A partir de 15 bases de données relatives à 784 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un carcinome hépatocellulaire, cette méta-analyse identifie un ensemble de 935 gènes dont l'expression est anormale, par comparaison avec leur expression dans les tissus non tumoraux adjacents

Integrative Genomic Analysis Identifies the Core Transcriptional Hallmarks of Human Hepatocellular Carcinoma

Allain, Coralie ; Angenard, Gaëlle ; Clement, Bruno ; Coulouarn, Cédric

Integrative genomics helped characterize molecular heterogeneity in hepatocellular carcinoma (HCC), leading to targeted drug candidates for specific HCC subtypes. However, no consensus was achieved for genes and pathways commonly altered in HCC. Here, we performed a meta-analysis of 15 independent datasets (n = 784 human HCC) and identified a comprehensive signature consisting of 935 genes commonly deregulated in HCC as compared with the surrounding nontumor tissue. In the HCC signature, [...]

Cet article passe en revue les travaux récents sur le rôle des anomalies génétiques et épigénétiques des régions non codantes du génome dans le développement d'une tumeur

Emergence of the Noncoding Cancer Genome: A Target of Genetic and Epigenetic Alterations

Zhou, Stanley ; Treloar, Aislinn E. ; Lupien, Mathieu

The emergence of whole-genome annotation approaches is paving the way for the comprehensive annotation of the human genome across diverse cell and tissue types exposed to various environmental conditions. This has already unmasked the positions of thousands of functional cis-regulatory elements integral to transcriptional regulation, such as enhancers, promoters, and anchors of chromatin interactions that populate the noncoding genome. Recent studies have shown that cis-regulatory elements are [...]

A partir de 13 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un carcinome épidermoïde de l'œsophage, cette étude met en évidence une hétérogénéité intratumorale des mutations somatiques et, à l'aide d'arbres phylo-génétiques et phylo-épigénétiques, suggère un modèle d'évolution clonale au cours de la progression tumorale

Spatial intratumoral heterogeneity and temporal clonal evolution in esophageal squamous cell carcinoma

Hao, Jia-Jie ; Lin, De-Chen ; Dinh, Huy Q. ; Mayakonda, Anand ; Jiang, Yan-Yi ; Chang, Chen ; Jiang, Ye ; Lu, Chen-Chen ; Shi, Zhi-Zhou ; Xu, Xin ; Zhang, Yu ; Cai, Yan ; Wang, Jin-Wu ; Zhan, Qi-Min ; Wei, Wen-Qiang ; Berman, Benjamin P. ; Wang, Ming-Rong ; Koeffler, H. Phillip

Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) is among the most common malignancies, but little is known about its spatial intratumoral heterogeneity (ITH) and temporal clonal evolutionary processes. To address this, we performed multiregion whole-exome sequencing on 51 tumor regions from 13 ESCC cases and multiregion global methylation profiling for 3 of these 13 cases. We found an average of 35.8% heterogeneous somatic mutations with strong evidence of ITH. Half of the driver mutations located on [...]

A partir de 15 échantillons tumoraux prélevés sur 6 patients atteints d'un cancer du poumon présentant plusieurs lésions synchrones, cette étude met en évidence l'hétérogénéité génomique des lésions chez chaque patient

Genomic heterogeneity of multiple synchronous lung cancer

Liu, Yu ; Zhang, Jianjun ; Li, Lin ; Yin, Guangliang ; Zhang, Jianhua ; Zheng, Shan ; Cheung, Hannah ; Wu, Ning ; Lu, Ning ; Mao, Xizeng ; Yang, Longhai ; Zhang, Jiexin ; Zhang, Li ; Seth, Sahil ; Chen, Huang ; Song, Xingzhi ; Liu, Kan ; Xie, Yongqiang ; Zhou, Lina ; Zhao, Chuanduo ; Han, Naijun ; Chen, Wenting ; Zhang, Susu ; Chen, Longyun ; Cai, Wenjun ; Shen, Miaozhong ; Xu, Ningzhi ; Cheng, Shujun ; Yang, Huanming ; Lee, J. Jack ; Correa, Arlene ; Fujimoto, Junya ; Behrens, Carmen ; Chow, Chi-Wan ; William, William N. ; Heymach, John V. ; Hong, Waun Ki ; Swisher, Stephen ; Wistuba, Ignacio I. ; Wang, Jun ; Lin, Dongmei ; Liu, Xiangyang ; Futreal, P. Andrew ; Gao, Yanning

