahavna ; Lang, James ; Lehman, Norman L. ; Mandt, Randy ; Nguyen, Phuong ; Pilarski, Robert ; Rai, Karan ; Schoenfield, Lynn ; Senecal, Kelly ; Wakely, Paul ; Hansen, Paul ; Lechan, Ronald ; Powers, James ; Tischler, Arthur ; Grizzle, William E. ; Sexton, Katherine C. ; Kastl, Alison ; Henderson, Joel ; Porten, Sima ; Waldmann, Jens ; Fassnacht, Martin ; Asa, Sylvia L. ; Schadendorf, Dirk ; Couce, Marta ; Graefen, Markus ; Huland, Hartwig ; Sauter, Guido ; Schlomm, Thorsten ; Simon, Ronald ; Tennstedt, Pierre ; Olabode, Oluwole ; Nelson, Mark ; Bathe, Oliver ; Carroll, Peter R. ; Chan, June M. ; DiSaia, Philip ; Glenn, Pat ; Kelley, Robin K. ; Landen, Charles N. ; Phillips, Joanna ; Prados, Michael ; Simko, Jeffry ; Smith-McCune, Karen ; VandenBerg, Scott ; Roggin, Kevin ; Fehrenbach, Ashley ; Kendler, Ady ; Sifri, Suzanne ; Steele, Ruth ; Jimeno, Antonio ; Carey, Francis ; Forgie, Ian ; Mannelli, Massimo ; Carney, Michael ; Hernandez, Brenda ; Campos, Benito ; Herold-Mende, Christel ; Jungk, Christin ; Unterberg, Andreas ; von Deimling, Andreas ; Bossler, Aaron ; Galbraith, Joseph ; Jacobus, Laura ; Knudson, Michael ; Knutson, Tina ; Ma, Deqin ; Milhem, Mohammed ; Sigmund, Rita ; Godwin, Andrew K. ; Madan, Rashna ; Rosenthal, Howard G. ; Adebamowo, Clement ; Adebamowo, Sally N. ; Boussioutas, Alex ; Beer, David ; Giordano, Thomas ; Mes-Masson, Anne-Marie ; Saad, Fred ; Bocklage, Therese ; Landrum, Lisa ; Mannel, Robert ; Moore, Kathleen ; Moxley, Katherine ; Postier, Russel ; Walker, Joan ; Zuna, Rosemary ; Feldman, Michael ; Valdivieso, Federico ; Dhir, Rajiv ; Luketich, James ; Mora Pinero, Edna M. ; Quintero-Aguilo, Mario ; Carlotti, Carlos Gilberto, Jr. ; Dos Santos, Jose Sebastião ; Kemp, Rafael ; Sankarankuty, Ajith ; Tirapelli, Daniela ; Catto, James ; Agnew, Kathy ; Swisher, Elizabeth ; Creaney, Jenette ; Robinson, Bruce ; Shelley, Carl Simon ; Godwin, Eryn M. ; Kendall, Sara ; Shipman, Cassaundra ; Bradford, Carol ; Carey, Thomas ; Haddad, Andrea ; Moyer, Jeffey ; Peterson, Lisa ; Prince, Mark ; Rozek, Laura ; Wolf, Gregory ; Bowman, Rayleen ; Fong, Kwun M. ; Yang, Ian ; Korst, Robert ; Rathmell, W. Kimryn ; Fantacone-Campbell, J. Leigh ; Hooke, Jeffrey A. ; Kovatich, Albert J. ; Shriver, Craig D. ; DiPersio, John ; Drake, Bettina ; Govindan, Ramaswamy ; Heath, Sharon ; Ley, Timothy ; Van Tine, Brian ; Westervelt, Peter ; Rubin, Mark A. ; Lee, Jung Il ; Aredes, Natália D. ; Mariamidze, Armaz ; Ratsch, Gunnar

Our comprehensive analysis of alternative splicing across 32 The Cancer Genome Atlas cancer types from 8,705 patients detects alternative splicing events and tumor variants by reanalyzing RNA and whole-exome sequencing data. Tumors have up to 30% more alternative splicing events than normal samples. Association analysis of somatic variants with alternative splicing events confirmed known trans associations with variants in SF3B1 and U2AF1 and identified additional trans-acting variants (e.g., [...]

