Menée en Chine à partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 103 patients atteints d'un cholangiocarcinome intrahépatique, cette étude identifie un ensemble de gènes mutés en association avec des caractéristiques cliniques (inflammation du foie, fibrose, cirrhose)

Mutational landscape of intrahepatic cholangiocarcinoma

Zou, Shanshan ; Li, Jiarui ; Zhou, Huabang ; Frech, Christian ; Jiang, Xiaolan ; Chu, Jeffrey S. C. ; Zhao, Xinyin ; Li, Yuqiong ; Li, Qiaomei ; Wang, Hui ; Hu, Jingyi ; Kong, Guanyi ; Wu, Mengchao ; Ding, Chuanfan ; Chen, Nansheng ; Hu, Heping

Intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) is a fatal primary liver cancer (PLC) that affects 5–10% of all PLCs. Here we sequence tumour and matching control sample pairs of a large cohort of 103 ICC patients in China, resulting in the identification of an ICC-specific somatic mutational signature that is associated with liver inflammation, fibrosis and cirrhosis. We further uncover 25 significantly mutated genes including eight potential driver genes (TP53, KRAS, IDH1, PTEN, ARID1A, EPPK1, ECE2 and [...]

A partir de données portant sur 4 366 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'une tumeur solide primitive (13 types différents), cette étude identifie un ensemble de transcrits produits par un réarrangement chromosomique et susceptibles de faire l'objet d'une thérapie ciblée

The landscape and therapeutic relevance of cancer-associated transcript fusions

Yoshihara, K. ; Wang, Q. ; Torres-Garcia, W. ; Zheng, S. ; Vegesna, R. ; Kim, H. ; Verhaak, R. G. W.

Transcript fusions as a result of chromosomal rearrangements have been a focus of attention in cancer as they provide attractive therapeutic targets. To identify novel fusion transcripts with the potential to be exploited therapeutically, we analyzed RNA sequencing, DNA copy number and gene mutation data from 4366 primary tumor samples. To avoid false positives, we implemented stringent quality criteria that included filtering of fusions detected in RNAseq data from 364 normal tissue samples. [...]

A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" portant sur 3 281 échantillons tumoraux (12 types de cancer), cette étude identifie la présence fréquente de combinaisons de mutations somatiques rares relevant de voies de signalisation connues pour intervenir dans la cancérogenèse

Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes

Leiserson, Mark D. M. ; Vandin, Fabio ; Wu, Hsin-Ta ; Dobson, Jason R. ; Eldridge, Jonathan V. ; Thomas, Jacob L. ; Papoutsaki, Alexandra ; Kim, Younhun ; Niu, Beifang ; McLellan, Michael ; Lawrence, Michael S. ; Gonzalez-Perez, Abel ; Tamborero, David ; Cheng, Yuwei ; Ryslik, Gregory A. ; Lopez-Bigas, Nuria ; Getz, Gad ; Ding, Li ; Raphael, Benjamin J.

Cancers exhibit extensive mutational heterogeneity, and the resulting long-tail phenomenon complicates the discovery of genes and pathways that are significantly mutated in cancer. We perform a pan-cancer analysis of mutated networks in 3,281 samples from 12 cancer types from The Cancer Genome Atlas (TCGA) using HotNet2, a new algorithm to find mutated subnetworks that overcomes the limitations of existing single-gene, pathway and network approaches. We identify 16 significantly mutated [...]

Menée à partir de données du projet "The Cancer Genome Atlas" portant sur 133 patients atteints d'une leucémie myéloïde aiguë, ainsi que sur une cohorte complémentaire de 20 patients, cette étude met en évidence des différences significatives dans l'identification de mutations somatiques par des algorithmes bioinformatiques couramment utilisés, puis suggère que le paysage des génomes de cette forme de leucémie est plus complexe que celui décrit par des études antérieures

The hidden genomic landscape of acute myeloid leukemia: subclonal structure revealed by undetected mutations

Bodini, Margherita ; Ronchini, Chiara ; Giacò, Luciano ; Russo, Anna ; Melloni, Giorgio E. M. ; Luzi, Lucilla ; Sardella, Domenico ; Volorio, Sara ; Hasan, Syed K. ; Ottone, Tiziana ; Lavorgna, Serena ; Lo-Coco, Francesco ; Candoni, Anna ; Fanin, Renato ; Toffoletti, Eleonora ; Iacobucci, Ilaria ; Martinelli, Giovanni ; Cignetti, Alessandro ; Tarella, Corrado ; Bernard, Loris ; Pelicci, Pier Giuseppe ; Riva, Laura

The analyses carried out using two different bioinformatics pipelines (SomaticSniper and MuTect) on the same set of genomic data from 133 Acute Myeloid Leukemia (AML) patients, sequenced inside the Cancer Genome Atlas project, gave discrepant results. We subsequently tested these two variant-calling pipelines on 20 leukemia samples from our series (19 primary AMLs and one secondary AML). By validating many of the predicted somatic variants (variant allele frequencies ranging from 100% to 5%), [...]

Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en interaction avec p53, la protéine Rbm38 exerce notamment une fonction de suppresseur de tumeurs

Mice deficient in Rbm38, a target of the p53 family, are susceptible to accelerated aging and spontaneous tumors

Zhang, Jin ; Xu, Enshun ; Ren, Cong ; Yan, Wensheng ; Zhang, Min ; Chen, Mingyi ; Cardiff, Robert D. ; Imai, Denise M. ; Wisner, Erik ; Chen, Xinbin

RNA-binding motif protein 38 (Rbm38), also called RNPC1 [RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 1], is a target of the p53 family and modulates p53 expression via mRNA translation. To investigate the biological function of Rbm38 in vivo, we generated an Rbm38-null mouse model. We showed that mice deficient in Rbm38 exhibit signs of accelerated aging and are prone to hematopoietic defects and spontaneous tumors. To determine the biological significance of the p53-Rbm38 loop, we showed that [...]

Menée sur des lignées cellulaires de cancer du poumon non à petites cellules avec mutations activant le gène EGFR, cette étude identifie un ensemble de gènes codant pour des kinases dont la surexpression permet aux cellules de s'affranchir d'une dépendance à l'activité EGFR

Genetic modifiers of EGFR dependence in non-small cell lung cancer

Sharifnia, Tanaz ; Rusu, Victor ; Piccioni, Federica ; Bagul, Mukta ; Imielinski, Marcin ; Cherniack, Andrew D. ; Pedamallu, Chandra Sekhar ; Wong, Bang ; Wilson, Frederick H. ; Garraway, Levi A. ; Altshuler, David ; Golub, Todd R. ; Root, David E. ; Subramanian, Aravind ; Meyerson, Matthew

Lung adenocarcinomas harboring activating mutations in the epidermal growth factor receptor (EGFR) represent a common molecular subset of non-small cell lung cancer (NSCLC) cases. EGFR mutations predict sensitivity to EGFR tyrosine kinase inhibitors (TKIs) and thus represent a dependency in NSCLCs harboring these alterations, but the genetic basis of EGFR dependence is not fully understood. Here, we applied an unbiased, ORF-based screen to identify genetic modifiers of EGFR dependence in [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en ciblant les gènes ANXA2 et KRAS, le micro-ARN miR-206 régule de façon négative le processus invasif et la dissémination des cellules d'un adénocarcinome canalaire du pancréas

MicroRNA-206 functions as a pleiotropic modulator of cell proliferation, invasion and lymphangiogenesis in pancreatic adenocarcinoma by targeting ANXA2 and KRAS genes

Keklikoglou, I. ; Hosaka, K. ; Bender, C. ; Bott, A. ; Koerner, C. ; Mitra, D. ; Will, R. ; Woerner, A. ; Muenstermann, E. ; Wilhelm, H. ; Cao, Y. ; Wiemann, S.

Recent advances in cancer biology have emerged important roles for microRNAs (miRNAs) in regulating tumor responses. However, their function in mediating intercellular communication within the tumor microenvironment is thus far poorly explored. Here, we found miR-206 to be abrogated in human pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) specimens and cell lines. We show that miR-206 directly targets the oncogenes KRAS and annexin a2 (ANXA2), thereby acting as tumor suppressor in PDAC cells by [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, via les fibroblastes associés aux tumeurs n'exprimant pas p53, le gène TSPAN12, normalement régulé par p53, favorise la progression d'une tumeur du poumon

TSPAN12 is a critical factor for cancer–fibroblast cell contact-mediated cancer invasion

Otomo, Ryo ; Otsubo, Chihiro ; Matsushima-Hibiya, Yuko ; Miyazaki, Makoto ; Tashiro, Fumio ; Ichikawa, Hitoshi ; Kohno, Takashi ; Ochiya, Takahiro ; Yokota, Jun ; Nakagama, Hitoshi ; Taya, Yoichi ; Enari, Masato

Communication between cancer cells and their microenvironment controls cancer progression. Although the tumor suppressor p53 functions in a cell-autonomous manner, it has also recently been shown to function in a non–cell-autonomous fashion. Although functional defects have been reported in p53 in stromal cells surrounding cancer, including mutations in the p53 gene and decreased p53 expression, the role of p53 in stromal cells during cancer progression remains unclear. We herein show that the [...]

