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Sommaire du n° 224 du 10 avril 2014
Aberrations chromosomiques (5)
Menée in vitro, cette étude montre qu'une mutation du gène TP53 sur un seul codon peut, s'il s'agit du variant R273H ou R273C mais pas du variant R273G, favoriser la prolifération cellulaire, le processus invasif et la résistance thérapeutique
Mutants TP53 p.R273H and p.R273C but not p.R273G Enhance Cancer Cell Malignancy
Menée in vitro, cette étude montre qu'une mutation du gène TP53 sur un seul codon peut, s'il s'agit du variant R273H ou R273C mais pas du variant R273G, favoriser la prolifération cellulaire, le processus invasif et la résistance thérapeutique
Mutants TP53 p.R273H and p.R273C but not p.R273G Enhance Cancer Cell Malignancy
Li, Jie ; Yang, Lixin ; Gaur, Shikha ; Zhang, Keqiang ; Wu, Xiwei ; Yuan, Yate-Ching ; Li, Hongzhi ; Hu, Shuya ; Weng, Yaguang ; Yen, Yun
Mutation of the tumor suppressor TP53 gene occurs in greater than half of all human cancers. In addition to loss of tumor suppressor function of wild-type TP53, gain-of-function mutations endow cancer cells with more malignant properties. R273 is a mutation hotspot with the p.R273H, p.R273C, and p.R273G variants occurring most commonly in patient samples. To better understand the consequences of these R273 mutations, we constructed cancer cell lines expressing TP53 p.R273H, p.R273C, or p.R273G [...]
Menée sur plus de 1 000 échantillons tumoraux prélevés sur des patients pédiatriques atteints de cancer (21 sous-types différents), cette étude identifie des mutations somatiques de gènes impliqués dans la régulation épigénétique
The landscape of somatic mutations in epigenetic regulators across 1,000 paediatric cancer genomes
Menée sur plus de 1 000 échantillons tumoraux prélevés sur des patients pédiatriques atteints de cancer (21 sous-types différents), cette étude identifie des mutations somatiques de gènes impliqués dans la régulation épigénétique
The landscape of somatic mutations in epigenetic regulators across 1,000 paediatric cancer genomes
Huether, Robert ; Dong, Li ; Chen, Xiang ; Wu, Gang ; Parker, Matthew ; Wei, Lei ; Ma, Jing ; Edmonson, Michael N. ; Hedlund, Erin K. ; Rusch, Michael C. ; Shurtleff, Sheila A. ; Mulder, Heather L. ; Boggs, Kristy ; Vadordaria, Bhavin ; Cheng, Jinjun ; Yergeau, Donald ; Song, Guangchun ; Becksfort, Jared ; Lemmon, Gordon ; Weber, Catherine ; Cai, Zhongling ; Dang, Jinjun ; Walsh, Michael ; Gedman, Amanda L. ; Faber, Zachary ; Easton, John ; Gruber, Tanja ; Kriwacki, Richard W. ; Partridge, Janet F. ; Ding, Li ; Wilson, Richard K. ; Mardis, Elaine R. ; Mullighan, Charles G. ; Gilbertson, Richard J. ; Baker, Suzanne J. ; Zambetti, Gerard ; Ellison, David W. ; Zhang, Jinghui ; Downing, James R.
Studies of paediatric cancers have shown a high frequency of mutation across epigenetic regulators. Here we sequence 633 genes, encoding the majority of known epigenetic regulatory proteins, in over 1,000 paediatric tumours to define the landscape of somatic mutations in epigenetic regulators in paediatric cancer. Our results demonstrate a marked variation in the frequency of gene mutations across 21 different paediatric cancer subtypes, with the highest frequency of mutations detected in [...]
Menée sur un patient atteint d'un adénocarcinome du poumon de stade avancé, puis à partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude identifie une mutation somatique du gène ARAF en association avec une réponse durable au sorafénib
Oncogenic and sorafenib-sensitive ARAF mutations in lung adenocarcinoma
Menée sur un patient atteint d'un adénocarcinome du poumon de stade avancé, puis à partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude identifie une mutation somatique du gène ARAF en association avec une réponse durable au sorafénib
Oncogenic and sorafenib-sensitive ARAF mutations in lung adenocarcinoma
Imielinski, Marcin ; Greulich, Heidi ; Kaplan, Bethany ; Araujo, Luiz ; Amann, Joseph ; Horn, Leora ; Schiller, Joan ; Villalona-Calero, Miguel A. ; Meyerson, Matthew ; Carbone, David P.