Menée à l'aide de modèles murins de neuroblastome, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une activation de la voie de signalisation RAS-MAPK favorise la progression tumorale, notamment à la suite d'une perte d'expression du gène CIC

RAS-MAPK pathway-driven tumor progression is associated with loss of CIC and other genomic aberrations in neuroblastoma

Eleveld, Thomas F. ; Schild, Linda ; Koster, Jan ; Zwijnenburg, Danny A. ; Alles, Lindy K. ; Ebus, Marli E. ; Volckmann, Richard ; Tytgat, Godelieve A. M. ; van Sluis, Peter ; Versteeg, Rogier ; Molenaar, Jan J.

Mutations affecting the RAS-MAPK pathway frequently occur in relapsed neuroblastoma tumors, which suggests that activation of this pathway is associated with a more aggressive phenotype. To explore this hypothesis, we generated several model systems to define a neuroblastoma RAS-MAPK pathway signature. Activation of this pathway in primary tumors indeed correlated with poor survival and was associated with known activating mutations in ALK and other RAS-MAPK pathway genes. Integrative analysis [...]

Menée initialement à partir de 117 échantillons tumoraux prélevés sur des patientes atteintes d'un cancer ovarien séreux de haut grade, puis validée sur une cohorte complémentaire de 527 patientes, cette étude analyse la diversité des anomalies des nombres de copies de gènes

Copy number signatures and mutational processes in ovarian carcinoma

Macintyre, Geoff ; Goranova, Teodora E. ; De Silva, Dilrini ; Ennis, Darren ; Piskorz, Anna M. ; Eldridge, Matthew ; Sie, Daoud ; Lewsley, Liz-Anne ; Hanif, Aishah ; Wilson, Cheryl ; Dowson, Suzanne ; Glasspool, Rosalind M. ; Lockley, Michelle ; Brockbank, Elly ; Montes, Ana ; Walther, Axel ; Sundar, Sudha ; Edmondson, Richard ; Hall, Geoff D. ; Clamp, Andrew ; Gourley, Charlie ; Hall, Marcia ; Fotopoulou, Christina ; Gabra, Hani ; Paul, James ; Supernat, Anna ; Millan, David ; Hoyle, Aoisha ; Bryson, Gareth ; Nourse, Craig ; Mincarelli, Laura ; Sanchez, Luis Navarro ; Ylstra, Bauke ; Jimenez-Linan, Mercedes ; Moore, Luiza ; Hofmann, Oliver ; Markowetz, Florian ; McNeish, Iain A. ; Brenton, James D.

The genomic complexity of profound copy number aberrations has prevented effective molecular stratification of ovarian cancers. Here, to decode this complexity, we derived copy number signatures from shallow whole-genome sequencing of 117 high-grade serous ovarian cancer (HGSOC) cases, which were validated on 527 independent cases. We show that HGSOC comprises a continuum of genomes shaped by multiple mutational processes that result in known patterns of genomic aberration. Copy number [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes de nature métabolique par lesquels la protéine DPYSL4, dont l'expression est régulée par le suppresseur de tumeurs p53, inhibe la croissance tumorale et le processus métastatique

p53-inducible DPYSL4 associates with mitochondrial supercomplexes and regulates energy metabolism in adipocytes and cancer cells

Nagano, Hidekazu ; Hashimoto, Naoko ; Nakayama, Akitoshi ; Suzuki, Sawako ; Miyabayashi, Yui ; Yamato, Azusa ; Higuchi, Seiichiro ; Fujimoto, Masanori ; Sakuma, Ikki ; Beppu, Minako ; Yokoyama, Masataka ; Suzuki, Yutaka ; Sugano, Sumio ; Ikeda, Kazuhiro ; Tatsuno, Ichiro ; Manabe, Ichiro ; Yokote, Koutaro ; Inoue, Satoshi ; Tanaka, Tomoaki

We herein performed RNA sequencing to show that DPYSL4 is a p53-inducible regulator of energy metabolism in both cancer cells and normal cells, such as adipocytes. DPYSL4 was found to localize in both cytosol and mitochondria, particularly in associations with mitochondrial supercomplexes, providing a potential mechanism for its regulation of OXPHOS and cellular energy supply. Furthermore, DPYSL4 expression suppressed tumor growth and metastasis in vivo. Together, these results suggest a [...]

