Nota Bene Cancer
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Sommaire du n° 370 du 17 avril 2018
Biologie
Aberrations chromosomiques (2)
Menée à l'aide d'organoïdes dérivés de multiples cellules issues de trois tumeurs colorectales, cette étude met en évidence une importante diversification des mutations de gènes et de profils de méthylation de l'ADN dans les cellules cancéreuses
Intra-tumour diversification in colorectal cancer at the single-cell level
Menée à l'aide d'organoïdes dérivés de multiples cellules issues de trois tumeurs colorectales, cette étude met en évidence une importante diversification des mutations de gènes et de profils de méthylation de l'ADN dans les cellules cancéreuses
Intra-tumour diversification in colorectal cancer at the single-cell level
Roerink, Sophie F. ; Sasaki, Nobuo ; Lee-Six, Henry ; Young, Matthew D. ; Alexandrov, Ludmil B. ; Behjati, Sam ; Mitchell, Thomas J. ; Grossmann, Sebastian ; Lightfoot, Howard ; Egan, David A. ; Pronk, Apollo ; Smakman, Niels ; van Gorp, Joost ; Anderson, Elizabeth ; Gamble, Stephen J. ; Alder, Chris ; van de Wetering, Marc ; Campbell, Peter J. ; Stratton, Michael R. ; Clevers, Hans
Every cancer originates from a single cell. During expansion of the neoplastic cell population, individual cells acquire genetic and phenotypic differences from each other. Here, to investigate the nature and extent of intra-tumour diversification, we characterized organoids derived from multiple single cells from three colorectal cancers as well as from adjacent normal intestinal crypts. Colorectal cancer cells showed extensive mutational diversification and carried several times more somatic [...]
Organoids reveal cancer dynamics
Menée à l'aide d'organoïdes dérivés de multiples cellules issues de trois tumeurs colorectales, cette étude met en évidence une importante diversification des mutations de gènes et de profils de méthylation de l'ADN dans les cellules cancéreuses
Organoids reveal cancer dynamics
Calvin J. Kuo ; Christina Curtis
Single-cell analyses in cancer are limited by the small biomass of individual cells. In vitro production of 3D organoid structures from single tumour-derived cells generates sufficient biomass for in-depth analyses.
A partir d'échantillons de tumeurs primitives et de métastases prélevés sur des patients atteints d'un carcinome rénal à cellules claires, ces trois études mettent en évidence un ensemble d'événements génomiques permettant de décrire la trajectoire évolutionniste d'une tumeur, de sa croissance initiale jusqu'à la formation de métastases
Timing the Landmark Events in the Evolution of Clear Cell Renal Cell Cancer: TRACERx Renal
A partir d'échantillons de tumeurs primitives et de métastases prélevés sur des patients atteints d'un carcinome rénal à cellules claires, ces trois études mettent en évidence un ensemble d'événements génomiques permettant de décrire la trajectoire évolutionniste d'une tumeur, de sa croissance initiale jusqu'à la formation de métastases
Timing the Landmark Events in the Evolution of Clear Cell Renal Cell Cancer: TRACERx Renal
Mitchell, Thomas J. ; Turajlic, Samra ; Rowan, Andrew ; Nicol, David ; Farmery, James H. R. ; O’Brien, Tim ; Martincorena, Inigo ; Tarpey, Patrick ; Angelopoulos, Nicos ; Yates, Lucy R. ; Butler, Adam P. ; Raine, Keiran ; Stewart, Grant D. ; Challacombe, Ben ; Fernando, Archana ; Lopez, Jose I. ; Hazell, Steve ; Chandra, Ashish ; Chowdhury, Simon ; Rudman, Sarah ; Soultati, Aspasia ; Stamp, Gordon ; Fotiadis, Nicos ; Pickering, Lisa ; Au, Lewis ; Spain, Lavinia ; Lynch, Joanna ; Stares, Mark ; Teague, Jon ; Maura, Francesco ; Wedge, David C. ; Horswell, Stuart ; Chambers, Tim ; Litchfield, Kevin ; Xu, Hang ; Stewart, Aengus ; Elaidi, Reza ; Oudard, Stéphane ; McGranahan, Nicholas ; Csabai, Istvan ; Gore, Martin ; Futreal, P. Andrew ; Larkin, James ; Lynch, Andy G. ; Szallasi, Zoltan ; Swanton, Charles ; Campbell, Peter J.
Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is characterized by near-universal loss of the short arm of chromosome 3, deleting several tumor suppressor genes. We analyzed whole genomes from 95 biopsies across 33 patients with clear cell renal cell carcinoma. We find hotspots of point mutations in the 5? UTR of TERT, targeting a MYC-MAX-MAD1 repressor associated with telomere lengthening. The most common structural abnormality generates simultaneous 3p loss and 5q gain (36% patients), typically [...]
Tracking Cancer Evolution Reveals Constrained Routes to Metastases: TRACERx Renal
A partir d'échantillons de tumeurs primitives et de métastases prélevés sur des patients atteints d'un carcinome rénal à cellules claires, ces trois études mettent en évidence un ensemble d'événements génomiques permettant de décrire la trajectoire évolutionniste d'une tumeur, de sa croissance initiale jusqu'à la formation de métastases
Tracking Cancer Evolution Reveals Constrained Routes to Metastases: TRACERx Renal
Turajlic, Samra ; Xu, Hang ; Litchfield, Kevin ; Rowan, Andrew ; Chambers, Tim ; Lopez, Jose I. ; Nicol, David ; O’Brien, Tim ; Larkin, James ; Horswell, Stuart ; Stares, Mark ; Au, Lewis ; Jamal-Hanjani, Mariam ; Challacombe, Ben ; Chandra, Ashish ; Hazell, Steve ; Eichler-Jonsson, Claudia ; Soultati, Aspasia ; Chowdhury, Simon ; Rudman, Sarah ; Lynch, Joanna ; Fernando, Archana ; Stamp, Gordon ; Nye, Emma ; Jabbar, Faiz ; Spain, Lavinia ; Lall, Sharanpreet ; Guarch, Rosa ; Falzon, Mary ; Proctor, Ian ; Pickering, Lisa ; Gore, Martin ; Watkins, Thomas B. K. ; Ward, Sophia ; Stewart, Aengus ; DiNatale, Renzo ; Becerra, Maria F. ; Reznik, Ed ; Hsieh, James J. ; Richmond, Todd A. ; Mayhew, George F. ; Hill, Samantha M. ; McNally, Catherine D. ; Jones, Carol ; Rosenbaum, Heidi ; Stanislaw, Stacey ; Burgess, Daniel L. ; Alexander, Nelson R. ; Swanton, Charles
Clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) exhibits a broad range of metastatic phenotypes that have not been systematically studied to date. Here, we analyzed 575 primary and 335 metastatic biopsies across 100 patients with metastatic ccRCC, including two cases sampledat post-mortem. Metastatic competence was afforded by chromosome complexity, and we identify 9p loss as a highly selected event driving metastasis and ccRCC-related mortality (p = 0.0014). Distinct patterns of metastatic [...]
Deterministic Evolutionary Trajectories Influence Primary Tumor Growth: TRACERx Renal
A partir d'échantillons de tumeurs primitives et de métastases prélevés sur des patients atteints d'un carcinome rénal à cellules claires, ces trois études mettent en évidence un ensemble d'événements génomiques permettant de décrire la trajectoire évolutionniste d'une tumeur, de sa croissance initiale jusqu'à la formation de métastases
Deterministic Evolutionary Trajectories Influence Primary Tumor Growth: TRACERx Renal
Turajlic, Samra ; Xu, Hang ; Litchfield, Kevin ; Rowan, Andrew ; Horswell, Stuart ; Chambers, Tim ; O’Brien, Tim ; Lopez, Jose I. ; Watkins, Thomas B. K. ; Nicol, David ; Stares, Mark ; Challacombe, Ben ; Hazell, Steve ; Chandra, Ashish ; Mitchell, Thomas J. ; Au, Lewis ; Eichler-Jonsson, Claudia ; Jabbar, Faiz ; Soultati, Aspasia ; Chowdhury, Simon ; Rudman, Sarah ; Lynch, Joanna ; Fernando, Archana ; Stamp, Gordon ; Nye, Emma ; Stewart, Aengus ; Xing, Wei ; Smith, Jonathan C. ; Escudero, Mickael ; Huffman, Adam ; Matthews, Nik ; Elgar, Greg ; Phillimore, Ben ; Costa, Marta ; Begum, Sharmin ; Ward, Sophia ; Salm, Max ; Boeing, Stefan ; Fisher, Rosalie ; Spain, Lavinia ; Navas, Carolina ; Grönroos, Eva ; Hobor, Sebastijan ; Sharma, Sarkhara ; Aurangzeb, Ismaeel ; Lall, Sharanpreet ; Polson, Alexander ; Varia, Mary ; Horsfield, Catherine ; Fotiadis, Nicos ; Pickering, Lisa ; Schwarz, Roland F. ; Silva, Bruno ; Herrero, Javier ; Luscombe, Nick M. ; Jamal-Hanjani, Mariam ; Rosenthal, Rachel ; Birkbak, Nicolai J. ; Wilson, Gareth A. ; Pipek, Orsolya ; Ribli, Dezso ; Krzystanek, Marcin ; Csabai, Istvan ; Szallasi, Zoltan ; Gore, Martin ; McGranahan, Nicholas ; Van Loo, Peter ; Campbell, Peter ; Larkin, James ; Swanton, Charles
The evolutionary features of clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) have not been systematically studied to date. We analyzed 1,206 primary tumor regions from 101 patients recruited into the multi-center prospective study, TRACERx Renal. We observe up to 30 driver events per tumor and show that subclonal diversification is associated with known prognostic parameters. By resolving the patterns of driver event ordering, co-occurrence, and mutual exclusivity at clone level, we show the [...]
