Menée en Australie à partir de 183 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints de différents sous-types de mélanome, cette étude de séquençage du génome entier identifie un ensemble de mutations spécifiques des localisations tumorales (peau, muqueuses, mains et pieds)

Whole-genome landscapes of major melanoma subtypes

Hayward, Nicholas K. ; Wilmott, James S. ; Waddell, Nicola ; Johansson, Peter A. ; Field, Matthew A. ; Nones, Katia ; Patch, Ann-Marie ; Kakavand, Hojabr ; Alexandrov, Ludmil B. ; Burke, Hazel ; Jakrot, Valerie ; Kazakoff, Stephen ; Holmes, Oliver ; Leonard, Conrad ; Sabarinathan, Radhakrishnan ; Mularoni, Loris ; Wood, Scott ; Xu, Qinying ; Waddell, Nick ; Tembe, Varsha ; Pupo, Gulietta M. ; De Paoli-Iseppi, Ricardo ; Vilain, Ricardo E. ; Shang, Ping ; Lau, Loretta M. S. ; Dagg, Rebecca A. ; Schramm, Sarah-Jane ; Pritchard, Antonia ; Dutton-Regester, Ken ; Newell, Felicity ; Fitzgerald, Anna ; Shang, Catherine A. ; Grimmond, Sean M. ; Pickett, Hilda A. ; Yang, Jean Y. ; Stretch, Jonathan R. ; Behren, Andreas ; Kefford, Richard F. ; Hersey, Peter ; Long, Georgina V. ; Cebon, Jonathan ; Shackleton, Mark ; Spillane, Andrew J. ; Saw, Robyn P. M. ; Lopez-Bigas, Nuria ; Pearson, John V. ; Thompson, John F. ; Scolyer, Richard A. ; Mann, Graham J.

Melanoma of the skin is a common cancer only in Europeans, whereas it arises in internal body surfaces (mucosal sites) and on the hands and feet (acral sites) in people throughout the world. Here we report analysis of whole-genome sequences from cutaneous, acral and mucosal subtypes of melanoma. The heavily mutated landscape of coding and non-coding mutations in cutaneous melanoma resolved novel signatures of mutagenesis attributable to ultraviolet radiation. However, acral and mucosal [...]

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 120 patients atteints d'un adénocarcinome de l'œsophage, cette étude de séquençage du génome entier compare les anomalies génomiques présentes dans les tumeurs avant une chimiothérapie (62 patients) et après (58 patients)

A comparative analysis of whole genome sequencing of oesophageal adenocarcinoma pre- and post-chemotherapy

Noorani, Ayesha ; Bornschein, Jan ; Lynch, Andy G. ; Secrier, Maria ; Achilleos, Achilleas ; Eldridge, Matthew ; Bower, Lawrence ; Weaver, Jamie M.J. ; Crawte, Jason ; Ong, Chin-Ann ; Shannon, Nicholas ; MacRae, Shona ; Grehan, Nicola ; Nutzinger, Barbara ; O'Donovan, Maria ; Hardwick, Richard ; Tavare, Simon ; Fitzgerald, Rebecca C. ; on behalf of the Oesophageal Cancer Clinical ; Molecular Stratification Consortium ; Elliott, Rachael Fels ; Edwards, Paul A.W. ; Li, Xiaodun ; Chettouh, Hamza ; Contini, Gianmarco ; Gregson, Eleanor ; Zeki, Sebastian ; Smith, Laura ; Abdullahi, Zarah ; de la Rue, Rachel ; Miremadi, Ahmad ; Malhotra, Shalini ; Smith, Mike L. ; Davies, Jim ; Crichton, Charles ; Carroll, Nick ; Safranek, Peter ; Hindmarsh, Andrew ; Sujendran, Vijayendran ; Turkington, Richard ; Hayes, Stephen J. ; Ang, Yeng ; Preston, Shaun R. ; Oakes, Sarah ; Bagwan, Izhar ; Save, Vicki ; Skipworth, Richard J.E. ; Hupp, Ted R. ; O'Neill, J. Robert ; Tucker, Olga ; Beggs, Andrew ; Taniere, Philippe ; Underwood, Timothy J. ; Noble, Fergus ; Owsley, Jack ; Barr, Hugh ; Shepherd, Neil ; Old, Oliver ; Lagergren, Jesper ; Gossage, James ; Davies, Andrew ; Chang, Fuju ; Zylstra, Janine ; Sanders, Grant ; Berrisford, Richard ; Harden, Catherine ; Bunting, David ; Lewis, Mike ; Cheong, Ed ; Kumar, Bhaskar ; Parsons, Simon L. ; Soomro, Irshad ; Kaye, Philip ; Lovat, Laurence ; Haidry, Rehan ; Eneh, Victor ; Igali, Laszlo ; Scott, Michael ; Sothi, Shamila ; Suortamo, Sari ; Lishman, Suzy