Menée à l'aide d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un carcinome canalaire du pancréas, puis sur des lignées cellulaires et à l'aide de modèles murins n'exprimant pas le gène TFF1, cette étude met en évidence des mécanismes suggérant que la protéine TFF1 exerce une fonction de suppresseur de tumeurs en évitant une transition épithélio-mésenchymateuse et en inhibant le processus invasif

Trefoil factor 1 inhibits epithelial-mesenchymal transition of pancreatic intraepithelial neoplasm

Yamaguchi, Junpei ; Yokoyama, Yukihiro ; Kokuryo, Toshio ; Ebata, Tomoki ; Enomoto, Atsushi ; Nagino, Masato

The tumor-suppressive role of trefoil factor family (TFF) members in gastric carcinogenesis has been suggested, but their significance and mechanisms in other digestive diseases remain elusive. To clarify the role of TFF1 in pancreatic carcinogenesis, we performed IHC on human samples, transfected siRNA against TFF1 into pancreatic cancer cell lines, and employed mouse models in which PanIN development and loss of TFF1 occur simultaneously. In human samples, the expression of TFF1 was [...]

Menée à l'aide d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un glioblastome et à l'aide de modèles murins, cette étude suggère que des cellules souches neurales, situées dans la zone sous-ventriculaire du cerveau, sont les cellules porteuses de mutations à l'origine des tumeurs

Human glioblastoma arises from subventricular zone cells with low-level driver mutations

Lee, Joo Ho ; Lee, Jeong Eun ; Kahng, Jee Ye ; Kim, Se Hoon ; Park, Jun Sung ; Yoon, Seon Jin ; Um, Ji-Yong ; Kim, Woo Kyeong ; Lee, June-Koo ; Park, Junseong ; Kim, Eui Hyun ; Lee, Ji-Hyun ; Lee, Joon-Hyuk ; Chung, Won-Suk ; Ju, Young Seok ; Park, Sung-Hong ; Chang, Jong Hee ; Kang, Seok-Gu ; Lee, Jeong Ho

Glioblastoma (GBM) is a devastating and incurable brain tumour, with a median overall survival of fifteen months1,2. Identifying the cell of origin that harbours mutations that drive GBM could provide a fundamental basis for understanding disease progression and developing new treatments. Given that the accumulation of somatic mutations has been implicated in gliomagenesis, studies have suggested that neural stem cells (NSCs), with their self-renewal and proliferative capacities, in the [...]

Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels, dans le micro-environnement d'une tumeur, la signalisation Notch régule la progression tumorale et le processus métastatique

Notch Signaling in the Tumor Microenvironment

Meurette, Olivier ; Mehlen, Patrick

The Notch signaling pathway regulates many aspects of cancer biology. Most attention has been given to its role in the transformed cell. However, it is now clear that cancer progression and metastasis depend on the bidirectional interactions between cancer cells and their environment, forming the tumor microenvironment (TME). These interactions are mediated and constantly evolve through paracrine and juxtacrine signaling. In this review, we discuss how Notch signaling takes an important part in [...]