Oncogènes et suppresseurs de tumeurs (2)
Menée à l'aide de la technologie CRISPR/Cas9 sur des modèles murins de cancer du poumon, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels le gène UTX exerce une fonction de suppresseur de tumeurs
In vivo CRISPR screening unveils histone demethylase UTX as an important epigenetic regulator in lung tumorigenesis
Menée à l'aide de la technologie CRISPR/Cas9 sur des modèles murins de cancer du poumon, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels le gène UTX exerce une fonction de suppresseur de tumeurs
In vivo CRISPR screening unveils histone demethylase UTX as an important epigenetic regulator in lung tumorigenesis
Wu, Qibiao ; Tian, Yahui ; Zhang, Jian ; Tong, Xinyuan ; Huang, Hsinyi ; Li, Shuai ; Zhao, Hong ; Tang, Ying ; Yuan, Chongze ; Wang, Kun ; Fang, Zhaoyuan ; Gao, Lei ; Hu, Xin ; Li, Fuming ; Qin, Zhen ; Yao, Shun ; Chen, Ting ; Chen, Haiquan ; Zhang, Gong ; Liu, Wanting ; Sun, Yihua ; Chen, Luonan ; Wong, Kwok-Kin ; Ge, Kai ; Chen, Liang ; Ji, Hongbin
Tumor suppressor genes (TSGs) play important roles in lung cancer initiation, progression, and even metastasis. Here, we take advantage of the clustered regularly interspaced short palindromic repeats/Cas9-mediated screening in vivo technique to identify multiple tumor suppressor genes contributing to lung cancer malignant progression. Using genetically engineered mouse models, we further confirm the tumor-suppressive role of epigenetic regulator UTX and provide therapeutic implications for [...]
A partir de données épigénétiques portant sur 6 475 tumeurs et 455 lignées cellulaires cancéreuses, puis menée in vitro et in vivo, cette étude met notamment en évidence des mécanismes par lesquels, en interaction avec la protéine MYC, un long ARN non codant, EPIC1, favorise le développement d'un cancer du sein
lncRNA Epigenetic Landscape Analysis Identifies EPIC1 as an Oncogenic lncRNA that Interacts with MYC and Promotes Cell-Cycle Progression in Cancer
A partir de données épigénétiques portant sur 6 475 tumeurs et 455 lignées cellulaires cancéreuses, puis menée in vitro et in vivo, cette étude met notamment en évidence des mécanismes par lesquels, en interaction avec la protéine MYC, un long ARN non codant, EPIC1, favorise le développement d'un cancer du sein
lncRNA Epigenetic Landscape Analysis Identifies EPIC1 as an Oncogenic lncRNA that Interacts with MYC and Promotes Cell-Cycle Progression in Cancer
Wang, Zehua ; Yang, Bo ; Zhang, Min ; Guo, Weiwei ; Wu, Zhiyuan ; Wang, Yue ; Jia, Lin ; Li, Song ; Caesar-Johnson, Samantha J. ; Demchok, John A. ; Felau, Ina ; Kasapi, Melpomeni ; Ferguson, Martin L. ; Hutter, Carolyn M. ; Sofia, Heidi J. ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zenklusen, Jean C. ; Zhang, Jiashan ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Cho, Juok ; Defreitas, Timothy ; Frazer, Scott ; Gehlenborg, Nils ; Getz, Gad ; Heiman, David I. ; Kim, Jaegil ; Lawrence, Michael S. ; Lin, Pei ; Meier, Sam ; Noble, Michael S. ; Saksena, Gordon ; Voet, Doug ; Zhang, Hailei ; Bernard, Brady ; Chambwe, Nyasha ; Dhankani, Varsha ; Knijnenburg, Theo ; Kramer, Roger ; Leinonen, Kalle ; Liu, Yuexin ; Miller, Michael ; Reynolds, Sheila ; Shmulevich, Ilya ; Thorsson, Vésteinn ; Zhang, Wei ; Akbani, Rehan ; Broom, Bradley M. ; Hegde, Apurva M. ; Ju, Zhenlin ; Kanchi, Rupa S. ; Korkut, Anil ; Li, Jun ; Liang, Han ; Ling, Shiyun ; Liu, Wenbin ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B. ; Ng, Kwok-Shing ; Rao, Arvind ; Ryan, Michael ; Wang, Jing ; Weinstein, John N. ; Zhang, Jiexin ; Abeshouse, Adam ; Armenia, Joshua ; Chakravarty, Debyani ; Chatila, Walid K. ; Bruijn, Inode ; Gao, JianJiong ; Gross, Benjamin E. ; Heins, Zachary J. ; Kundra, Ritika ; La, Konnor ; Ladanyi, Marc ; Luna, Augustin ; Nissan, Moriah G. ; Ochoa, Angelica ; Phillips, Sarah M. ; Reznik, Ed ; Sanchez-Vega, Francisco ; Sander, Chris ; Schultz, Nikolaus ; Sheridan, Robert ; Sumer, S. Onur ; Sun, Yichao ; Taylor, Barry S. ; Wang, Jioajiao ; Zhang, Hongxin ; Anur, Pavana ; Peto, Myron ; Spellman, Paul ; Benz, Christopher ; Stuart, Joshua M. ; Wong, Christopher K. ; Yau, Christina ; Hayes, D. Neil ; Parker, Joel S. ; Wilkerson, Matthew D. ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Bowlby, Reanne ; Brooks, Denise ; Carlsen, Rebecca ; Chuah, Eric ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert ; Jones, Steven J. M. ; Kasaian, Katayoon ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A. ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A. ; Mungall, Andrew J. ; Mungall, Karen ; Robertson, A. Gordon ; Sadeghi, Sara ; Schein, Jacqueline E. ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Berger, Ashton C. ; Beroukhim, Rameen ; Cherniack, Andrew D. ; Cibulskis, Carrie ; Gabriel, Stacey B. ; Gao, Galen F. ; Ha, Gavin ; Meyerson, Matthew ; Schumacher, Steven E. ; Shih, Juliann ; Kucherlapati, Melanie H. ; Kucherlapati, Raju S. ; Baylin, Stephen ; Cope, Leslie ; Danilova, Ludmila ; Bootwalla, Moiz S. ; Lai, Phillip H. ; Maglinte, Dennis T. ; Van Den Berg, David J. ; Weisenberger, Daniel J. ; Auman, J. Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Fan, Cheng ; Hoadley, Katherine A. ; Hoyle, Alan P. ; Jefferys, Stuart R. ; Jones, Corbin D. ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A. ; Mose, Lisle E. ; Perou, Amy H. ; Perou, Charles M. ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V. ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G. ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Fan, Huihui ; Hinoue, Toshinori ; Laird, Peter W. ; Shen, Hui ; Zhou, Wanding ; Bellair, Michelle ; Chang, Kyle ; Covington, Kyle ; Creighton, Chad J. ; Dinh, Huyen ; Doddapaneni, Harshavardhan ; Donehower, Lawrence A. ; Drummond, Jennifer ; Gibbs, Richard A. ; Glenn, Robert ; Hale, Walker ; Han, Yi ; Hu, Jianhong ; Korchina, Viktoriya ; Lee, Sandra ; Lewis, Lora ; Li, Wei ; Liu, Xiuping ; Morgan, Margaret ; Morton, Donna ; Muzny, Donna ; Santibanez, Jireh ; Sheth, Margi ; Shinbrot, Eve ; Wang, Linghua ; Wang, Min ; Wheeler, David A. ; Xi, Liu ; Zhao, Fengmei ; Hess, Julian ; Appelbaum, Elizabeth L. ; Bailey, Matthew ; Cordes, Matthew G. ; Ding, Li ; Fronick, Catrina C. ; Fulton, Lucinda A. ; Fulton, Robert S. ; Kandoth, Cyriac ; Mardis, Elaine R. ; McLellan, Michael D. ; Miller, Christopher A. ; Schmidt, Heather K. ; Wilson, Richard K. ; Crain, Daniel ; Curley, Erin ; Gardner, Johanna ; Lau, Kevin ; Mallery, David ; Morris, Scott ; Paulauskis, Joseph ; Penny, Robert ; Shelton, Candace ; Shelton, Troy ; Sherman, Mark ; Thompson, Eric ; Yena, Peggy ; Bowen, Jay ; Gastier-Foster, Julie M. ; Gerken, Mark ; Leraas, Kristen M. ; Lichtenberg, Tara M. ; Ramirez, Nilsa C. ; Wise, Lisa ; Zmuda, Erik ; Corcoran, Niall ; Costello, Tony ; Hovens, Christopher ; Carvalho, Andre L. ; de Carvalho, Ana C. ; Fregnani, José H. ; Longatto-Filho, Adhemar ; Reis, Rui M. ; Scapulatempo-Neto, Cristovam ; Silveira, Henrique C. S. ; Vidal, Daniel O. ; Burnette, Andrew ; Eschbacher, Jennifer ; Hermes, Beth ; Noss, Ardene ; Singh, Rosy ; Anderson, Matthew L. ; Castro, Patricia D. ; Ittmann, Michael ; Huntsman, David ; Kohl, Bernard ; Le, Xuan ; Thorp, Richard ; Andry, Chris ; Duffy, Elizabeth R. ; Lyadov, Vladimir ; Paklina, Oxana ; Setdikova, Galiya ; Shabunin, Alexey ; Tavobilov, Mikhail ; McPherson, Christopher ; Warnick, Ronald ; Berkowitz, Ross ; Cramer, Daniel ; Feltmate, Colleen ; Horowitz, Neil ; Kibel, Adam ; Muto, Michael ; Raut, Chandrajit P. ; Malykh, Andrei ; Barnholtz-Sloan, Jill S. ; Barrett, Wendi ; Devine, Karen ; Fulop, Jordonna ; Ostrom, Quinn T. ; Shimmel, Kristen ; Wolinsky, Yingli ; Sloan, Andrew E. ; De Rose, Agostino ; Giuliante, Felice ; Goodman, Marc ; Karlan, Beth Y. ; Hagedorn, Curt H. ; Eckman, John ; Harr, Jodi ; Myers, Jerome ; Tucker, Kelinda ; Zach, Leigh Anne ; Deyarmin, Brenda ; Hu, Hai ; Kvecher, Leonid ; Larson, Caroline ; Mural, Richard J. ; Somiari, Stella ; Vicha, Ales ; Zelinka, Tomas ; Bennett, Joseph ; Iacocca, Mary ; Rabeno, Brenda ; Swanson, Patricia ; Latour, Mathieu ; Lacombe, Louis ; Tetu, Bernard ; Bergeron, Alain ; McGraw, Mary ; Staugaitis, Susan M. ; Chabot, John ; Hibshoosh, Hanina ; Sepulveda, Antonia ; Su, Tao ; Wang, Timothy ; Potapova, Olga ; Voronina, Olga ; Desjardins, Laurence ; Mariani, Odette ; Roman-Roman, Sergio ; Sastre, Xavier ; Stern, Marc-Henri ; Cheng, Feixiong ; Signoretti, Sabina ; Berchuck, Andrew ; Bigner, Darell ; Lipp, Eric ; Marks, Jeffrey ; McCall, Shannon ; McLendon, Roger ; Secord, Angeles ; Sharp, Alexis ; Behera, Madhusmita ; Brat, Daniel J. ; Chen, Amy ; Delman, Keith ; Force, Seth ; Khuri, Fadlo ; Magliocca, Kelly ; Maithel, Shishir ; Olson, Jeffrey J. ; Owonikoko, Taofeek ; Pickens, Alan ; Ramalingam, Suresh ; Shin, Dong M. ; Sica, Gabriel ; Van Meir, Erwin G. ; Zhang, Hongzheng ; Eijckenboom, Wil ; Gillis, Ad ; Korpershoek, Esther ; Looijenga, Leendert ; Oosterhuis, Wolter ; Stoop, Hans ; van Kessel, Kim E. ; Zwarthoff, Ellen C. ; Calatozzolo, Chiara ; Cuppini, Lucia ; Cuzzubbo, Stefania ; DiMeco, Francesco ; Finocchiaro, Gaetano ; Mattei, Luca ; Perin, Alessandro ; Pollo, Bianca ; Chen, Chu ; Houck, John ; Lohavanichbutr, Pawadee ; Hartmann, Arndt ; Stoehr, Christine ; Stoehr, Robert ; Taubert, Helge ; Wach, Sven ; Wullich, Bernd ; Kycler, Witold ; Murawa, Dawid ; Wiznerowicz, Maciej ; Chung, Ki ; Edenfield, W. Jeffrey ; Martin, Julie ; Baudin, Eric ; Bubley, Glenn ; Bueno, Raphael ; De Rienzo, Assunta ; Richards, William G. ; Kalkanis, Steven ; Mikkelsen, Tom ; Noushmehr, Houtan ; Scarpace, Lisa ; Girard, Nicolas ; Aymerich, Marta ; Campo, Elias ; Giné, Eva ; Guillermo, Armando López ; Van Bang, Nguyen ; Hanh, Phan Thi ; Phu, Bui Duc ; Tang, Yufang ; Colman, Howard ; Evason, Kimberley ; Dottino, Peter R. ; Martignetti, John A. ; Gabra, Hani ; Juhl, Hartmut ; Akeredolu, Teniola ; Stepa, Serghei ; Hoon, Dave ; Ahn, Keunsoo ; Kang, Koo Jeong ; Beuschlein, Felix ; Breggia, Anne ; Birrer, Michael ; Bell, Debra ; Borad, Mitesh ; Bryce, Alan H. ; Castle, Erik ; Chandan, Vishal ; Cheville, John ; Copland, John A. ; Farnell, Michael ; Flotte, Thomas ; Giama, Nasra ; Ho, Thai ; Kendrick, Michael ; Kocher, Jean-Pierre ; Kopp, Karla ; Moser, Catherine ; Nagorney, David ; O’Brien, Daniel ; O’Neill, Brian Patrick ; Patel, Tushar ; Petersen, Gloria ; Que, Florencia ; Rivera, Michael ; Roberts, Lewis ; Smallridge, Robert ; Smyrk, Thomas ; Stanton, Melissa ; Thompson, R. Houston ; Torbenson, Michael ; Yang, Ju Dong ; Zhang, Lizhi ; Brimo, Fadi ; Ajani, Jaffer A. ; Gonzalez, Ana Maria Angulo ; Behrens, Carmen ; Bondaruk, Jolanta ; Broaddus, Russell ; Czerniak, Bogdan ; Esmaeli, Bita ; Fujimoto, Junya ; Gershenwald, Jeffrey ; Guo, Charles ; Lazar, Alexander J. ; Logothetis, Christopher ; Meric-Bernstam, Funda ; Moran, Cesar ; Ramondetta, Lois ; Rice, David ; Sood, Anil ; Tamboli, Pheroze ; Thompson, Timothy ; Troncoso, Patricia ; Tsao, Anne ; Wistuba, Ignacio ; Carter, Candace ; Haydu, Lauren ; Hersey, Peter ; Jakrot, Valerie ; Kakavand, Hojabr ; Kefford, Richard ; Lee, Kenneth ; Long, Georgina ; Mann, Graham ; Quinn, Michael ; Saw, Robyn ; Scolyer, Richard ; Shannon, Kerwin ; Spillane, Andrew ; Stretch, Jonathan ; Synott, Maria ; Thompson, John ; Wilmott, James ; Al-Ahmadie, Hikmat ; Chan, Timothy A. ; Ghossein, Ronald ; Gopalan, Anuradha ; Levine, Douglas A. ; Reuter, Victor ; Singer, Samuel ; Singh, Bhuvanesh ; Tien, Nguyen Viet ; Broudy, Thomas ; Mirsaidi, Cyrus ; Nair, Praveen ; Drwiega, Paul ; Miller, Judy ; Smith, Jennifer ; Zaren, Howard ; Park, Joong-Won ; Hung, Nguyen Phi ; Kebebew, Electron ; Linehan, W. Marston ; Metwalli, Adam R. ; Pacak, Karel ; Pinto, Peter A. ; Schiffman, Mark ; Schmidt, Laura S. ; Vocke, Cathy D. ; Wentzensen, Nicolas ; Worrell, Robert ; Yang, Hannah ; Moncrieff, Marc ; Goparaju, Chandra ; Melamed, Jonathan ; Pass, Harvey ; Botnariuc, Natalia ; Caraman, Irina ; Cernat, Mircea ; Chemencedji, Inga ; Clipca, Adrian ; Doruc, Serghei ; Gorincioi, Ghenadie ; Mura, Sergiu ; Pirtac, Maria ; Stancul, Irina ; Tcaciuc, Diana ; Albert, Monique ; Alexopoulou, Iakovina ; Arnaout, Angel ; Bartlett, John ; Engel, Jay ; Gilbert, Sebastien ; Parfitt, Jeremy ; Sekhon, Harman ; Thomas, George ; Rassl, Doris M. ; Rintoul, Robert C. ; Bifulco, Carlo ; Tamakawa, Raina ; Urba, Walter ; Hayward, Nicholas ; Timmers, Henri ; Antenucci, Anna ; Facciolo, Francesco ; Grazi, Gianluca ; Marino, Mirella ; Merola, Roberta ; De Krijger, Ronald ; Gimenez-Roqueplo, Anne-Paule ; Piché, Alain ; Chevalier, Simone ; McKercher, Ginette ; Birsoy, Kivanc ; Barnett, Gene ; Brewer, Cathy ; Farver, Carol ; Naska, Theresa ; Pennell, Nathan A. ; Raymond, Daniel ; Schilero, Cathy ; Smolenski, Kathy ; Williams, Felicia ; Morrison, Carl ; Borgia, Jeffrey A. ; Liptay, Michael J. ; Pool, Mark ; Seder, Christopher W. ; Junker, Kerstin ; Omberg, Larsson ; Dinkin, Mikhail ; Manikhas, George ; Alvaro, Domenico ; Bragazzi, Maria Consiglia ; Cardinale, Vincenzo ; Carpino, Guido ; Gaudio, Eugenio ; Chesla, David ; Cottingham, Sandra ; Dubina, Michael ; Moiseenko, Fedor ; Dhanasekaran, Renumathy ; Becker, Karl-Friedrich ; Janssen, Klaus-Peter ; Slotta-Huspenina, Julia ; Abdel-Rahman, Mohamed H. ; Aziz, Dina ; Bell, Sue ; Cebulla, Colleen M. ; Davis, Amy ; Duell, Rebecca ; Elder, J. Bradley ; Hilty, Joe ; Kumar, Bahavna ; Lang, James ; Lehman, Norman L. ; Mandt, Randy ; Nguyen, Phuong ; Pilarski, Robert ; Rai, Karan ; Schoenfield, Lynn ; Senecal, Kelly ; Wakely, Paul ; Hansen, Paul ; Lechan, Ronald ; Powers, James ; Tischler, Arthur ; Grizzle, William E. ; Sexton, Katherine C. ; Kastl, Alison ; Henderson, Joel ; Porten, Sima ; Waldmann, Jens ; Fassnacht, Martin ; Asa, Sylvia L. ; Schadendorf, Dirk ; Couce, Marta ; Graefen, Markus ; Huland, Hartwig ; Sauter, Guido ; Schlomm, Thorsten ; Simon, Ronald ; Tennstedt, Pierre ; Olabode, Oluwole ; Nelson, Mark ; Bathe, Oliver ; Carroll, Peter R. ; Chan, June M. ; DiSaia, Philip ; Glenn, Pat ; Kelley, Robin K. ; Landen, Charles N. ; Phillips, Joanna ; Prados, Michael ; Simko, Jeffry ; Smith-McCune, Karen ; VandenBerg, Scott ; Roggin, Kevin ; Fehrenbach, Ashley ; Kendler, Ady ; Sifri, Suzanne ; Steele, Ruth ; Jimeno, Antonio ; Carey, Francis ; Forgie, Ian ; Mannelli, Massimo ; Carney, Michael ; Hernandez, Brenda ; Campos, Benito ; Herold-Mende, Christel ; Jungk, Christin ; Unterberg, Andreas ; von Deimling, Andreas ; Bossler, Aaron ; Galbraith, Joseph ; Jacobus, Laura ; Knudson, Michael ; Knutson, Tina ; Ma, Deqin ; Milhem, Mohammed ; Sigmund, Rita ; Godwin, Andrew K. ; Madan, Rashna ; Rosenthal, Howard G. ; Adebamowo, Clement ; Adebamowo, Sally N. ; Boussioutas, Alex ; Beer, David ; Giordano, Thomas ; Mes-Masson, Anne-Marie ; Saad, Fred ; Bocklage, Therese ; Landrum, Lisa ; Mannel, Robert ; Moore, Kathleen ; Moxley, Katherine ; Postier, Russel ; Walker, Joan ; Zuna, Rosemary ; Feldman, Michael ; Valdivieso, Federico ; Dhir, Rajiv ; Luketich, James ; Pinero, Edna M. Mora ; Quintero-Aguilo, Mario ; Carlotti, Carlos Gilberto, Jr. ; Dos Santos, Jose Sebastião ; Kemp, Rafael ; Sankarankuty, Ajith ; Tirapelli, Daniela ; Catto, James ; Agnew, Kathy ; Swisher, Elizabeth ; Creaney, Jenette ; Robinson, Bruce ; Shelley, Carl Simon ; Godwin, Eryn M. ; Kendall, Sara ; Shipman, Cassaundra ; Bradford, Carol ; Carey, Thomas ; Haddad, Andrea ; Moyer, Jeffey ; Peterson, Lisa ; Prince, Mark ; Rozek, Laura ; Wolf, Gregory ; Bowman, Rayleen ; Fong, Kwun M. ; Yang, Ian ; Korst, Robert ; Rathmell, W. Kimryn ; Fantacone-Campbell, J. Leigh ; Hooke, Jeffrey A. ; Kovatich, Albert J. ; Shriver, Craig D. ; DiPersio, John ; Drake, Bettina ; Govindan, Ramaswamy ; Heath, Sharon ; Ley, Timothy ; Van Tine, Brian ; Westervelt, Peter ; Rubin, Mark A. ; Lee, Jung Il ; Aredes, Natália D. ; Mariamidze, Armaz ; Xie, Wen ; Yang, Da
We characterized the epigenetic landscape of genes encoding long noncoding RNAs (lncRNAs) across 6,475 tumors and 455 cancer cell lines. In stark contrast to the CpG island hypermethylation phenotype in cancer, we observed a recurrent hypomethylation of 1,006 lncRNA genes in cancer, including EPIC1 (epigenetically-induced lncRNA1). Overexpression of EPIC1 is associated with poor prognosis in luminal B breast cancer patients and enhances tumor growth in vitro and in vivo. Mechanistically, EPIC1 [...]