Targeted cancer therapies often induce “outlier” responses in molecularly defined patient subsets. One patient with advanced-stage lung adenocarcinoma, who was treated with oral sorafenib, demonstrated a near-complete clinical and radiographic remission for 5 years. Whole-genome sequencing and RNA sequencing of primary tumor and normal samples from this patient identified a somatic mutation, ARAF S214C, present in the cancer genome and expressed at high levels. Additional mutations affecting [...]
Menées sur des échantillons tumoraux prélevés sur plusieurs cohortes de patients pédiatriques atteints d'un gliome infiltrant du tronc cérébral ou d'un astrocytome de haut grade, ces études identifient notamment la présence de mutations du gène ACVR1
The genomic landscape of diffuse intrinsic pontine glioma and pediatric non-brainstem high-grade glioma
Menées sur des échantillons tumoraux prélevés sur plusieurs cohortes de patients pédiatriques atteints d'un gliome infiltrant du tronc cérébral ou d'un astrocytome de haut grade, ces études identifient notamment la présence de mutations du gène ACVR1
The genomic landscape of diffuse intrinsic pontine glioma and pediatric non-brainstem high-grade glioma
the St. Jude Children's Research Hospital-Washington University Pediatric Cancer Genome, Project
Pediatric high-grade glioma (HGG) is a devastating disease with a less than 20% survival rate 2 years after diagnosis. We analyzed 127 pediatric HGGs, including diffuse intrinsic pontine gliomas (DIPGs) and non-brainstem HGGs (NBS-HGGs), by whole-genome, whole-exome and/or transcriptome sequencing. We identified recurrent somatic mutations in ACVR1 exclusively in DIPGs (32%), in addition to previously reported frequent somatic mutations in histone H3 genes, TP53 and ATRX, in both DIPGs and [...]
Recurrent activating ACVR1 mutations in diffuse intrinsic pontine glioma
Menées sur des échantillons tumoraux prélevés sur plusieurs cohortes de patients pédiatriques atteints d'un gliome infiltrant du tronc cérébral ou d'un astrocytome de haut grade, ces études identifient notamment la présence de mutations du gène ACVR1
Recurrent activating ACVR1 mutations in diffuse intrinsic pontine glioma
Taylor, Kathryn R. ; Mackay, Alan ; Truffaux, Nathalène ; Butterfield, Yaron S. ; Morozova, Olena ; Philippe, Cathy ; Castel, David ; Grasso, Catherine S. ; Vinci, Maria ; Carvalho, Diana ; Carcaboso, Angel M. ; de Torres, Carmen ; Cruz, Ofelia ; Mora, Jaume ; Entz-Werle, Natacha ; Ingram, Wendy J. ; Monje, Michelle ; Hargrave, Darren ; Bullock, Alex N. ; Puget, Stéphanie ; Yip, Stephen ; Jones, Chris ; Grill, Jacques
Diffuse intrinsic pontine gliomas (DIPGs) are highly infiltrative malignant glial neoplasms of the ventral pons that, due to their location within the brain, are unsuitable for surgical resection and consequently have a universally dismal clinical outcome. The median survival time is 9–12 months, with neither chemotherapeutic nor targeted agents showing substantial survival benefit in clinical trials in children with these tumors. We report the identification of recurrent activating mutations [...]
Recurrent somatic mutations in ACVR1 in pediatric midline high-grade astrocytoma
Menées sur des échantillons tumoraux prélevés sur plusieurs cohortes de patients pédiatriques atteints d'un gliome infiltrant du tronc cérébral ou d'un astrocytome de haut grade, ces études identifient notamment la présence de mutations du gène ACVR1
Recurrent somatic mutations in ACVR1 in pediatric midline high-grade astrocytoma
Fontebasso, Adam M. ; Papillon-Cavanagh, Simon ; Schwartzentruber, Jeremy ; Nikbakht, Hamid ; Gerges, Noha ; Fiset, Pierre-Olivier ; Bechet, Denise ; Faury, Damien ; De Jay, Nicolas ; Ramkissoon, Lori A. ; Corcoran, Aoife ; Jones, David T. W. ; Sturm, Dominik ; Johann, Pascal ; Tomita, Tadanori ; Goldman, Stewart ; Nagib, Mahmoud ; Bendel, Anne ; Goumnerova, Liliana ; Bowers, Daniel C. ; Leonard, Jeffrey R. ; Rubin, Joshua B. ; Alden, Tord ; Browd, Samuel ; Geyer, J. Russell ; Leary, Sarah ; Jallo, George ; Cohen, Kenneth ; Gupta, Nalin ; Prados, Michael D. ; Carret, Anne-Sophie ; Ellezam, Benjamin ; Crevier, Louis ; Klekner, Almos ; Bognar, Laszlo ; Hauser, Peter ; Garami, Miklos ; Myseros, John ; Dong, Zhifeng ; Siegel, Peter M. ; Malkin, Hayley ; Ligon, Azra H. ; Albrecht, Steffen ; Pfister, Stefan M. ; Ligon, Keith L. ; Majewski, Jacek ; Jabado, Nada ; Kieran, Mark W.