Menée à l'aide de modèles murins génétiquement modifiés, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, indépendamment d'une transition épithélio-mésenchymateuse, des cellules tumorales sont susceptibles de former de larges nodules métastatiques

Dual reporter genetic mouse models of pancreatic cancer identify an epithelial-to-mesenchymal transition-independent metastasis program

Chen, Yang ; LeBleu, Valerie S ; Carstens, Julienne L ; Sugimoto, Hikaru ; Zheng, Xiaofeng ; Malasi, Shruti ; Saur, Dieter ; Kalluri, Raghu

Epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) is a recognized eukaryotic cell differentiation program that is also observed in association with invasive tumors. Partial EMT program in carcinomas imparts cancer cells with mesenchymal-like features and is proposed as essential for metastasis. Precise determination of the frequency of partial EMT program in cancer cells in tumors and its functional role in metastases needs unraveling. Here, we employed mesenchymal cell reporter mice driven by [...]

Menée in vitro et in vivo sur des modèles de cancer du poumon, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels des cellules de Schwann (cellules gliales du système nerveux périphérique) favorisent la formation de métastases dans les ganglions lymphatiques

Schwann cells augment cell spreading and metastasis of lung cancer

Zhou, Yan ; Shurin, Galina V. ; Zhong, Hua ; Bunimovich, Yuri L. ; Han, Baohui ; Shurin, Michael R.

Although lungs are densely innervated by the peripheral nervous system (PNS), the role of the PNS in the progression of lung cancer is unknown. In this study, we report that mouse adult Schwann cells (SC), the principal glial cells of the PNS, can regulate the motility of lung cancer cells in vitro and the formation of metastases in vivo. SC promoted epithelial-mesenchymal transition (EMT) and the motility of two lung cancer cell lines by increasing expression of Snail and Twist in tumor cells; [...]

A partir d'échantillons de tumeurs primitives et de métastases prélevés sur des patients atteints d'un cancer de la prostate, puis menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels le complexe protéique POM121 (un pore nucléaire) favorise la progression tumorale

Nuclear Pores Promote Lethal Prostate Cancer by Increasing POM121-Driven E2F1, MYC, and AR Nuclear Import

Rodriguez-Bravo, Veronica ; Pippa, Raffaella ; Song, Won-Min ; Carceles-Cordon, Marc ; Dominguez-Andres, Ana ; Fujiwara, Naoto ; Woo, Jungreem ; Koh, Anna P. ; Ertel, Adam ; Lokareddy, Ravi K. ; Cuesta-Dominguez, Alvaro ; Kim, Rosa S. ; Rodriguez-Fernandez, Irene ; Li, Peiyao ; Gordon, Ronald ; Hirschfield, Hadassa ; Prats, Josep M. ; Reddy, E. Premkumar ; Fatatis, Alessandro ; Petrylak, Daniel P. ; Gomella, Leonard ; Kelly, W. Kevin ; Lowe, Scott W. ; Knudsen, Karen E. ; Galsky, Matthew D. ; Cingolani, Gino ; Lujambio, Amaia ; Hoshida, Yujin ; Domingo-Domenech, Josep

Nuclear pore complexes (NPCs) regulate nuclear-cytoplasmic transport, transcription, and genome integrity in eukaryotic cells. However, their functional roles in cancer remain poorly understood. We interrogated the evolutionary transcriptomic landscape of NPC components, nucleoporins (Nups), from primary to advanced metastatic human prostate cancer (PC). Focused loss-of-function genetic screen of top-upregulated Nups in aggressive PC models identified POM121 as a key contributor to PC [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude française met en évidence des mécanismes par lesquels, en s'accumulant pour former des structures en association avec des fibrilles de collagène dans le micro-environnement d'une tumeur du sein, la protéine Coronine 1C favorise le processus invasif

Coronin 1C promotes triple-negative breast cancer invasiveness through regulation of MT1-MMP traffic and invadopodia function

Castagnino, Alessia ; Castro-Castro, Antonio ; Irondelle, Marie ; Guichard, Alan ; Lodillinsky, Catalina ; Fuhrmann, Laetitia ; Vacher, Sophie ; Agüera-González, Sonia ; Zagryazhskaya-Masson, Anna ; Romao, Maryse ; El Kesrouani, Carole ; Noegel, Angelika A. ; Dubois, Thierry ; Raposo, Graça ; Bear, James E. ; Clemen, Christoph S. ; Vincent-Salomon, Anne ; Bièche, Ivan ; Chavrier, Philippe

Membrane type 1-matrix metalloproteinase (MT1-MMP), a membrane-tethered protease, is key for matrix breakdown during cancer invasion and metastasis. Assembly of branched actin networks by the Arp2/3 complex is required for MT1-MMP traffic and formation of matrix-degradative invadopodia. Contrasting with the well-established role of actin filament branching factor cortactin in invadopodia function during cancer cell invasion, the contribution of coronin-family debranching factors to [...]