Progression et métastases (3)
Menée à l'aide de modèles murins de carcinome hépatocellulaire, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une population de cellules analogues aux érythroblastes et induites par la tumeur favorise la progression tumorale
Tumor-Induced Generation of Splenic Erythroblast-like Ter-Cells Promotes Tumor Progression
Menée à l'aide de modèles murins de carcinome hépatocellulaire, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une population de cellules analogues aux érythroblastes et induites par la tumeur favorise la progression tumorale
Tumor-Induced Generation of Splenic Erythroblast-like Ter-Cells Promotes Tumor Progression
Han, Yanmei ; Liu, Qiuyan ; Hou, Jin ; Gu, Yan ; Zhang, Yi ; Chen, Zhubo ; Fan, Jia ; Zhou, Weiping ; Qiu, Shuangjian ; Zhang, Yonghong ; Dong, Tao ; Li, Ning ; Jiang, Zhengping ; Zhu, Ha ; Zhang, Qian ; Ma, Yuanwu ; Zhang, Lianfeng ; Wang, Qingqing ; Yu, Yizhi ; Li, Nan ; Cao, Xuetao
Identifying tumor-induced leukocyte subsets and their derived circulating factors has been instrumental in understanding cancer as a systemic disease. Nevertheless, how primary tumor-induced non-leukocyte populations in distal organs contribute to systemic spread remains poorly defined. Here, we report one population of tumor-inducible, erythroblast-like cells (Ter-cells) deriving from megakaryocyte-erythroid progenitor cells with a unique Ter-119+CD45?CD71+ phenotype. Ter-cells are enriched in [...]
Menée à l'aide d'embryons de poisson-zèbre, puis sur des modèles murins présentant des métastases cérébrales, cette étude française met en évidence des mécanismes par lesquels, en fonction de caractéristiques biophysiques du flux sanguin local, des cellules tumorales circulantes forment des métastases dans un endothélium
Hemodynamic Forces Tune the Arrest, Adhesion, and Extravasation of Circulating Tumor Cells
Menée à l'aide d'embryons de poisson-zèbre, puis sur des modèles murins présentant des métastases cérébrales, cette étude française met en évidence des mécanismes par lesquels, en fonction de caractéristiques biophysiques du flux sanguin local, des cellules tumorales circulantes forment des métastases dans un endothélium
Hemodynamic Forces Tune the Arrest, Adhesion, and Extravasation of Circulating Tumor Cells
Follain, Gautier ; Osmani, Naël ; Azevedo, Ana Sofia ; Allio, Guillaume ; Mercier, Luc ; Karreman, Matthia A. ; Solecki, Gergely ; Garcia Leòn, Marìa Jesùs ; Lefebvre, Olivier ; Fekonja, Nina ; Hille, Claudia ; Chabannes, Vincent ; Dollé, Guillaume ; Metivet, Thibaut ; Hovsepian, François Der ; Prudhomme, Christophe ; Pichot, Angélique ; Paul, Nicodème ; Carapito, Raphaël ; Bahram, Siamak ; Ruthensteiner, Bernhard ; Kemmling, André ; Siemonsen, Susanne ; Schneider, Tanja ; Fiehler, Jens ; Glatzel, Markus ; Winkler, Frank ; Schwab, Yannick ; Pantel, Klaus ; Harlepp, Sébastien ; Goetz, Jacky G.
Metastatic seeding is driven by cell-intrinsic and environmental cues, yet the contribution of biomechanics is poorly known. We aim to elucidate the impact of blood flow on the arrest and the extravasation of circulating tumor cells (CTCs) in vivo. Using the zebrafish embryo, we show that arrest of CTCs occurs in vessels with favorable flow profiles where flow forces control the adhesion efficacy of CTCs to the endothelium. We biophysically identified the threshold values of flow and adhesion [...]
Metastasis of Circulating Tumor Cells: Speed Matters
Menée à l'aide d'embryons de poisson-zèbre, puis sur des modèles murins présentant des métastases cérébrales, cette étude française met en évidence des mécanismes par lesquels, en fonction de caractéristiques biophysiques du flux sanguin local, des cellules tumorales circulantes forment des métastases dans un endothélium
Metastasis of Circulating Tumor Cells: Speed Matters
Freitas, Vanessa Morais ; Hilfenhaus, Georg ; Iruela-Arispe, M. Luisa
The mechanisms involved in tumor cell extravasation during metastasis remain incompletely understood. In this issue of Developmental Cell, Follain and colleagues (2018) demonstrate that blood flow velocity is an important regulator of circulating tumor cell exit from the bloodstream.
Menée in vitro et in vivo sur des modèles de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une petite GTPase, Rab34, favorise les processus invasif et métastatique
Rab34 regulates adhesion, migration, and invasion of breast cancer cells
Menée in vitro et in vivo sur des modèles de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une petite GTPase, Rab34, favorise les processus invasif et métastatique
Rab34 regulates adhesion, migration, and invasion of breast cancer cells
Sun, Lixiang ; Xu, Xiaohui ; Chen, Yongjun ; Zhou, Yuxia ; Tan, Ran ; Qiu, Hantian ; Jin, Liting ; Zhang, Wenyi ; Fan, Rong ; Hong, Wanjin ; Wang, Tuanlao
The small GTPase Rab34 regulates spatial distribution of the lysosomes, secretion, and macropinocytosis. In this study, we found that Rab34 is over-expressed in aggressive breast cancer cells, implying a potential role of Rab34 in breast cancer. Silencing Rab34 by shRNA inhibits cell migration, invasion, and adhesion of breast cancer cells. Rab34 specifically binds to the cytoplasmic tail of integrin β3, and depletion of Rab34 promotes the degradation of integrin β3. Interestingly, EGF induces [...]
Ressources et infrastructures (Biologie) (5)
Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels des molécules d'ARN ne codant pas pour des protéines favorisent la cancérogenèse
Hiding in Plain Sight: Rediscovering the Importance of Noncoding RNA in Human Malignancy
Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels des molécules d'ARN ne codant pas pour des protéines favorisent la cancérogenèse
Hiding in Plain Sight: Rediscovering the Importance of Noncoding RNA in Human Malignancy
Feeley, Kyle P. ; Edmonds, Mick D.
At the time of its construction in the 1950s, the central dogma of molecular biology was a useful model that represented the current state of knowledge for the flow of genetic information after a period of prolific scientific discovery. Unknowingly, it also biased many of our assumptions going forward. Whether intentional or not, genomic elements not fitting into this paradigm were deemed unimportant and emphasis on the study of protein-coding genes prevailed for decades. The phrase “Junk DNA,” [...]