Multiple synchronous lung cancers (MSLCs) present a clinical dilemma as to whether individual tumours represent intrapulmonary metastases or independent tumours. In this study we analyse genomic profiles of 15 lung adenocarcinomas and one regional lymph node metastasis from 6 patients with MSLC. All 15 lung tumours demonstrate distinct genomic profiles, suggesting all are independent primary tumours, which are consistent with comprehensive histopathological assessment in 5 of the 6 patients. [...]

A partir de 13 échantillons tumoraux prélevés sur des patientes atteintes d'un cancer papillaire du sein présentant une polarité inversée des cellules tumorales, cette étude identifie la présence fréquente de mutations des gènes IDH2 et PIK3CA

IDH2 Mutations Define a Unique Subtype of Breast Cancer with Altered Nuclear Polarity

Chiang, Sarah ; Weigelt, Britta ; Wen, Huei-Chi ; Pareja, Fresia ; Raghavendra, Ashwini ; Martelotto, Luciano G. ; Burke, Kathleen A. ; Basili, Thais ; Li, Anqi ; Geyer, Felipe C. ; Piscuoglio, Salvatore ; Ng, Charlotte K. Y. ; Jungbluth, Achim ; Balss, Jörg ; Pusch, Stefan ; Baker, Gabrielle ; Cole, Kimberly ; von Deimling, Andreas ; Batten, Julie M. ; Marotti, Jonathan D. ; Soh, Hwei-Choo ; McCalip, Benjamin ; Serrano, Jonathan ; Lim, Reymond ; Siziopikou, Kalliopi P. ; Lu, Song ; Liu, Xiaolong ; Hammour, Tarek ; Brogi, Edi ; Snuderl, Matija ; Iafrate, A. John ; Reis-Filho, Jorge S. ; Schnitt, Stuart J.

Solid papillary carcinoma with reverse polarity (SPCRP) is a rare breast cancer subtype with an obscure etiology. In this study, we sought to describe its unique histopathologic features and to identify the genetic alterations that underpin SPCRP using massively parallel whole-exome and targeted sequencing. The morphologic and immunohistochemical features of SPCRP support the invasive nature of this subtype. Ten of 13 (77%) SPCRPs harbored hotspot mutations at R172 of the isocitrate [...]

Menée sur 1 913 patients atteints d'un sous-type de leucémie lymphoblastique aiguë, puis in vitro, cette étude met en évidence le rôle joué par des anomalies d'expression des gènes DUX4 et ERG dans le développement de la maladie