Menée sur 106 lignées cancéreuses humaines, notamment sur 27 souches de la lignée cellulaire de cancer du sein MCF7, cette étude évalue l'étendue des variations génétiques entre lignées cellulaires, leurs origines et leurs conséquence, en particulier pour l'étude de la réponse à de nouveaux traitements

Genetic and transcriptional evolution alters cancer cell line drug response

Ben-David, Uri ; Siranosian, Benjamin ; Ha, Gavin ; Tang, Helen ; Oren, Yaara ; Hinohara, Kunihiko ; Strathdee, Craig A. ; Dempster, Joshua ; Lyons, Nicholas J. ; Burns, Robert ; Nag, Anwesha ; Kugener, Guillaume ; Cimini, Beth ; Tsvetkov, Peter ; Maruvka, Yosef E. ; O’Rourke, Ryan ; Garrity, Anthony ; Tubelli, Andrew A. ; Bandopadhayay, Pratiti ; Tsherniak, Aviad ; Vazquez, Francisca ; Wong, Bang ; Birger, Chet ; Ghandi, Mahmoud ; Thorner, Aaron R. ; Bittker, Joshua A. ; Meyerson, Matthew ; Getz, Gad ; Beroukhim, Rameen ; Golub, Todd R.

Human cancer cell lines are the workhorse of cancer research. Although cell lines are known to evolve in culture, the extent of the resultant genetic and transcriptional heterogeneity and its functional consequences remain understudied. Here we use genomic analyses of 106 human cell lines grown in two laboratories to show extensive clonal diversity. Further comprehensive genomic characterization of 27 strains of the common breast cancer cell line MCF7 uncovered rapid genetic diversification. [...]

A partir de l'analyse du transcriptome de 72 000 cellules issues de tissus rénaux sains et cancéreux, cette étude suggère notamment que certaines cellules foetales anormales sont à l'origine d'un néphroblastome

Single-cell transcriptomes from human kidneys reveal the cellular identity of renal tumors

Young, Matthew D. ; Mitchell, Thomas J. ; Vieira Braga, Felipe A. ; Tran, Maxine G. B. ; Stewart, Benjamin J. ; Ferdinand, John R. ; Collord, Grace ; Botting, Rachel A. ; Popescu, Dorin-Mirel ; Loudon, Kevin W. ; Vento-Tormo, Roser ; Stephenson, Emily ; Cagan, Alex ; Farndon, Sarah J. ; Del Castillo Velasco-Herrera, Martin ; Guzzo, Charlotte ; Richoz, Nathan ; Mamanova, Lira ; Aho, Tevita ; Armitage, James N. ; Riddick, Antony C. P. ; Mushtaq, Imran ; Farrell, Stephen ; Rampling, Dyanne ; Nicholson, James ; Filby, Andrew ; Burge, Johanna ; Lisgo, Steven ; Maxwell, Patrick H. ; Lindsay, Susan ; Warren, Anne Y. ; Stewart, Grant D. ; Sebire, Neil ; Coleman, Nicholas ; Haniffa, Muzlifah ; Teichmann, Sarah A. ; Clatworthy, Menna ; Behjati, Sam

Understanding tumor origins and the similarities and differences between organ-specific cancers is important for determining treatment options. Young et al. generated more than 72,000 single-cell transcriptomes from healthy and cancerous human kidneys. From these data, they determined that Wilms tumor, a pediatric kidney cancer, originates from aberrant fetal cells, whereas adult kidney cancers are likely derived from a specific subtype of proximal convoluted tubular cell.Science, this issue p. [...]