Menée sur des lignées cellulaires, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en activant à la fois le gène c-Myc et le récepteur des androgènes, le long ARN non codant PCGEM1 régule le métabolisme des cellules de cancer de la prostate

A long noncoding RNA connects c-Myc to tumor metabolism

Hung, Chiu-Lien ; Wang, Ling-Yu ; Yu, Yen-Ling ; Chen, Hong-Wu ; Srivastava, Shiv ; Petrovics, Gyorgy ; Kung, Hsing-Jien

Long noncoding RNAs (lncRNAs) have been implicated in a variety of physiological and pathological processes, including cancer. In prostate cancer, prostate cancer gene expression marker 1 (PCGEM1) is an androgen-induced prostate-specific lncRNA whose overexpression is highly associated with prostate tumors. PCGEM1’s tumorigenic potential has been recently shown to be in part due to its ability to activate androgen receptor (AR). Here, we report a novel function of PCGEM1 that provides growth [...]

A partir de données portant sur 918 patients atteints d'un cancer colorectal métastatique, cette étude montre que des mutations du gène RAS sont associées à une augmentation du risque de métastases pulmonaires, osseuses ou cérébrales

RAS mutations affect pattern of metastatic spread and increase propensity for brain metastasis in colorectal cancer

Yaeger, Rona ; Cowell, Elizabeth ; Chou, Joanne F. ; Gewirtz, Alexandra N. ; Borsu, Laetitia ; Vakiani, Efsevia ; Solit, David B. ; Rosen, Neal ; Capanu, Marinela ; Ladanyi, Marc ; Kemeny, Nancy

BACKGROUND RAS and PIK3CA mutations in metastatic colorectal cancer (mCRC) have been associated with worse survival. We sought to evaluate the impact of RAS and PIK3CA mutations on cumulative incidence of metastasis to potentially curable sites of liver and lung and other sites such as bone and brain. METHODS We performed a computerized search of the electronic medical record of our institution for mCRC cases genotyped for RAS or PIK3CA mutations from 2008 to 2012. Cases were reviewed for [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels des exosomes tumoraux et des lymphocytes T régulateurs favorisent l'échappement au système immunitaire des cellules tumorales d'un carcinome du rhinopharynx

Effect of Nasopharyngeal Carcinoma-Derived Exosomes on Human Regulatory T Cells

Mrizak, Dhafer ; Martin, Nathalie ; Barjon, Clément ; Jimenez-Pailhes, Anne-Sophie ; Mustapha, Rami ; Niki, Toshiro ; Guigay, Joël ; Pancré, Véronique ; de LAUNOIT, Yvan ; Busson, Pierre ; Moralès, Olivier ; Delhem, Nadira

Background: Regulatory T cells (Treg) and tumor-exosomes are thought to play a role in preventing the rejection of malignant cells in patients bearing nasopharyngeal carcinoma (NPC). Methods: Treg recruitment by exosomes derived from NPC cell lines (C15/C17-Exo), exosomes isolated from NPC patients’ plasma (Patient-Exo), and CCL20 were tested in vitro using Boyden chamber assays and in vivo using a xenograft SCID mouse model (n = 5), both in the presence and absence of anti-CCL20 monoclonal [...]

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur un petit nombre de patients atteints d'un ostéosarcome ou d'un cancer du côlon, cette étude évalue l'intérêt de modèles murins avec xénogreffes de tumeurs dérivées des patients pour analyser le méthylome tumoral

Assessment of patient-derived tumour xenografts (PDXs) as a discovery tool for cancer epigenomics

Guilhamon, Paul ; Butcher, Lee ; Presneau, Nadege ; Wilson, Gareth ; Feber, Andrew ; Paul, Dirk ; Schutte, Moritz ; Haybaeck, Johannes ; Keilholz, Ulrich ; Hoffman, Jens ; Ross, Mark ; Flanagan, Adrienne ; Beck, Stephan

Background : The use of tumour xenografts is a well-established research tool in cancer genomics but has not yet been comprehensively evaluated for cancer epigenomics. Methods : In this study, we assessed the suitability of patient-derived tumour xenografts (PDXs) for methylome analysis using Infinium 450?K Beadchips and MeDIP-seq. Results: Controlled for confounding host (mouse) sequences, comparison of primary PDXs and matching patient tumours in a rare (osteosarcoma) and common (colon) [...]