Pediatric midline high-grade astrocytomas (mHGAs) are incurable with few treatment targets identified. Most tumors harbor mutations encoding p.Lys27Met in histone H3 variants. In 40 treatment-naive mHGAs, 39 analyzed by whole-exome sequencing, we find additional somatic mutations specific to tumor location. Gain-of-function mutations in ACVR1 occur in tumors of the pons in conjunction with histone H3.1 p.Lys27Met substitution, whereas FGFR1 mutations or fusions occur in thalamic tumors [...]
Genomic analysis of diffuse intrinsic pontine gliomas identifies three molecular subgroups and recurrent activating ACVR1 mutations
Menées sur des échantillons tumoraux prélevés sur plusieurs cohortes de patients pédiatriques atteints d'un gliome infiltrant du tronc cérébral ou d'un astrocytome de haut grade, ces études identifient notamment la présence de mutations du gène ACVR1
Genomic analysis of diffuse intrinsic pontine gliomas identifies three molecular subgroups and recurrent activating ACVR1 mutations
Buczkowicz, Pawel ; Hoeman, Christine ; Rakopoulos, Patricia ; Pajovic, Sanja ; Letourneau, Louis ; Dzamba, Misko ; Morrison, Andrew ; Lewis, Peter ; Bouffet, Eric ; Bartels, Ute ; Zuccaro, Jennifer ; Agnihotri, Sameer ; Ryall, Scott ; Barszczyk, Mark ; Chornenkyy, Yevgen ; Bourgey, Mathieu ; Bourque, Guillaume ; Montpetit, Alexandre ; Cordero, Francisco ; Castelo-Branco, Pedro ; Mangerel, Joshua ; Tabori, Uri ; Ho, King Ching ; Huang, Annie ; Taylor, Kathryn R. ; Mackay, Alan ; Bendel, Anne E. ; Nazarian, Javad ; Fangusaro, Jason R. ; Karajannis, Matthias A. ; Zagzag, David ; Foreman, Nicholas K. ; Donson, Andrew ; Hegert, Julia V. ; Smith, Amy ; Chan, Jennifer ; Lafay-Cousin, Lucy ; Dunn, Sandra ; Hukin, Juliette ; Dunham, Chris ; Scheinemann, Katrin ; Michaud, Jean ; Zelcer, Shayna ; Ramsay, David ; Cain, Jason ; Brennan, Cameron ; Souweidane, Mark M. ; Jones, Chris ; Allis, C. David ; Brudno, Michael ; Becher, Oren ; Hawkins, Cynthia
Diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) is a fatal brain cancer that arises in the brainstem of children, with no effective treatment and near 100% fatality. The failure of most therapies can be attributed to the delicate location of these tumors and to the selection of therapies on the basis of assumptions that DIPGs are molecularly similar to adult disease. Recent studies have unraveled the unique genetic makeup of this brain cancer, with nearly 80% found to harbor a p.Lys27Met histone H3.3 [...]