Deregulation of DUX4 and ERG in acute lymphoblastic leukemia

Zhang, Jinghui ; McCastlain, Kelly ; Yoshihara, Hiroki ; Xu, Beisi ; Chang, Yunchao ; Churchman, Michelle L. ; Wu, Gang ; Li, Yongjin ; Wei, Lei ; Iacobucci, Ilaria ; Liu, Yu ; Qu, Chunxu ; Wen, Ji ; Edmonson, Michael ; Payne-Turner, Debbie ; Kaufmann, Kerstin B. ; Takayanagi, Shin-ichiro ; Wienholds, Erno ; Waanders, Esme ; Ntziachristos, Panagiotis ; Bakogianni, Sofia ; Wang, Jingjing ; Aifantis, Iannis ; Roberts, Kathryn G. ; Ma, Jing ; Song, Guangchun ; Easton, John ; Mulder, Heather L. ; Chen, Xiang ; Newman, Scott ; Ma, Xiaotu ; Rusch, Michael ; Gupta, Pankaj ; Boggs, Kristy ; Vadodaria, Bhavin ; Dalton, James ; Liu, Yanling ; Valentine, Marcus L. ; Ding, Li ; Lu, Charles ; Fulton, Robert S. ; Fulton, Lucinda ; Tabib, Yashodhan ; Ochoa, Kerri ; Devidas, Meenakshi ; Pei, Deqing ; Cheng, Cheng ; Yang, Jun ; Evans, William E. ; Relling, Mary V. ; Pui, Ching-Hon ; Jeha, Sima ; Harvey, Richard C. ; Chen, I. Ming L. ; Willman, Cheryl L. ; Marcucci, Guido ; Bloomfield, Clara D. ; Kohlschmidt, Jessica ; Mrózek, Krzysztof ; Paietta, Elisabeth ; Tallman, Martin S. ; Stock, Wendy ; Foster, Matthew C. ; Racevskis, Janis ; Rowe, Jacob M. ; Luger, Selina ; Kornblau, Steven M. ; Shurtleff, Sheila A. ; Raimondi, Susana C. ; Mardis, Elaine R. ; Wilson, Richard K. ; Dick, John E. ; Hunger, Stephen P. ; Loh, Mignon L. ; Downing, James R. ; Mullighan, Charles G. ; the St. Jude Children's Research Hospital-Washington University Pediatric Cancer Genome, Project

Chromosomal rearrangements deregulating hematopoietic transcription factors are common in acute lymphoblastic leukemia (ALL). Here we show that deregulation of the homeobox transcription factor gene DUX4 and the ETS transcription factor gene ERG is a hallmark of a subtype of B-progenitor ALL that comprises up to 7% of B-ALL. DUX4 rearrangement and overexpression was present in all cases and was accompanied by transcriptional deregulation of ERG, expression of a novel ERG isoform, ERGalt, and [...]

Menée sur des lignées cellualires de cancer du côlon, cette étude met en évidence le rôle joué par un long ARN non codant (ASBEL) et un facteur de transcription (TCF3) dans le développement d'une tumeur

ASBEL–TCF3 complex is required for the tumorigenicity of colorectal cancer cells

Taniue, Kenzui ; Kurimoto, Akiko ; Takeda, Yasuko ; Nagashima, Takeshi ; Okada-Hatakeyama, Mariko ; Katou, Yuki ; Shirahige, Katsuhiko ; Akiyama, Tetsu

Wnt/β-catenin signaling plays a key role in the tumorigenicity of colon cancer. Furthermore, it has been reported that lncRNAs are dysregulated in several steps of cancer development. Here we show that β-catenin directly activates the transcription of the long noncoding RNA (lncRNA) ASBEL [antisense ncRNA in the ANA (Abundant in neuroepithelium area)/BTG3 (B-cell translocation gene 3) locus] and transcription factor 3 (TCF3), both of which are required for the survival and tumorigenicity of [...]

Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la perte d'expression du gène p53 et l'activation de la signalisation de la bêta-caténine favorisent le développement d'un cancer du sein triplement négatif

p53 deficiency induces cancer stem cell pool expansion in a mouse model of triple-negative breast tumors

Chiche, A. ; Moumen, M. ; Romagnoli, M. ; Petit, V. ; Lasla, H. ; Jezequel, P. ; de la Grange, P. ; Jonkers, J. ; Deugnier, M. A. ; Glukhova, M. A. ; Faraldo, M. M.

Triple-negative breast cancer is a heterogeneous disease characterized by the expression of basal cell markers, no estrogen or progesterone receptor expression and a lack of HER2 overexpression. Triple-negative tumors often display activated Wnt/[beta]-catenin signaling and most have impaired p53 function. We studied the interplay between p53 loss and Wnt/[beta]-catenin signaling in stem cell function and tumorigenesis, by deleting p53 from the mammary epithelium of K5[Delta]N[beta]cat mice [...]