The scientific community has avoided using tissue samples from patients that have been exposed to systemic chemotherapy to infer the genomic landscape of a given cancer. Esophageal adenocarcinoma is a heterogeneous, chemoresistant tumor for which the availability and size of pretreatment endoscopic samples are limiting. This study compares whole-genome sequencing data obtained from chemo-naive and chemo-treated samples. The quality of whole-genomic sequencing data is comparable across all [...]

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 100 patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules de stade précoce, cette étude met en évidence une fréquente hétérogénéité intratumorale (mutations et anomalies du nombre de copies de gènes), puis évalue l'association entre une mesure de cette hétérogénéité et le risque de récidive ou de décès

Tracking the Evolution of Non–Small-Cell Lung Cancer

Jamal-Hanjani, Mariam ; Wilson, Gareth A. ; McGranahan, Nicholas ; Birkbak, Nicolai J. ; Watkins, Thomas B.K. ; Veeriah, Selvaraju ; Shafi, Seema ; Johnson, Diana H. ; Mitter, Richard ; Rosenthal, Rachel ; Salm, Max ; Horswell, Stuart ; Escudero, Mickael ; Matthews, Nik ; Rowan, Andrew ; Chambers, Tim ; Moore, David A. ; Turajlic, Samra ; Xu, Hang ; Lee, Siow-Ming ; Forster, Martin D. ; Ahmad, Tanya ; Hiley, Crispin T. ; Abbosh, Christopher ; Falzon, Mary ; Borg, Elaine ; Marafioti, Teresa ; Lawrence, David ; Hayward, Martin ; Kolvekar, Shyam ; Panagiotopoulos, Nikolaos ; Janes, Sam M. ; Thakrar, Ricky ; Ahmed, Asia ; Blackhall, Fiona ; Summers, Yvonne ; Shah, Rajesh ; Joseph, Leena ; Quinn, Anne M. ; Crosbie, Phil A. ; Naidu, Babu ; Middleton, Gary ; Langman, Gerald ; Trotter, Simon ; Nicolson, Marianne ; Remmen, Hardy ; Kerr, Keith ; Chetty, Mahendran ; Gomersall, Lesley ; Fennell, Dean A. ; Nakas, Apostolos ; Rathinam, Sridhar ; Anand, Girija ; Khan, Sajid ; Russell, Peter ; Ezhil, Veni ; Ismail, Babikir ; Irvin-Sellers, Melanie ; Prakash, Vineet ; Lester, Jason F. ; Kornaszewska, Malgorzata ; Attanoos, Richard ; Adams, Haydn ; Davies, Helen ; Dentro, Stefan ; Taniere, Philippe ; O’Sullivan, Brendan ; Lowe, Helen L. ; Hartley, John A. ; Iles, Natasha ; Bell, Harriet ; Ngai, Yenting ; Shaw, Jacqui A. ; Herrero, Javier ; Szallasi, Zoltan ; Schwarz, Roland F. ; Stewart, Aengus ; Quezada, Sergio A. ; Le Quesne, John ; Van Loo, Peter ; Dive, Caroline ; Hackshaw, Allan ; Swanton, Charles

BACKGROUND : Among patients with non–small-cell lung cancer (NSCLC), data on intratumor heterogeneity and cancer genome evolution have been limited to small retrospective cohorts. We wanted to prospectively investigate intratumor heterogeneity in relation to clinical outcome and to determine the clonal nature of driver events and evolutionary processes in early-stage NSCLC. METHODS : In this prospective cohort study, we performed multiregion whole-exome sequencing on 100 early-stage NSCLC [...]

Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes de nature immunitaire permettant d'expliquer pourquoi les tumeurs de gliome présentant un gène IDH1 muté sont moins agressives que les tumeurs sans mutation de ce gène

Mutant IDH1 regulates the tumor-associated immune system in gliomas

Amankulor, Nduka M. ; Kim, Youngmi ; Arora, Sonali ; Kargl, Julia ; Szulzewsky, Frank ; Hanke, Mark ; Margineantu, Daciana H. ; Rao, Aparna ; Bolouri, Hamid ; Delrow, Jeff ; Hockenbery, David ; Houghton, A. McGarry ; Holland, Eric C.