Menée sur 27 paires d'échantillons de tumeurs primitives et récidivantes prélevées sur des patients atteints d'un glioblastome ne présentant pas de mutations des gènes IDH1/2, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques associées à la récidive, notamment en cas d'une perte de gènes de la région 9p.21.3 dans les tumeurs primitives
Genomic profiling reveals distinctive molecular relapse patterns in IDH1/2 wild-type glioblastoma
Menée sur 27 paires d'échantillons de tumeurs primitives et récidivantes prélevées sur des patients atteints d'un glioblastome ne présentant pas de mutations des gènes IDH1/2, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques associées à la récidive, notamment en cas d'une perte de gènes de la région 9p.21.3 dans les tumeurs primitives
Genomic profiling reveals distinctive molecular relapse patterns in IDH1/2 wild-type glioblastoma
Riehmer, Vera ; Gietzelt, Jens ; Beyer, Ulrike ; Hentschel, Bettina ; Westphal, Manfred ; Schackert, Gabriele ; Sabel, Michael C. ; Radlwimmer, Bernhard ; Pietsch, Torsten ; Reifenberger, Guido ; Weller, Michael ; Weber, Ruthild G. ; Loeffler, Markus ; for the German Glioma, Network
Molecular changes associated with the progression of glioblastoma after standard radiochemotherapy remain poorly understood. We compared genomic profiles of 27 paired primary and recurrent IDH1/2 wild-type glioblastomas by genome-wide array-based comparative genomic hybridization. By bioinformatic analysis, primary and recurrent tumor profiles were normalized and segmented, chromosomal gains and losses identified taking the tumor cell content into account, and difference profiles deduced. Seven [...]
Oncogènes et suppresseurs de tumeurs (4)
Menée à l'aide d'un modèle murin de cancer du pancréas, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la signalisation JNK exerce une fonction de suppresseur de tumeurs
Impaired JNK signaling cooperates with KrasG12D expression to accelerate pancreatic ductal adenocarcinoma
Menée à l'aide d'un modèle murin de cancer du pancréas, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la signalisation JNK exerce une fonction de suppresseur de tumeurs
Impaired JNK signaling cooperates with KrasG12D expression to accelerate pancreatic ductal adenocarcinoma
Davies, Clare C. ; Harvey, Emma ; McMahon, Raymond F.T. ; Finegan, Katherine G ; Connor, Frances ; Davis, Roger J ; Tuveson, David A ; Tournier, Cathy
The c-Jun N-terminal protein kinase (JNK) and its two direct activators, namely the mitogen-activated protein kinase (MAPK) kinase 4 (MKK4) and MKK7, constitute a signaling node frequently mutated in human pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC). Here we demonstrate the cooperative interaction of endogenous expression of KrasG12D with loss-of-function mutations in mkk4 or both, mkk4 and mkk7 genes in the pancreas. More specifically, impaired JNK signaling in a subpopulation of Pdx1-expressing [...]
Menée à l'aide d'un modèle murin de cancer du poumon, cette étude met en évidence le rôle joué par des lymphocytes T auxiliaires Th17 dans la tumorigenèse
T helper 17 cells play a critical pathogenic role in lung cancer
Menée à l'aide d'un modèle murin de cancer du poumon, cette étude met en évidence le rôle joué par des lymphocytes T auxiliaires Th17 dans la tumorigenèse
T helper 17 cells play a critical pathogenic role in lung cancer
Chang, Seon Hee ; Mirabolfathinejad, Seyedeh Golsar ; Katta, Harshadadevi ; Cumpian, Amber M. ; Gong, Lei ; Caetano, Mauricio S. ; Moghaddam, Seyed Javad ; Dong, Chen
Lung cancer development is associated with extensive pulmonary inflammation. In addition, the linkage between chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and lung cancer has been demonstrated in population-based studies. IL-17–producing CD4 helper T cells (Th17 cells) play a critical role in promoting chronic tissue inflammation. Although Th17 cells are found in human COPD and lung cancer, their role is not understood. We have thus used a mouse model of lung cancer, in which an oncogenic form [...]
Menée à l'aide de modèles murins de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels des populations cellulaires hétérogènes coopèrent pour favoriser la croissance tumorale
Cancer: Clonal cooperation
Menée à l'aide de modèles murins de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels des populations cellulaires hétérogènes coopèrent pour favoriser la croissance tumorale
Cancer: Clonal cooperation
Polyak, Kornelia ; Marusyk, Andriy
Widespread genetic heterogeneity in cells of human tumours poses a question: what prevents the fittest clone from taking over? A demonstration of interdependence between distinct clones might shed light on this puzzle.
Tumour cell heterogeneity maintained by cooperating subclones in Wnt-driven mammary cancers
Menée à l'aide de modèles murins de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels des populations cellulaires hétérogènes coopèrent pour favoriser la croissance tumorale
Tumour cell heterogeneity maintained by cooperating subclones in Wnt-driven mammary cancers
Cleary, Allison S. ; Leonard, Travis L. ; Gestl, Shelley A. ; Gunther, Edward J.
Cancer genome sequencing studies indicate that a single breast cancer typically harbours multiple genetically distinct subclones. As carcinogenesis involves a breakdown in the cell–cell cooperation that normally maintains epithelial tissue architecture, individual subclones within a malignant microenvironment are commonly depicted as self-interested competitors. Alternatively, breast cancer subclones might interact cooperatively to gain a selective growth advantage in some cases. Although [...]