Mené à l'aide de modèles murins de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels le facteur de transcription Snail1 inhibe les fonctions de suppresseur de tumeurs du gène p53 non muté

Snail1-dependent p53 repression regulates expansion and activity of tumour-initiating cells in breast cancer

Ni, Ting ; Li, Xiao-Yan ; Lu, Na ; An, Teng ; Liu, Zhi-Ping ; Fu, Rong ; Lv, Wen-Cong ; Zhang, Yi-Wei ; Xu, Xiao-Jun ; Grant Rowe, R. ; Lin, Yong-Shun ; Scherer, Amanda ; Feinberg, Tamar ; Zheng, Xiao-Qi ; Chen, Bao-An ; Liu, X. Shirley ; Guo, Qing-Long ; Wu, Zhao-Qiu ; Weiss, Stephen J.

The zinc-finger transcription factor Snail1 is inappropriately expressed in breast cancer and associated with poor prognosis. While interrogating human databases, we uncovered marked decreases in relapse-free survival of breast cancer patients expressing high Snail1 levels in tandem with wild-type, but not mutant, p53. Using a Snail1 conditional knockout model of mouse breast cancer that maintains wild-type p53, we find that Snail1 plays an essential role in tumour progression by controlling [...]

Cet article passe en revue les travaux récents sur le rôle du micro-environnement dans la formation et la croissance de métastases hépatiques

Role of the microenvironment in liver metastasis: from pre- to pro-metastatic niches

Brodt, Pnina

Liver metastases remain a major barrier to successful management of malignant disease, particularly for cancers of the gastrointestinal (GI) tract but also for other malignancies such as breast carcinoma and melanoma. The ability of metastatic cells to survive and proliferate in the liver is determined by the outcome of complex, reciprocal interactions between the tumor cells and different local resident subpopulations including the sinusoidal endothelium, stellate, Kupffer and inflammatory [...]

Menée à l'aide d'un modèle murin de leucémie lymphoblastique aiguë T, cette étude met en évidence la dynamique des interactions entre les cellules leucémiques et certains micro-environnements spécifiques de la moelle osseuse, au cours du développement de la maladie et en réponse à une chimiothérapie

T-cell acute leukaemia exhibits dynamic interactions with bone marrow microenvironments

Hawkins, Edwin D. ; Duarte, Delfim ; Akinduro, Olufolake ; Khorshed, Reema A. ; Passaro, Diana ; Nowicka, Malgorzata ; Straszkowski, Lenny ; Scott, Mark K. ; Rothery, Steve ; Ruivo, Nicola ; Foster, Katie ; Waibel, Michaela ; Johnstone, Ricky W. ; Harrison, Simon J. ; Westerman, David A. ; Quach, Hang ; Gribben, John ; Robinson, Mark D. ; Purton, Louise E. ; Bonnet, Dominique ; Lo Celso, Cristina

It is widely accepted that complex interactions between cancer cells and their surrounding microenvironment contribute to disease development, chemo-resistance and disease relapse. In light of this observed interdependency, novel therapeutic interventions that target specific cancer stroma cell lineages and their interactions are being sought. Here we studied a mouse model of human T-cell acute lymphoblastic leukaemia (T-ALL) and used intravital microscopy to monitor the progression of disease [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels l'interleukine 30 favorise le développement et la croissance d'une tumeur du sein

Interleukin-30 Promotes Breast Cancer Growth and Progression

Airoldi, Irma ; Cocco, Claudia ; Sorrentino, Carlo ; Angelucci, Domenico ; Di Meo, Serena ; Manzoli, Lamberto ; Esposito, Silvia ; Ribatti, Domenico ; Bertolotto, Maria ; Iezzi, Laura ; Natoli, Clara ; Di Carlo, Emma

The inflammatory tissue microenvironment that promotes the development of breast cancer is not fully understood. Here we report a role for elevated IL30 in supporting the breast cancer cell viability and invasive migration. IL30 was absent in normal mammary ducts, ductules, and acini of histologically normal breast and scanty in the few stromal infiltrating leukocytes. In contrast, IL30 was expressed frequently in breast cancer specimens where it was associated with triple-negative and HER2+ [...]