Gliomas harboring mutations in isocitrate dehydrogenase 1/2 (IDH1/2) have the CpG island methylator phenotype (CIMP) and significantly longer patient survival time than wild-type IDH1/2 (wtIDH1/2) tumors. Although there are many factors underlying the differences in survival between these two tumor types, immune-related differences in cell content are potentially important contributors. In order to investigate the role of IDH mutations in immune response, we created a syngeneic pair mouse model [...]

Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels les facteurs de transcription de la famille ETS agissent au cours des différentes étapes de la tumorigenèse

The ETS family of oncogenic transcription factors in solid tumours

Sizemore, Gina M. ; Pitarresi, Jason R. ; Balakrishnan, Subhasree ; Ostrowski, Michael C.

Findings over the past decade have identified aberrant activation of the ETS transcription factor family throughout all stages of tumorigenesis. Specifically in solid tumours, gene rearrangement and amplification, feed-forward growth factor signalling loops, formation of gain-of-function co-regulatory complexes and novel cis-acting mutations in ETS target gene promoters can result in increased ETS activity. In turn, pro-oncogenic ETS signalling enhances tumorigenesis through a broad mechanistic [...]

Menée à l'aide de modèles murins et d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un mélanome, cette étude met en évidence des mécanismes suggérant que la tyrosine kinase FES exerce une fonction de suppresseur de tumeurs

Comparative oncogenomics identifies tyrosine kinase FES as a tumor suppressor in melanoma

Olvedy, Michael ; Tisserand, Julie C. ; Luciani, Flavie ; Boeckx, Bram ; Wouters, Jasper ; Lopez, Sophie ; Rambow, Florian ; Aibar, Sara ; Thienpont, Bernard ; Barra, Jasmine ; Köhler, Corinna ; Radaelli, Enrico ; Tartare-Deckert, Sophie ; Aerts, Stein ; Dubreuil, Patrice ; van den Oord, Joost J. ; Lambrechts, Diether ; De Sepulveda, Paulo ; Marine, Jean-Christophe

Identification and functional validation of oncogenic drivers are essential steps toward advancing cancer precision medicine. Here, we have presented a comprehensive analysis of the somatic genomic landscape of the widely used BRAFV600E- and NRASQ61K-driven mouse models of melanoma. By integrating the data with publically available genomic, epigenomic, and transcriptomic information from human clinical samples, we confirmed the importance of several genes and pathways previously implicated in [...]

Menée à l'aide de modèles murins d'adénocarcinome canalaire du pancréas présentant la mutation G12D du gène KRAS, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la protéine GRP78 intervient dans les premières étapes du développement d'une tumeur

GRP78 haploinsufficiency suppresses acinar-to-ductal metaplasia, signaling, and mutant Kras-driven pancreatic tumorigenesis in mice

Shen, Jieli ; Ha, Dat P. ; Zhu, Genyuan ; Rangel, Daisy F. ; Kobielak, Agnieszka ; Gill, Parkash S. ; Groshen, Susan ; Dubeau, Louis ; Lee, Amy S.

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) remains a highly lethal disease in critical need of new therapeutic strategies. Here, we report that the stress-inducible 78-kDa glucose-regulated protein (GRP78/HSPA5), a key regulator of endoplasmic reticulum homeostasis and PI3K/AKT signaling, is overexpressed in the acini and PDAC of Pdx1-Cre;KrasG12D/+;p53f/+ (PKC) mice as early as 2 mo, suggesting that GRP78 could exert a protective effect on acinar cells under stress, as during PDAC development. [...]

Menée in vitro et in vivo sur des modèles de tumeurs neuroendocrines du pancréas, ette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la kinase DCLK1, un marqueur des cellules souches cancéreuses, favorise une transition épithélio-mésenchymateuse

Pancreatic Neuroendocrine Tumors and EMT Behavior Are Driven by the CSC Marker DCLK1

Ikezono, Yu ; Koga, Hironori ; Akiba, Jun ; Abe, Mitsuhiko ; Yoshida, Takafumi ; Wada, Fumitaka ; Nakamura, Toru ; Iwamoto, Hideki ; Masuda, Atsutaka ; Sakaue, Takahiko ; Yano, Hirohisa ; Tsuruta, Osamu ; Torimura, Takuji

Doublecortin-like kinase 1 (DCLK1), a marker for intestinal and pancreatic cancer stem cells, is highly expressed in neuroblastomas. This study was conducted to assess DCLK1 expression levels in pancreatic neuroendocrine tumor (PNET) tissues and to explore the roles of this molecule in clinical tissue from multiple PNET patients, cells (BON1, QGP1, and CM) and tumor xenografts. Immunohistochemically, all PNET tissues highly and diffusely expressed DCLK1 as a full-length isoform, identical to [...]