A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" et portant sur plus de 10 000 tumeurs (33 types de cancer), cette étude identifie notamment, sur la base de caractéristiques immunitaires, six sous-types de la maladie
The Immune Landscape of Cancer
A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" et portant sur plus de 10 000 tumeurs (33 types de cancer), cette étude identifie notamment, sur la base de caractéristiques immunitaires, six sous-types de la maladie
The Immune Landscape of Cancer
Thorsson, Vésteinn ; Gibbs, David L. ; Brown, Scott D. ; Wolf, Denise ; Bortone, Dante S. ; Ou Yang, Tai-Hsien ; Porta-Pardo, Eduard ; Gao, Galen F. ; Plaisier, Christopher L. ; Eddy, James A. ; Ziv, Elad ; Culhane, Aedin C. ; Paull, Evan O. ; Sivakumar, I. K. Ashok ; Gentles, Andrew J. ; Malhotra, Raunaq ; Farshidfar, Farshad ; Colaprico, Antonio ; Parker, Joel S. ; Mose, Lisle E. ; Vo, Nam Sy ; Liu, Jianfang ; Liu, Yuexin ; Rader, Janet ; Dhankani, Varsha ; Reynolds, Sheila M. ; Bowlby, Reanne ; Califano, Andrea ; Cherniack, Andrew D. ; Anastassiou, Dimitris ; Bedognetti, Davide ; Rao, Arvind ; Chen, Ken ; Krasnitz, Alexander ; Hu, Hai ; Malta, Tathiane M. ; Noushmehr, Houtan ; Pedamallu, Chandra Sekhar ; Bullman, Susan ; Ojesina, Akinyemi I. ; Lamb, Andrew ; Zhou, Wanding ; Shen, Hui ; Choueiri, Toni K. ; Weinstein, John N. ; Guinney, Justin ; Saltz, Joel ; Holt, Robert A. ; Rabkin, Charles E. ; Caesar-Johnson, Samantha J. ; Demchok, John A. ; Felau, Ina ; Kasapi, Melpomeni ; Ferguson, Martin L. ; Hutter, Carolyn M. ; Sofia, Heidi J. ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zenklusen, Jean C. ; Zhang, Jiashan ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Cho, Juok ; Defreitas, Timothy ; Frazer, Scott ; Gehlenborg, Nils ; Getz, Gad ; Heiman, David I. ; Kim, Jaegil ; Lawrence, Michael S. ; Lin, Pei ; Meier, Sam ; Noble, Michael S. ; Saksena, Gordon ; Voet, Doug ; Zhang, Hailei ; Bernard, Brady ; Chambwe, Nyasha ; Knijnenburg, Theo ; Kramer, Roger ; Leinonen, Kalle ; Miller, Michael ; Reynolds, Sheila ; Shmulevich, Ilya ; Zhang, Wei ; Akbani, Rehan ; Broom, Bradley M. ; Hegde, Apurva M. ; Ju, Zhenlin ; Kanchi, Rupa S. ; Korkut, Anil ; Li, Jun ; Liang, Han ; Ling, Shiyun ; Liu, Wenbin ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B. ; Ng, Kwok-Shing ; Ryan, Michael ; Wang, Jing ; Zhang, Jiexin ; Abeshouse, Adam ; Armenia, Joshua ; Chakravarty, Debyani ; Chatila, Walid K. ; de Bruijn, Ino ; Gao, JianJiong ; Gross, Benjamin E. ; Heins, Zachary J. ; Kundra, Ritika ; La, Konnor ; Ladanyi, Marc ; Luna, Augustin ; Nissan, Moriah G. ; Ochoa, Angelica ; Phillips, Sarah M. ; Reznik, Ed ; Sanchez-Vega, Francisco ; Sander, Chris ; Schultz, Nikolaus ; Sheridan, Robert ; Sumer, S. Onur ; Sun, Yichao ; Taylor, Barry S. ; Wang, Jioajiao ; Zhang, Hongxin ; Anur, Pavana ; Peto, Myron ; Spellman, Paul ; Benz, Christopher ; Stuart, Joshua M. ; Wong, Christopher K. ; Yau, Christina ; Hayes, D. Neil ; Wilkerson, Matthew D. ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Brooks, Denise ; Carlsen, Rebecca ; Chuah, Eric ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert ; Jones, Steven J. M. ; Kasaian, Katayoon ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A. ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A. ; Mungall, Andrew J. ; Mungall, Karen ; Robertson, A. Gordon ; Sadeghi, Sara ; Schein, Jacqueline E. ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Berger, Ashton C. ; Beroukhim, Rameen ; Cibulskis, Carrie ; Gabriel, Stacey B. ; Ha, Gavin ; Meyerson, Matthew ; Schumacher, Steven E. ; Shih, Juliann ; Kucherlapati, Melanie H. ; Kucherlapati, Raju S. ; Baylin, Stephen ; Cope, Leslie ; Danilova, Ludmila ; Bootwalla, Moiz S. ; Lai, Phillip H. ; Maglinte, Dennis T. ; Van Den Berg, David J. ; Weisenberger, Daniel J. ; Auman, J. Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Fan, Cheng ; Hoadley, Katherine A. ; Hoyle, Alan P. ; Jefferys, Stuart R. ; Jones, Corbin D. ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A. ; Perou, Amy H. ; Perou, Charles M. ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V. ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G. ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Fan, Huihui ; Hinoue, Toshinori ; Laird, Peter W. ; Bellair, Michelle ; Chang, Kyle ; Covington, Kyle ; Creighton, Chad J. ; Dinh, Huyen ; Doddapaneni, Harshavardhan ; Donehower, Lawrence A. ; Drummond, Jennifer ; Gibbs, Richard A. ; Glenn, Robert ; Hale, Walker ; Han, Yi ; Hu, Jianhong ; Korchina, Viktoriya ; Lee, Sandra ; Lewis, Lora ; Li, Wei ; Liu, Xiuping ; Morgan, Margaret ; Morton, Donna ; Muzny, Donna ; Santibanez, Jireh ; Sheth, Margi ; Shinbrot, Eve ; Wang, Linghua ; Wang, Min ; Wheeler, David A. ; Xi, Liu ; Zhao, Fengmei ; Hess, Julian ; Appelbaum, Elizabeth L. ; Bailey, Matthew ; Cordes, Matthew G. ; Ding, Li ; Fronick, Catrina C. ; Fulton, Lucinda A. ; Fulton, Robert S. ; Kandoth, Cyriac ; Mardis, Elaine R. ; McLellan, Michael D. ; Miller, Christopher A. ; Schmidt, Heather K. ; Wilson, Richard K. ; Crain, Daniel ; Curley, Erin ; Gardner, Johanna ; Lau, Kevin ; Mallery, David ; Morris, Scott ; Paulauskis, Joseph ; Penny, Robert ; Shelton, Candace ; Shelton, Troy ; Sherman, Mark ; Thompson, Eric ; Yena, Peggy ; Bowen, Jay ; Gastier-Foster, Julie M. ; Gerken, Mark ; Leraas, Kristen M. ; Lichtenberg, Tara M. ; Ramirez, Nilsa C. ; Wise, Lisa ; Zmuda, Erik ; Corcoran, Niall ; Costello, Tony ; Hovens, Christopher ; Carvalho, Andre L. ; de Carvalho, Ana C. ; Fregnani, José H. ; Longatto-Filho, Adhemar ; Reis, Rui M. ; Scapulatempo-Neto, Cristovam ; Silveira, Henrique C. S. ; Vidal, Daniel O. ; Burnette, Andrew ; Eschbacher, Jennifer ; Hermes, Beth ; Noss, Ardene ; Singh, Rosy ; Anderson, Matthew L. ; Castro, Patricia D. ; Ittmann, Michael ; Huntsman, David ; Kohl, Bernard ; Le, Xuan ; Thorp, Richard ; Andry, Chris ; Duffy, Elizabeth R. ; Lyadov, Vladimir ; Paklina, Oxana ; Setdikova, Galiya ; Shabunin, Alexey ; Tavobilov, Mikhail ; McPherson, Christopher ; Warnick, Ronald ; Berkowitz, Ross ; Cramer, Daniel ; Feltmate, Colleen ; Horowitz, Neil ; Kibel, Adam ; Muto, Michael ; Raut, Chandrajit P. ; Malykh, Andrei ; Barnholtz-Sloan, Jill S. ; Barrett, Wendi ; Devine, Karen ; Fulop, Jordonna ; Ostrom, Quinn T. ; Shimmel, Kristen ; Wolinsky, Yingli ; Sloan, Andrew E. ; De Rose, Agostino ; Giuliante, Felice ; Goodman, Marc ; Karlan, Beth Y. ; Hagedorn, Curt H. ; Eckman, John ; Harr, Jodi ; Myers, Jerome ; Tucker, Kelinda ; Zach, Leigh Anne ; Deyarmin, Brenda ; Kvecher, Leonid ; Larson, Caroline ; Mural, Richard J. ; Somiari, Stella ; Vicha, Ales ; Zelinka, Tomas ; Bennett, Joseph ; Iacocca, Mary ; Rabeno, Brenda ; Swanson, Patricia ; Latour, Mathieu ; Lacombe, Louis ; Tetu, Bernard ; Bergeron, Alain ; McGraw, Mary ; Staugaitis, Susan M. ; Chabot, John ; Hibshoosh, Hanina ; Sepulveda, Antonia ; Su, Tao ; Wang, Timothy ; Potapova, Olga ; Voronina, Olga ; Desjardins, Laurence ; Mariani, Odette ; Roman-Roman, Sergio ; Sastre, Xavier ; Stern, Marc-Henri ; Cheng, Feixiong ; Signoretti, Sabina ; Berchuck, Andrew ; Bigner, Darell ; Lipp, Eric ; Marks, Jeffrey ; McCall, Shannon ; McLendon, Roger ; Secord, Angeles ; Sharp, Alexis ; Behera, Madhusmita ; Brat, Daniel J. ; Chen, Amy ; Delman, Keith ; Force, Seth ; Khuri, Fadlo ; Magliocca, Kelly ; Maithel, Shishir ; Olson, Jeffrey J. ; Owonikoko, Taofeek ; Pickens, Alan ; Ramalingam, Suresh ; Shin, Dong M. ; Sica, Gabriel ; Van Meir, Erwin G. ; Zhang, Hongzheng ; Eijckenboom, Wil ; Gillis, Ad ; Korpershoek, Esther ; Looijenga, Leendert ; Oosterhuis, Wolter ; Stoop, Hans ; van Kessel, Kim E. ; Zwarthoff, Ellen C. ; Calatozzolo, Chiara ; Cuppini, Lucia ; Cuzzubbo, Stefania ; DiMeco, Francesco ; Finocchiaro, Gaetano ; Mattei, Luca ; Perin, Alessandro ; Pollo, Bianca ; Chen, Chu ; Houck, John ; Lohavanichbutr, Pawadee ; Hartmann, Arndt ; Stoehr, Christine ; Stoehr, Robert ; Taubert, Helge ; Wach, Sven ; Wullich, Bernd ; Kycler, Witold ; Murawa, Dawid ; Wiznerowicz, Maciej ; Chung, Ki ; Edenfield, W. Jeffrey ; Martin, Julie ; Baudin, Eric ; Bubley, Glenn ; Bueno, Raphael ; De Rienzo, Assunta ; Richards, William G. ; Kalkanis, Steven ; Mikkelsen, Tom ; Scarpace, Lisa ; Girard, Nicolas ; Aymerich, Marta ; Campo, Elias ; Giné, Eva ; Guillermo, Armando López ; Van Bang, Nguyen ; Hanh, Phan Thi ; Phu, Bui Duc ; Tang, Yufang ; Colman, Howard ; Evason, Kimberley ; Dottino, Peter R. ; Martignetti, John A. ; Gabra, Hani ; Juhl, Hartmut ; Akeredolu, Teniola ; Stepa, Serghei ; Hoon, Dave ; Ahn, Keunsoo ; Kang, Koo Jeong ; Beuschlein, Felix ; Breggia, Anne ; Birrer, Michael ; Bell, Debra ; Borad, Mitesh ; Bryce, Alan H. ; Castle, Erik ; Chandan, Vishal ; Cheville, John ; Copland, John A. ; Farnell, Michael ; Flotte, Thomas ; Giama, Nasra ; Ho, Thai ; Kendrick, Michael ; Kocher, Jean-Pierre ; Kopp, Karla ; Moser, Catherine ; Nagorney, David ; O’Brien, Daniel ; O’Neill, Brian Patrick ; Patel, Tushar ; Petersen, Gloria ; Que, Florencia ; Rivera, Michael ; Roberts, Lewis ; Smallridge, Robert ; Smyrk, Thomas ; Stanton, Melissa ; Thompson, R. Houston ; Torbenson, Michael ; Yang, Ju Dong ; Zhang, Lizhi ; Brimo, Fadi ; Ajani, Jaffer A. ; Gonzalez, Ana Maria Angulo ; Behrens, Carmen ; Bondaruk, Jolanta ; Broaddus, Russell ; Czerniak, Bogdan ; Esmaeli, Bita ; Fujimoto, Junya ; Gershenwald, Jeffrey ; Guo, Charles ; Lazar, Alexander J. ; Logothetis, Christopher ; Meric-Bernstam, Funda ; Moran, Cesar ; Ramondetta, Lois ; Rice, David ; Sood, Anil ; Tamboli, Pheroze ; Thompson, Timothy ; Troncoso, Patricia ; Tsao, Anne ; Wistuba, Ignacio ; Carter, Candace ; Haydu, Lauren ; Hersey, Peter ; Jakrot, Valerie ; Kakavand, Hojabr ; Kefford, Richard ; Lee, Kenneth ; Long, Georgina ; Mann, Graham ; Quinn, Michael ; Saw, Robyn ; Scolyer, Richard ; Shannon, Kerwin ; Spillane, Andrew ; Stretch, onathan ; Synott, Maria ; Thompson, John ; Wilmott, James ; Al-Ahmadie, Hikmat ; Chan, Timothy A. ; Ghossein, Ronald ; Gopalan, Anuradha ; Levine, Douglas A. ; Reuter, Victor ; Singer, Samuel ; Singh, Bhuvanesh ; Tien, Nguyen Viet ; Broudy, Thomas ; Mirsaidi, Cyrus ; Nair, Praveen ; Drwiega, Paul ; Miller, Judy ; Smith, Jennifer ; Zaren, Howard ; Park, Joong-Won ; Hung, Nguyen Phi ; Kebebew, Electron ; Linehan, W. Marston ; Metwalli, Adam R. ; Pacak, Karel ; Pinto, Peter A. ; Schiffman, Mark ; Schmidt, Laura S. ; Vocke, Cathy D. ; Wentzensen, Nicolas ; Worrell, Robert ; Yang, Hannah ; Moncrieff, Marc ; Goparaju, Chandra ; Melamed, Jonathan ; Pass, Harvey ; Botnariuc, Natalia ; Caraman, Irina ; Cernat, Mircea ; Chemencedji, Inga ; Clipca, Adrian ; Doruc, Serghei ; Gorincioi, Ghenadie ; Mura, Sergiu ; Pirtac, Maria ; Stancul, Irina ; Tcaciuc, Diana ; Albert, Monique ; Alexopoulou, Iakovina ; Arnaout, Angel ; Bartlett, John ; Engel, Jay ; Gilbert, Sebastien ; Parfitt, Jeremy ; Sekhon, Harman ; Thomas, George ; Rassl, Doris M. ; Rintoul, Robert C. ; Bifulco, Carlo ; Tamakawa, Raina ; Urba, Walter ; Hayward, Nicholas ; Timmers, Henri ; Antenucci, Anna ; Facciolo, Francesco ; Grazi, Gianluca ; Marino, Mirella ; Merola, Roberta ; De Krijger, Ronald ; Gimenez-Roqueplo, Anne-Paule ; Piché, Alain ; Chevalier, Simone ; McKercher, Ginette ; Birsoy, Kivanc ; Barnett, Gene ; Brewer, Cathy ; Farver, Carol ; Naska, Theresa ; Pennell, Nathan A. ; Raymond, Daniel ; Schilero, Cathy ; Smolenski, Kathy ; Williams, Felicia ; Morrison, Carl ; Borgia, Jeffrey A. ; Liptay, Michael J. ; Pool, Mark ; Seder, Christopher W. ; Junker, Kerstin ; Omberg, Larsson ; Dinkin, Mikhail ; Manikhas, George ; Alvaro, Domenico ; Bragazzi, Maria Consiglia ; Cardinale, Vincenzo ; Carpino, Guido ; Gaudio, Eugenio ; Chesla, David ; Cottingham, Sandra ; Dubina, Michael ; Moiseenko, Fedor ; Dhanasekaran, Renumathy ; Becker, Karl-Friedrich ; Janssen, Klaus-Peter ; Slotta-Huspenina, Julia ; Abdel-Rahman, Mohamed H. ; Aziz, Dina ; Bell, Sue ; Cebulla, Colleen M. ; Davis, Amy ; Duell, Rebecca ; Elder, J. Bradley ; Hilty, Joe ; Kumar, Bahavna ; Lang, James ; Lehman, Norman L. ; Mandt, Randy ; Nguyen, Phuong ; Pilarski, Robert ; Rai, Karan ; Schoenfield, Lynn ; Senecal, Kelly ; Wakely, Paul ; Hansen, Paul ; Lechan, Ronald ; Powers, James ; Tischler, Arthur ; Grizzle, William E. ; Sexton, Katherine C. ; Kastl, Alison ; Henderson, Joel ; Porten, Sima ; Waldmann, Jens ; Fassnacht, Martin ; Asa, Sylvia L. ; Schadendorf, Dirk ; Couce, Marta ; Graefen, Markus ; Huland, Hartwig ; Sauter, Guido ; Schlomm, Thorsten ; Simon, Ronald ; Tennstedt, Pierre ; Olabode, Oluwole ; Nelson, Mark ; Bathe, Oliver ; Carroll, Peter R. ; Chan, June M. ; DiSaia, Philip ; Glenn, Pat ; Kelley, Robin K. ; Landen, Charles N. ; Phillips, Joanna ; Prados, Michael ; Simko, Jeffry ; Smith-McCune, Karen ; VandenBerg, Scott ; Roggin, Kevin ; Fehrenbach, Ashley ; Kendler, Ady ; Sifri, Suzanne ; Steele, Ruth ; Jimeno, Antonio ; Carey, Francis ; Forgie, Ian ; Mannelli, Massimo ; Carney, Michael ; Hernandez, Brenda ; Campos, Benito ; Herold-Mende, Christel ; Jungk, Christin ; Unterberg, Andreas ; von Deimling, Andreas ; Bossler, Aaron ; Galbraith, Joseph ; Jacobus, Laura ; Knudson, Michael ; Knutson, Tina ; Ma, Deqin ; Milhem, Mohammed ; Sigmund, Rita ; Godwin, Andrew K. ; Madan, Rashna ; Rosenthal, Howard G. ; Adebamowo, Clement ; Adebamowo, Sally N. ; Boussioutas, Alex ; Beer, David ; Giordano, Thomas ; Mes-Masson, Anne-Marie ; Saad, Fred ; Bocklage, Therese ; Landrum, Lisa ; Mannel, Robert ; Moore, Kathleen ; Moxley, Katherine ; Postier, Russel ; Walker, Joan ; Zuna, Rosemary ; Feldman, Michael ; Valdivieso, Federico ; Dhir, Rajiv ; Luketich, James ; Pinero, Edna M. Mora ; Quintero-Aguilo, Mario ; Carlotti, Carlos Gilberto, Jr. ; Dos Santos, Jose Sebastião ; Kemp, Rafael ; Sankarankuty, Ajith ; Tirapelli, Daniela ; Catto, James ; Agnew, Kathy ; Swisher, Elizabeth ; Creaney, Jenette ; Robinson, Bruce ; Shelley, Carl Simon ; Godwin, Eryn M. ; Kendall, Sara ; Shipman, Cassaundra ; Bradford, Carol ; Carey, Thomas ; Haddad, Andrea ; Moyer, Jeffey ; Peterson, Lisa ; Prince, Mark ; Rozek, Laura ; Wolf, Gregory ; Bowman, Rayleen ; Fong, Kwun M. ; Yang, Ian ; Korst, Robert ; Rathmell, W. Kimryn ; Fantacone-Campbell, J. Leigh ; Hooke, Jeffrey A. ; Kovatich, Albert J. ; Shriver, Craig D. ; DiPersio, John ; Drake, Bettina ; Govindan, Ramaswamy ; Heath, Sharon ; Ley, Timothy ; Van Tine, Brian ; Westervelt, Peter ; Rubin, Mark A. ; Lee, Jung Il ; Aredes, Natália D. ; Mariamidze, Armaz ; Serody, Jonathan S. ; Demicco, Elizabeth G. ; Disis, Mary L. ; Vincent, Benjamin G. ; Shmulevich, llya
We performed an extensive immunogenomic analysis of more than 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types by utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes—wound healing, IFN-
A partir de données moléculaires issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude met en évidence l'intérêt d'un modèle, développé par une technique d'apprentissage automatique, pour identifier une anomalie d'activation dans une voie de signalisation liée à la tumorigenèse, en particulier dans la voie de signalisation Ras
Machine Learning Detects Pan-cancer Ras Pathway Activation in The Cancer Genome Atlas
A partir de données moléculaires issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude met en évidence l'intérêt d'un modèle, développé par une technique d'apprentissage automatique, pour identifier une anomalie d'activation dans une voie de signalisation liée à la tumorigenèse, en particulier dans la voie de signalisation Ras
Machine Learning Detects Pan-cancer Ras Pathway Activation in The Cancer Genome Atlas