Menée in vitro et à l'aide de modèles murins de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en induisant la formation de pièges extracellulaires des neutrophiles, des cellules tumorales disséminées favorisent le processus métastatique

Cancer cells induce metastasis-supporting neutrophil extracellular DNA traps

Park, Juwon ; Wysocki, Robert W. ; Amoozgar, Zohreh ; Maiorino, Laura ; Fein, Miriam R. ; Jorns, Julie ; Schott, Anne F. ; Kinugasa-Katayama, Yumi ; Lee, Youngseok ; Won, Nam Hee ; Nakasone, Elizabeth S. ; Hearn, Stephen A. ; Küttner, Victoria ; Qiu, Jing ; Almeida, Ana S. ; Perurena, Naiara ; Kessenbrock, Kai ; Goldberg, Michael S. ; Egeblad, Mikala

Neutrophil extracellular traps, or NETs, are DNA structures that are produced by neutrophils in response to infection and can promote the spread of cancer in the presence of infection. Park et al. discovered that even in the absence of infection, metastatic breast cancer cells can stimulate neutrophils to form NETs, which further support the spread of metastasis. The authors also demonstrated an approach to breaking this vicious cycle using nanoparticles coated with DNase I, an enzyme that [...]

Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la protéine FOXK2 réprime la croissance et le processus métastatique d'un cancer du sein

FOXK2 Elicits Massive Transcription Repression and Suppresses the Hypoxic Response and Breast Cancer Carcinogenesis

Shan, Lin ; Zhou, Xing ; Liu, Xinhua ; Wang, Yue ; Su, Dongxue ; Hou, Yongqiang ; Yu, Na ; Yang, Chao ; Liu, Beibei ; Gao, Jie ; Duan, Yang ; Yang, Jianguo ; Li, Wanjin ; Liang, Jing ; Sun, Luyang ; Chen, Kexin ; Xuan, Chenghao ; Shi, Lei ; Wang, Yan ; Shang, Yongfeng

Although clinically associated with severe developmental defects, the biological function of FOXK2 remains poorly explored. Here we report that FOXK2 interacts with transcription corepressor complexes NCoR/SMRT, SIN3A, NuRD, and REST/CoREST to repress a cohort of genes including HIF1? and EZH2 and to regulate several signaling pathways including the hypoxic response. We show that FOXK2 inhibits the proliferation and invasion of breast cancer cells and suppresses the growth and metastasis of [...]

Menée à l'aide de modèles murins et d'une technique d'imagerie, cette étude met en évidence le rôle joué par des exosomes dérivés de cellules tumorales dans le processus métastatique d'un cancer du sein

The biodistribution and immune suppressive effects of breast cancer-derived exosomes

Wen, Shu Wen ; Sceneay, Jaclyn ; Lima, Luize G. ; Wong, Christina S. F. ; Becker, Melanie ; Krumeich, Sophie ; Lobb, Richard J. ; Castillo, Vanessa ; Wong, Ke Ni ; Ellis, Sarah ; Parker, Belinda S. ; Moller, Andreas

Small membranous secretions from tumor cells, termed exosomes, contribute significantly to intercellular communication and subsequent reprogramming of the tumor microenvironment. Here we use optical imaging to determine that exogenously administered fluorescently-labeled exosomes derived from highly metastatic murine breast cancer cells, distributed predominantly to the lung of syngeneic mice, a frequent site of breast cancer metastasis. At the sites of accumulation, exosomes were taken up by [...]