Menée sur des lignées cellulaires et à l'aide de modèles murins de carcinome colorectal, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la protéine CXCL1, produite par des macrophages associés aux tumeurs, favorise le processus métastatique

CXCL1 is critical for pre-metastatic niche formation and metastasis in colorectal cancer

Wang, Dingzhi ; Sun, Haiyan ; Wei, Jie ; Cen, Bo ; DuBois, Raymond N.

Emerging evidence suggests that the primary tumor influences the development of supportive metastatic microenvironments, referred to as pre-metastatic niches, in certain distant organs before arrival of metastatic cells.  However, the mechanisms underlying the contributions of the primary tumor to pre-metastatic niche formation are not fully understood.  Here we demonstrate that colorectal carcinoma cells secrete VEGF-A, which stimulates tumor-associated macrophages to produce CXCL1 in the [...]

Menée in vitro et in vivo sur des modèles de cancer du sein triplement négatif, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la voie de signalisation Hedgehog régule l'angiogenèse tumorale

Hedgehog signalling pathway orchestrates angiogenesis in triple-negative breast cancers

Di Mauro, Concetta ; Rosa, Roberta ; D'Amato, Valentina ; Ciciola, Paola ; Servetto, Alberto ; Marciano, Roberta ; Orsini, Roberta Clara ; Formisano, Luigi ; De Falco, Sandro ; Cicatiello, Valeria ; Di Bonito, Maurizio ; Cantile, Monica ; Collina, Francesca ; Chambery, Angela ; Veneziani, Bianca Maria ; De Placido, Sabino ; Bianco, Roberto

Background: Several evidences suggest a marked angiogenic dependency in triple-negative breast cancer (TNBC) tumorigenesis and a potential sensitivity to anti-angiogenic agents. Herein, the putative role of Hedgehog (Hh) pathway in regulating TNBC-dependent angiogenesis was investigated. Methods: Expression and regulation of the Hh pathway transcription factor glioma-associated oncogene homolog1 protein (GLI1) were studied on the endothelial compartment and on TNBC-initiated angiogenesis. To [...]

A partir d'une revue de la littérature publiée entre 2000 et 2014, cette étude identifie les articles (574) comportant une erreur initiale d'attribution à une lignée cellulaire HeLa, puis analyse le taux de corrections ultérieures

Widespread use of misidentified cell line KB (HeLa): Incorrect attribution and its impact revealed through mining the scientific literature

Vaughan, Liwen ; Glänzel, Wolfgang ; Korch, Christopher ; Capes-Davis, Amanda

Continuous cell lines are widely used, but can result in invalid, irreproducible research data. Cell line misidentification is a common problem that can be detected by authentication testing; however, misidentified cell lines continue to be used in publications. Here we explore the impact of one misidentified cell line, KB (HeLa), on the scientific literature. We identified 574 articles between 2000 and 2014 that provided an incorrect attribution for KB, in accordance with its false identity as [...]

A partir d'échantillons de tissu tumoral, de tissu sain et de cellules sanguines prélevés sur 28 patients atteints d'un adénocarcinome du poumon, cette étude cartographie la diversité des cellules immunitaires présentes dans le micro-environnement tumoral

Innate Immune Landscape in Early Lung Adenocarcinoma by Paired Single-Cell Analyses

Lavin, Yonit ; Kobayashi, Soma ; Leader, Andrew ; Amir, El-ad David ; Elefant, Naama ; Bigenwald, Camille ; Remark, Romain ; Sweeney, Robert ; Becker, Christian D. ; Levine, Jacob H. ; Meinhof, Klaus ; Chow, Andrew ; Kim-Shulze, Seunghee ; Wolf, Andrea ; Medaglia, Chiara ; Li, Hanjie ; Rytlewski, Julie A. ; Emerson, Ryan O. ; Solovyov, Alexander ; Greenbaum, Benjamin D. ; Sanders, Catherine ; Vignali, Marissa ; Beasley, Mary Beth ; Flores, Raja ; Gnjatic, Sacha ; Pe’er, Dana ; Rahman, Adeeb ; Amit, Ido ; Merad, Miriam

To guide the design of immunotherapy strategies for patients with early stage lung tumors, we developed a multiscale immune profiling strategy to map the immune landscape of early lung adenocarcinoma lesions to search for tumor-driven immune changes. Utilizing a barcoding method that allows a simultaneous single-cell analysis of the tumor, non-involved lung, and blood cells, we provide a detailed immune cell atlas of early lung tumors. We show that stage I lung adenocarcinoma lesions already [...]