Way, Gregory P. ; Sanchez-Vega, Francisco ; La, Konnor ; Armenia, Joshua ; Chatila, Walid K. ; Luna, Augustin ; Sander, Chris ; Cherniack, Andrew D. ; Mina, Marco ; Ciriello, Giovanni ; Schultz, Nikolaus ; Caesar-Johnson, Samantha J. ; Demchok, John A. ; Felau, Ina ; Kasapi, Melpomeni ; Ferguson, Martin L. ; Hutter, Carolyn M. ; Sofia, Heidi J. ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zenklusen, Jean C. ; Zhang, Jiashan ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Cho, Juok ; Defreitas, Timothy ; Frazer, Scott ; Gehlenborg, Nils ; Getz, Gad ; Heiman, David I. ; Kim, Jaegil ; Lawrence, Michael S. ; Lin, Pei ; Meier, Sam ; Noble, Michael S. ; Saksena, Gordon ; Voet, Doug ; Zhang, Hailei ; Bernard, Brady ; Chambwe, Nyasha ; Dhankani, Varsha ; Knijnenburg, Theo ; Kramer, Roger ; Leinonen, Kalle ; Liu, Yuexin ; Miller, Michael ; Reynolds, Sheila ; Shmulevich, Ilya ; Thorsson, Vésteinn ; Zhang, Wei ; Akbani, Rehan ; Broom, Bradley M. ; Hegde, Apurva M. ; Ju, Zhenlin ; Kanchi, Rupa S. ; Korkut, Anil ; Li, Jun ; Liang, Han ; Ling, Shiyun ; Liu, Wenbin ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B. ; Ng, Kwok-Shing ; Rao, Arvind ; Ryan, Michael ; Wang, Jing ; Weinstein, John N. ; Zhang, Jiexin ; Abeshouse, Adam ; Chakravarty, Debyani ; de Bruijn, Ino ; Gao, JianJiong ; Gross, Benjamin E. ; Heins, Zachary J. ; Kundra, Ritika ; Ladanyi, Marc ; Nissan, Moriah G. ; Ochoa, Angelica ; Phillips, Sarah M. ; Reznik, Ed ; Sheridan, Robert ; Sumer, S. Onur ; Sun, Yichao ; Taylor, Barry S. ; Wang, Jioajiao ; Zhang, Hongxin ; Anur, Pavana ; Peto, Myron ; Spellman, Paul ; Benz, Christopher ; Stuart, Joshua M. ; Wong, Christopher K. ; Yau, Christina ; Hayes, D. Neil ; Parker, Joel S. ; Wilkerson, Matthew D. ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Bowlby, Reanne ; Brooks, Denise ; Carlsen, Rebecca ; Chuah, Eric ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert ; Jones, Steven J. M. ; Kasaian, Katayoon ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A. ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A. ; Mungall, Andrew J. ; Mungall, Karen ; Robertson, A. Gordon ; Sadeghi, Sara ; Schein, Jacqueline E. ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Berger, Ashton C. ; Beroukhim, Rameen ; Cibulskis, Carrie ; Gabriel, Stacey B. ; Gao, Galen F. ; Ha, Gavin ; Meyerson, Matthew ; Schumacher, Steven E. ; Shih, Juliann ; Kucherlapati, Melanie H. ; Kucherlapati, Raju S. ; Baylin, Stephen ; Cope, Leslie ; Danilova, Ludmila ; Bootwalla, Moiz S. ; Lai, Phillip H. ; Maglinte, Dennis T. ; Van Den Berg, David J. ; Weisenberger, Daniel J. ; Auman, J. Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Fan, Cheng ; Hoadley, Katherine A. ; Hoyle, Alan P. ; Jefferys, Stuart R. ; Jones, Corbin D. ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A. ; Mose, Lisle E. ; Perou, Amy H. ; Perou, Charles M. ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V. ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G. ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Fan, Huihui ; Hinoue, Toshinori ; Laird, Peter W. ; Shen, Hui ; Zhou, Wanding ; Bellair, Michelle ; Chang, Kyle ; Covington, Kyle ; Creighton, Chad J. ; Dinh, Huyen ; Doddapaneni, Harshavardhan ; Donehower, Lawrence A. ; Drummond, Jennifer ; Gibbs, Richard A. ; Glenn, Robert ; Hale, Walker ; Han, Yi ; Hu, Jianhong ; Korchina, Viktoriya ; Lee, Sandra ; Lewis, Lora ; Li, Wei ; Liu, Xiuping ; Morgan, Margaret ; Morton, Donna ; Muzny, Donna ; Santibanez, Jireh ; Sheth, Margi ; Shinbrot, Eve ; Wang, Linghua ; Wang, Min ; Wheeler, David A. ; Xi, Liu ; Zhao, Fengmei ; Hess, Julian ; Appelbaum, Elizabeth L. ; Bailey, Matthew ; Cordes, Matthew G. ; Ding, Li ; Fronick, Catrina C. ; Fulton, Lucinda A. ; Fulton, Robert S. ; Kandoth, Cyriac ; Mardis, Elaine R. ; McLellan, Michael D. ; Miller, Christopher A. ; Schmidt, Heather K. ; Wilson, Richard K. ; Crain, Daniel ; Curley, Erin ; Gardner, Johanna ; Lau, Kevin ; Mallery, David ; Morris, Scott ; Paulauskis, Joseph ; Penny, Robert ; Shelton, Candace ; Shelton, Troy ; Sherman, Mark ; Thompson, Eric ; Yena, Peggy ; Bowen, Jay ; Gastier-Foster, Julie M. ; Gerken, Mark ; Leraas, Kristen M. ; Lichtenberg, Tara M. ; Ramirez, Nilsa C. ; Wise, Lisa ; Zmuda, Erik ; Corcoran, Niall ; Costello, Tony ; Hovens, Christopher ; Carvalho, Andre L. ; de Carvalho, Ana C. ; Fregnani, José H. ; Longatto-Filho, Adhemar ; Reis, Rui M. ; Scapulatempo-Neto, Cristovam ; Silveira, Henrique C. S. ; Vidal, Daniel O. ; Burnette, Andrew ; Eschbacher, Jennifer ; Hermes, Beth ; Noss, Ardene ; Singh, Rosy ; Anderson, Matthew L. ; Castro, Patricia D. ; Ittmann, Michael ; Huntsman, David ; Kohl, Bernard ; Le, Xuan ; Thorp, Richard ; Andry, Chris ; Duffy, Elizabeth R. ; Lyadov, Vladimir ; Paklina, Oxana ; Setdikova, Galiya ; Shabunin, Alexey ; Tavobilov, Mikhail ; McPherson, Christopher ; Warnick, Ronald ; Berkowitz, Ross ; Cramer, Daniel ; Feltmate, Colleen ; Horowitz, Neil ; Kibel, Adam ; Muto, Michael ; Raut, Chandrajit P. ; Malykh, Andrei ; Barnholtz-Sloan, Jill S. ; Barrett, Wendi ; Devine, Karen ; Fulop, Jordonna ; Ostrom, Quinn T. ; Shimmel, Kristen ; Wolinsky, Yingli ; Sloan, Andrew E. ; De Rose, Agostino ; Giuliante, Felice ; Goodman, Marc ; Karlan, Beth Y. ; Hagedorn, Curt H. ; Eckman, John ; Harr, Jodi ; Myers, Jerome ; Tucker, Kelinda ; Zach, Leigh Anne ; Deyarmin, Brenda ; Hu, Hai ; Kvecher, Leonid ; Larson, Caroline ; Mural, Richard J. ; Somiari, Stella ; Vicha, Ales ; Zelinka, Tomas ; Bennett, Joseph ; Iacocca, Mary ; Rabeno, Brenda ; Swanson, Patricia ; Latour, Mathieu ; Lacombe, Louis ; Tetu, Bernard ; Bergeron, Alain ; McGraw, Mary ; Staugaitis, Susan M. ; Chabot, John ; Hibshoosh, Hanina ; Sepulveda, Antonia ; Su, Tao ; Wang, Timothy ; Potapova, Olga ; Voronina, Olga ; Desjardins, Laurence ; Mariani, Odette ; Roman-Roman, Sergio ; Sastre, Xavier ; Stern, Marc-Henri ; Cheng, Feixiong ; Signoretti, Sabina ; Berchuck, Andrew ; Bigner, Darell ; Lipp, Eric ; Marks, Jeffrey ; McCall, Shannon ; McLendon, Roger ; Secord, Angeles ; Sharp, Alexis ; Behera, Madhusmita ; Brat, Daniel J. ; Chen, Amy ; Delman, Keith ; Force, Seth ; Khuri, Fadlo ; Magliocca, Kelly ; Maithel, Shishir ; Olson, Jeffrey J. ; Owonikoko, Taofeek ; Pickens, Alan ; Ramalingam, Suresh ; Shin, Dong M. ; Sica, Gabriel ; Van Meir, Erwin G. ; Zhang, Hongzheng ; Eijckenboom, Wil ; Gillis, Ad ; Korpershoek, Esther ; Looijenga, Leendert ; Oosterhuis, Wolter ; Stoop, Hans ; van Kessel, Kim E. ; Zwarthoff, Ellen C. ; Calatozzolo, Chiara ; Cuppini, Lucia ; Cuzzubbo, Stefania ; DiMeco, Francesco ; Finocchiaro, Gaetano ; Mattei, Luca ; Perin, Alessandro ; Pollo, Bianca ; Chen, Chu ; Houck, John ; Lohavanichbutr, Pawadee ; Hartmann, Arndt ; Stoehr, Christine ; Stoehr, Robert ; Taubert, Helge ; Wach, Sven ; Wullich, Bernd ; Kycler, Witold ; Murawa, Dawid ; Wiznerowicz, Maciej ; Chung, Ki ; Edenfield, W. Jeffrey ; Martin, Julie ; Baudin, Eric ; Bubley, Glenn ; Bueno, Raphael ; De Rienzo, Assunta ; Richards, William G. ; Kalkanis, Steven ; Mikkelsen, Tom ; Noushmehr, Houtan ; Scarpace, Lisa ; Girard, Nicolas ; Aymerich, Marta ; Campo, Elias ; Giné, Eva ; Guillermo, Armando López ; Van Bang, Nguyen ; Hanh, Phan Thi ; Phu, Bui Duc ; Tang, Yufang ; Colman, Howard ; Evason, Kimberley ; Dottino, Peter R. ; Martignetti, John A. ; Gabra, Hani ; Juhl, Hartmut ; Akeredolu, Teniola ; Stepa, Serghei ; Hoon, Dave ; Ahn, Keunsoo ; Kang, Koo Jeong ; Beuschlein, Felix ; Breggia, Anne ; Birrer, Michael ; Bell, Debra ; Borad, Mitesh ; Bryce, Alan H. ; Castle, Erik ; Chandan, Vishal ; Cheville, John ; Copland, John A. ; Farnell, Michael ; Flotte, Thomas ; Giama, Nasra ; Ho, Thai ; Kendrick, Michael ; Kocher, Jean-Pierre ; Kopp, Karla ; Moser, Catherine ; Nagorney, David ; O’Brien, Daniel ; O’Neill, Brian Patrick ; Patel, Tushar ; Petersen, Gloria ; Que, Florencia ; Rivera, Michael ; Roberts, Lewis ; Smallridge, Robert ; Smyrk, Thomas ; Stanton, Melissa ; Thompson, R. Houston ; Torbenson, Michael ; Yang, Ju Dong ; Zhang, Lizhi ; Brimo, Fadi ; Ajani, Jaffer A. ; Gonzalez, Ana Maria Angulo ; Behrens, Carmen ; Bondaruk, Jolanta ; Broaddus, Russell ; Czerniak, Bogdan ; Esmaeli, Bita ; Fujimoto, Junya ; Gershenwald, Jeffrey ; Guo, Charles ; Lazar, Alexander J. ; Logothetis, Christopher ; Meric-Bernstam, Funda ; Moran, Cesar ; Ramondetta, Lois ; Rice, David ; Sood, Anil ; Tamboli, Pheroze ; Thompson, Timothy ; Troncoso, Patricia ; Tsao, Anne ; Wistuba, Ignacio ; Carter, Candace ; Haydu, Lauren ; Hersey, Peter ; Jakrot, Valerie ; Kakavand, Hojabr ; Kefford, Richard ; Lee, Kenneth ; Long, Georgina ; Mann, Graham ; Quinn, Michael ; Saw, Robyn ; Scolyer, Richard ; Shannon, Kerwin ; Spillane, Andrew ; Stretch, Jonathan ; Synott, Maria ; Thompson, John ; Wilmott, James ; Al-Ahmadie, Hikmat ; Chan, Timothy A. ; Ghossein, Ronald ; Gopalan, Anuradha ; Levine, Douglas A. ; Reuter, Victor ; Singer, Samuel ; Singh, Bhuvanesh ; Tien, Nguyen Viet ; Broudy, Thomas ; Mirsaidi, Cyrus ; Nair, Praveen ; Drwiega, Paul ; Miller, Judy ; Smith, Jennifer ; Zaren, Howard ; Park, Joong-Won ; Hung, Nguyen Phi ; Kebebew, Electron ; Linehan, W. Marston ; Metwalli, Adam R. ; Pacak, Karel ; Pinto, Peter A. ; Schiffman, Mark ; Schmidt, Laura S. ; Vocke, Cathy D. ; Wentzensen, Nicolas ; Worrell, Robert ; Yang, Hannah ; Moncrieff, Marc ; Goparaju, Chandra ; Melamed, Jonathan ; Pass, Harvey ; Botnariuc, Natalia ; Caraman, Irina ; Cernat, Mircea ; Chemencedji, Inga ; Clipca, Adrian ; Doruc, Serghei ; Gorincioi, Ghenadie ; Mura, Sergiu ; Pirtac, Maria ; Stancul, Irina ; Tcaciuc, Diana ; Albert, Monique ; Alexopoulou, Iakovina ; Arnaout, Angel ; Bartlett, John ; Engel, Jay ; Gilbert, Sebastien ; Parfitt, Jeremy ; Sekhon, Harman ; Thomas, George ; Rassl, Doris M. ; Rintoul, Robert C. ; Bifulco, Carlo ; Tamakawa, Raina ; Urba, Walter ; Hayward, Nicholas ; Timmers, Henri ; Antenucci, Anna ; Facciolo, Francesco ; Grazi, Gianluca ; Marino, Mirella ; Merola, Roberta ; De Krijger, Ronald ; Gimenez-Roqueplo, Anne-Paule ; Piché, Alain ; Chevalier, Simone ; McKercher, Ginette ; Birsoy, Kivanc ; Barnett, Gene ; Brewer, Cathy ; Farver, Carol ; Naska, Theresa ; Pennell, Nathan A. ; Raymond, Daniel ; Schilero, Cathy ; Smolenski, Kathy ; Williams, Felicia ; Morrison, Carl ; Borgia, Jeffrey A. ; Liptay, Michael J. ; Pool, Mark ; Seder, Christopher W. ; Junker, Kerstin ; Omberg, Larsson ; Dinkin, Mikhail ; Manikhas, George ; Alvaro, Domenico ; Bragazzi, Maria Consiglia ; Cardinale, Vincenzo ; Carpino, Guido ; Gaudio, Eugenio ; Chesla, David ; Cottingham, Sandra ; Dubina, Michael ; Moiseenko, Fedor ; Dhanasekaran, Renumathy ; Becker, Karl-Friedrich ; Janssen, Klaus-Peter ; Slotta-Huspenina, Julia ; Abdel-Rahman, Mohamed H. ; Aziz, Dina ; Bell, Sue ; Cebulla, Colleen M. ; Davis, Amy ; Duell, Rebecca ; Elder, J. Bradley ; Hilty, Joe ; Kumar, Bahavna ; Lang, James ; Lehman, Norman L. ; Mandt, Randy ; Nguyen, Phuong ; Pilarski, Robert ; Rai, Karan ; Schoenfield, Lynn ; Senecal, Kelly ; Wakely, Paul ; Hansen, Paul ; Lechan, Ronald ; Powers, James ; Tischler, Arthur ; Grizzle, William E. ; Sexton, Katherine C. ; Kastl, Alison ; Henderson, Joel ; Porten, Sima ; Waldmann, Jens ; Fassnacht, Martin ; Asa, Sylvia L. ; Schadendorf, Dirk ; Couce, Marta ; Graefen, Markus ; Huland, Hartwig ; Sauter, Guido ; Schlomm, Thorsten ; Simon, Ronald ; Tennstedt, Pierre ; Olabode, Oluwole ; Nelson, Mark ; Bathe, Oliver ; Carroll, Peter R. ; Chan, June M. ; DiSaia, Philip ; Glenn, Pat ; Kelley, Robin K. ; Landen, Charles N. ; Phillips, Joanna ; Prados, Michael ; Simko, Jeffry ; Smith-McCune, Karen ; VandenBerg, Scott ; Roggin, Kevin ; Fehrenbach, Ashley ; Kendler, Ady ; Sifri, Suzanne ; Steele, Ruth ; Jimeno, Antonio ; Carey, Francis ; Forgie, Ian ; Mannelli, Massimo ; Carney, Michael ; Hernandez, Brenda ; Campos, Benito ; Herold-Mende, Christel ; Jungk, Christin ; Unterberg, Andreas ; von Deimling, Andreas ; Bossler, Aaron ; Galbraith, Joseph ; Jacobus, Laura ; Knudson, Michael ; Knutson, Tina ; Ma, Deqin ; Milhem, Mohammed ; Sigmund, Rita ; Godwin, Andrew K. ; Madan, Rashna ; Rosenthal, Howard G. ; Adebamowo, Clement ; Adebamowo, Sally N. ; Boussioutas, Alex ; Beer, David ; Giordano, Thomas ; Mes-Masson, Anne-Marie ; Saad, Fred ; Bocklage, Therese ; Landrum, Lisa ; Mannel, Robert ; Moore, Kathleen ; Moxley, Katherine ; Postier, Russel ; Walker, Joan ; Zuna, Rosemary ; Feldman, Michael ; Valdivieso, Federico ; Dhir, Rajiv ; Luketich, James ; Pinero, Edna M. Mora ; Quintero-Aguilo, Mario ; Carlotti, Carlos Gilberto, Jr. ; Dos Santos, Jose Sebastião ; Kemp, Rafael ; Sankarankuty, Ajith ; Tirapelli, Daniela ; Catto, James ; Agnew, Kathy ; Swisher, Elizabeth ; Creaney, Jenette ; Robinson, Bruce ; Shelley, Carl Simon ; Godwin, Eryn M. ; Kendall, Sara ; Shipman, Cassaundra ; Bradford, Carol ; Carey, Thomas ; Haddad, Andrea ; Moyer, Jeffey ; Peterson, Lisa ; Prince, Mark ; Rozek, Laura ; Wolf, Gregory ; Bowman, Rayleen ; Fong, Kwun M. ; Yang, Ian ; Korst, Robert ; Rathmell, W. Kimryn ; Fantacone-Campbell, J. Leigh ; Hooke, Jeffrey A. ; Kovatich, Albert J. ; Shriver, Craig D. ; DiPersio, John ; Drake, Bettina ; Govindan, Ramaswamy ; Heath, Sharon ; Ley, Timothy ; Van Tine, Brian ; Westervelt, Peter ; Rubin, Mark A. ; Lee, Jung Il ; Aredes, Natália D. ; Mariamidze, Armaz ; Sanchez, Yolanda ; Greene, Casey S.
Precision oncology uses genomic evidence to match patients with treatment but often fails to identify all patients who may respond. The transcriptome of these ?hidden responders? may reveal responsive molecular states. We describe and evaluate a machine-learning approach to classify aberrant pathway activity in tumors, which may aid in hidden responder identification. The algorithm integrates RNA-seq, copy number, and mutations from 33 different cancer types across The Cancer Genome Atlas [...]
Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels des anomalies génomiques dans les cellules cancéreuses modulent le paysage immunitaire du micro-environnement tumoral
Cancer-Cell-Intrinsic Mechanisms Shaping the Tumor Immune Landscape
Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels des anomalies génomiques dans les cellules cancéreuses modulent le paysage immunitaire du micro-environnement tumoral
Cancer-Cell-Intrinsic Mechanisms Shaping the Tumor Immune Landscape
Wellenstein, Max D. ; de Visser, Karin E.
Owing to their tremendous diversity and plasticity, immune cells exert multifaceted functions in tumor-bearing hosts, ranging from anti-tumor to pro-tumor activities. Tumor immune landscapes differ greatly between and within cancer types. Emerging evidence suggests that genetic aberrations in cancer cells dictate the immune contexture of tumors. Here, we review the current understanding of the mechanisms whereby common drivers of tumorigenesis modulate the tumor immune milieu. We discuss these [...]
Menée sur des lignées cellulaires de lymphome diffus à grandes cellules B et à l'aide de xénogreffes sur des modèles murins, puis sur une plateforme ex vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, via diverses forces biophysiques, le micro-environnement régule la prolifération cellulaire
How Biophysical Forces Regulate Human B Cell Lymphomas
Menée sur des lignées cellulaires de lymphome diffus à grandes cellules B et à l'aide de xénogreffes sur des modèles murins, puis sur une plateforme ex vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, via diverses forces biophysiques, le micro-environnement régule la prolifération cellulaire
How Biophysical Forces Regulate Human B Cell Lymphomas
Apoorva, F. ; Loiben, Alexander M. ; Shah, Shivem B. ; Purwada, Alberto ; Fontan, Lorena ; Goldstein, Rebecca ; Kirby, Brian J. ; Melnick, Ari M. ; Cosgrove, Benjamin D. ; Singh, Ankur
The role of microenvironment-mediated biophysical forces in human lymphomas remains elusive. Diffuse large B cell lymphomas (DLBCLs) are heterogeneous tumors, which originate from highly proliferative germinal center B cells. These tumors, their associated neo-vessels, and lymphatics presumably expose cells to particular fluid flow and survival signals. Here, we show that fluid flow enhances proliferation and modulates response of DLBCLs to specific therapeutic agents. Fluid flow upregulates [...]