Menée à l'aide de xénogreffes et d'échantillons tumoraux prélevés sur 561 patients atteints d'un cancer de la vessie, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une enzyme de débranchement du glycogène, AGL, exerce une fonction de suppresseur de tumeurs
Role in Tumor Growth of a Glycogen Debranching Enzyme Lost in Glycogen Storage Disease
Menée à l'aide de xénogreffes et d'échantillons tumoraux prélevés sur 561 patients atteints d'un cancer de la vessie, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une enzyme de débranchement du glycogène, AGL, exerce une fonction de suppresseur de tumeurs
Role in Tumor Growth of a Glycogen Debranching Enzyme Lost in Glycogen Storage Disease
Guin, Sunny ; Pollard, Courtney ; Ru, Yuanbin ; Ritterson Lew, Carolyn ; Duex, Jason E. ; Dancik, Garrett ; Owens, Charles ; Spencer, Andrea ; Knight, Scott ; Holemon, Heather ; Gupta, Sounak ; Hansel, Donna ; Hellerstein, Marc ; Lorkiewicz, Pawel ; Lane, Andrew N. ; Fan, Teresa W.-M. ; Theodorescu, Dan
Background : Bladder cancer is the most common malignancy of the urinary system, yet our molecular understanding of this disease is incomplete, hampering therapeutic advances. Methods : Here we used a genome-wide functional short-hairpin RNA (shRNA) screen to identify suppressors of in vivo bladder tumor xenograft growth (n = 50) using bladder cancer UMUC3 cells. Next-generation sequencing was used to identify the most frequently occurring shRNAs in tumors. Genes so identified were studied in [...]
Progression et métastases (2)
Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en interaction avec des facteurs induits par l'hypoxie, la protéine de fusion PML-RARα favorise la progression et la récidive d'une leucémie promyélocytaire aiguë
HIF factors cooperate with PML-RARα to promote acute promyelocytic leukemia progression and relapse
Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en interaction avec des facteurs induits par l'hypoxie, la protéine de fusion PML-RARα favorise la progression et la récidive d'une leucémie promyélocytaire aiguë
HIF factors cooperate with PML-RARα to promote acute promyelocytic leukemia progression and relapse
Coltella, Nadia ; Percio, Stefano ; Valsecchi, Roberta ; Cuttano, Roberto ; Guarnerio, Jlenia ; Ponzoni, Maurilio ; Pandolfi, Pier Paolo ; Melillo, Giovanni ; Pattini, Linda ; Bernardi, Rosa
Acute promyelocytic leukemia (APL) is epitomized by the chromosomal translocation t(15;17) and the resulting oncogenic fusion protein PML-RARα. Although acting primarily as a transcriptional repressor, PML-RARα can also exert functions of transcriptional co-activation. Here, we find that PML-RARα stimulates transcription driven by HIF factors, which are critical regulators of adaptive responses to hypoxia and stem cell maintenance. Consistently, HIF-related gene signatures are upregulated in [...]
Menée in vitro et à l'aide de xénogreffes, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une sous-expression de PI4P dans l'appareil de Golgi des cellules de cancer du sein favorise la progression tumorale
Phosphatidylinositol 4-phosphate in the Golgi apparatus regulates cell-cell adhesion and invasive cell migration in human breast cancer
Menée in vitro et à l'aide de xénogreffes, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une sous-expression de PI4P dans l'appareil de Golgi des cellules de cancer du sein favorise la progression tumorale
Phosphatidylinositol 4-phosphate in the Golgi apparatus regulates cell-cell adhesion and invasive cell migration in human breast cancer
Tokuda, Emi ; Itoh, Toshiki ; Hasegawa, Junya ; Ijuin, Takeshi ; Takeuchi, Yukiko ; Irino, Yasuhiro ; Fukumoto, Miki ; Takenawa, Tadaomi
Downregulation of cell-cell adhesion and upregulation of cell migration play critical roles in the conversion of benign tumors to aggressive invasive cancers. In this study, we show that changes in cell-cell adhesion and cancer cell migration/invasion capacity depend on the level of phosphatidylinositol 4-phosphate (PI4P) in the Golgi apparatus in breast cancer cells. Attenuating SAC1, a PI4P phosphatase localized in the Golgi apparatus, resulted in decreased cell-cell adhesion and increased [...]