Cet article présente une méthode, à base de greffes orthotopiques d'organoïdes, pour développer des modèles murins reproduisant le processus métastatique d'un cancer colorectal chez l'humain

Transplantation of engineered organoids enables rapid generation of metastatic mouse models of colorectal cancer

O'Rourke, Kevin P. ; Loizou, Evangelia ; Livshits, Geulah ; Schatoff, Emma M. ; Baslan, Timour ; Manchado, Eusebio ; Simon, Janelle ; Romesser, Paul B. ; Leach, Benjamin ; Han, Teng ; Pauli, Chantal ; Beltran, Himisha ; Rubin, Mark A. ; Dow, Lukas E. ; Lowe, Scott W.

Colorectal cancer (CRC) is a leading cause of death in the developed world, yet facile preclinical models that mimic the natural stages of CRC progression are lacking. Through the orthotopic engraftment of colon organoids we describe a broadly usable immunocompetent CRC model that recapitulates the entire adenoma–adenocarcinoma–metastasis axis in vivo. The engraftment procedure takes less than 5 minutes, shows efficient tumor engraftment in two-thirds of mice, and can be achieved using [...]

Cette étude présente une méthode utilisant la technologie CRISPR-Cas9 d'ingénierie du génome pour analyser rapidement, à l'aide de greffes d'organoïdes sur des modèles murins, les mécanismes par lesquels des gènes sont impliqués dans la progression d'une tumeur colorectale ou dans le processus métastatique

In vivo genome editing and organoid transplantation models of colorectal cancer and metastasis

Roper, Jatin ; Tammela, Tuomas ; Cetinbas, Naniye Malli ; Akkad, Adam ; Roghanian, Ali ; Rickelt, Steffen ; Almeqdadi, Mohammad ; Wu, Katherine ; Oberli, Matthias A. ; Sanchez-Rivera, Francisco ; Park, Yoona K. ; Liang, Xu ; Eng, George ; Taylor, Martin S. ; Azimi, Roxana ; Kedrin, Dmitriy ; Neupane, Rachit ; Beyaz, Semir ; Sicinska, Ewa T. ; Suarez, Yvelisse ; Yoo, James ; Chen, Lillian ; Zukerberg, Lawrence ; Katajisto, Pekka ; Deshpande, Vikram ; Bass, Adam J. ; Tsichlis, Philip N. ; Lees, Jacqueline ; Langer, Robert ; Hynes, Richard O. ; Chen, Jianzhu ; Bhutkar, Arjun ; Jacks, Tyler ; Yilmaz, Omer H.

In vivo interrogation of the function of genes implicated in tumorigenesis is limited by the need to generate and cross germline mutant mice. Here we describe approaches to model colorectal cancer (CRC) and metastasis, which rely on in situ gene editing and orthotopic organoid transplantation in mice without cancer-predisposing mutations. Autochthonous tumor formation is induced by CRISPR-Cas9-based editing of the Apc and Trp53 tumor suppressor genes in colon epithelial cells and by orthotopic [...]

A partir d'échantillons tissulaires prélevés sur 73 patients atteints d'un carcinome rénal à cellules claires et sur 5 témoins, cette étude cartographie la diversité des cellules immunitaires présentes dans le micro-environnement tumoral

An Immune Atlas of Clear Cell Renal Cell Carcinoma

Chevrier, Stéphane ; Levine, Jacob Harrison ; Zanotelli, Vito Riccardo Tomaso ; Silina, Karina ; Schulz, Daniel ; Bacac, Marina ; Ries, Carola Hermine ; Ailles, Laurie ; Jewett, Michael Alexander Spencer ; Moch, Holger ; van den Broek, Maries ; Beisel, Christian ; Stadler, Michael Beda ; Gedye, Craig ; Reis, Bernhard ; Pe’er, Dana ; Bodenmiller, Bernd

Immune cells in the tumor microenvironment modulate cancer progression and are attractive therapeutic targets. Macrophages and T cells are key components of the microenvironment, yet their phenotypes and relationships in this ecosystem and to clinical outcomes are ill defined. We used mass cytometry with extensive antibody panels to perform in-depth immune profiling of samples from 73 clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) patients and five healthy controls. In 3.5 million measured cells, we [...]