Menée au Japon à partir d'échantillons prélevés sur 73 patients adolescents et jeunes adultes atteints d'une leucémie lymphoblastique aiguë Ph- (âge compris entre 15 et 39 ans), cette étude identifie la présence fréquente de réarrangements chromosomiques impliquant le gène DUX4 dans les leucémies de type B

Recurrent DUX4 fusions in B cell acute lymphoblastic leukemia of adolescents and young adults

Yasuda, Takahiko ; Tsuzuki, Shinobu ; Kawazu, Masahito ; Hayakawa, Fumihiko ; Kojima, Shinya ; Ueno, Toshihide ; Imoto, Naoto ; Kohsaka, Shinji ; Kunita, Akiko ; Doi, Koichiro ; Sakura, Toru ; Yujiri, Toshiaki ; Kondo, Eisei ; Fujimaki, Katsumichi ; Ueda, Yasunori ; Aoyama, Yasutaka ; Ohtake, Shigeki ; Takita, Junko ; Sai, Eirin ; Taniwaki, Masafumi ; Kurokawa, Mineo ; Morishita, Shinichi ; Fukayama, Masashi ; Kiyoi, Hitoshi ; Miyazaki, Yasushi ; Naoe, Tomoki ; Mano, Hiroyuki

The oncogenic mechanisms underlying acute lymphoblastic leukemia (ALL) in adolescents and young adults (AYA; 15–39 years old) remain largely elusive. Here we have searched for new oncogenes in AYA-ALL by performing RNA-seq analysis of Philadelphia chromosome (Ph)-negative AYA-ALL specimens (n = 73) with the use of a next-generation sequencer. Interestingly, insertion of D4Z4 repeats containing the DUX4 gene into the IGH locus was frequently identified in B cell AYA-ALL, leading to a high level [...]

A partir d'échantillons prélevés sur des patients atteints d'un lymphome diffus à grandes cellules B, cette étude identifie un ensemble d'anomalies cytogénétiques affectant le locus PD-L1/PD-L2 en lien avec une surexpression de PD-L1

Genetic basis of PD-L1 overexpression in diffuse large B-cell lymphomas

Georgiou, Konstantinos ; Chen, Longyun ; Berglund, Mattias ; Ren, Weicheng ; de Miranda, Noel F. C. C. ; Lisboa, Susana ; Fangazio, Marco ; Zhu, Shida ; Hou, Yong ; Wu, Kui ; Fang, Wenfeng ; Wang, Xianhuo ; Meng, Bin ; Zhang, Li ; Zeng, Yixin ; Bhagat, Govind ; Nordenskjöld, Magnus ; Sundstrom, Christer ; Enblad, Gunilla ; Dalla-Favera, Riccardo ; Zhang, Huilai ; Teixeira, Manuel R. ; Pasqualucci, Laura ; Peng, Roujun ; Pan-Hammarström, Qiang

Translocations between PD-L1 and the IGH locus, represent a genetic mechanism of PD-L1 overexpression in DLBCL.Genetic alterations in the PD-L1/PDL-2 locus are mainly associated with the non-GCB subtype of DLBCL. Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is one of the most common and aggressive types of B-cell lymphoma. Deregulation of proto-oncogene expression following a translocation, most notably to the immunoglobulin heavy chain locus (IGH), is one of the hallmarks of DLBCL. By whole genome [...]

A partir du séquençage de l'ARN de 47 échantillons tumoraux de carcinome épidermoïde de la tête et du cou lié à une infection par le papillomavirus humain et de 25 échantillons témoins, cette étude identifie les gènes de fusion impliqués dans le développement tumoral

Characterization of functionally active gene fusions in human papillomavirus related oropharyngeal squamous cell carcinoma

Guo, Theresa ; Gaykalova, Daria A. ; Considine, Michael ; Wheelan, Sarah ; Pallavajjala, Aparna ; Bishop, Justin A. ; Westra, William H. ; Ideker, Trey ; Koch, Wayne M. ; Khan, Zubair ; Fertig, Elana J. ; Califano, Joseph A.

The Cancer Genome Atlas (TCGA) sequencing analysis of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) recently reported on gene fusions, however, few human papillomavirus (HPV) positive samples were included, and the functional relevance of identified fusions was not explored. We therefore performed an independent analysis of gene fusions in HPV-positive oropharyngeal SCC (OPSCC). RNA sequencing was performed on 47 HPV-positive OPSCC primary tumors and 25 normal mucosal samples from cancer [...]

Menée initialement à l'aide de modèles murins, puis à partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 462 patients atteints d'un cancer de l'estomac, cette étude identifie un ensemble de gènes impliqués dans le développement d'une tumeur induite par un gène SMAD4 muté

Sleeping Beauty transposon mutagenesis identifies genes that cooperate with mutant Smad4 in gastric cancer development

Takeda, Haruna ; Rust, Alistair G. ; Ward, Jerrold M. ; Yew, Christopher Chin Kuan ; Jenkins, Nancy A. ; Copeland, Neal G.

Mutations in SMAD4 predispose to the development of gastrointestinal cancer, which is the third leading cause of cancer-related deaths. To identify genes driving gastric cancer (GC) development, we performed a Sleeping Beauty (SB) transposon mutagenesis screen in the stomach of Smad4+/− mutant mice. This screen identified 59 candidate GC trunk drivers and a much larger number of candidate GC progression genes. Strikingly, 22 SB-identified trunk drivers are known or candidate cancer genes, [...]

Menée in vitro, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en maintenant la stabilité topologique du génome, la protéine p53 exerce une fonction de suppresseur de tumeurs

p53 Maintains Genomic Stability by Preventing Interference between Transcription and Replication

Yeo, Constance Qiao Xin ; Alexander, Irina ; Lin, Zhaoru ; Lim, Shuhui ; Aning, Obed Akwasi ; Kumar, Ramesh ; Sangthongpitag, Kanda ; Pendharkar, Vishal ; Ho, Vincent H B. ; Cheok, Chit Fang

p53 tumor suppressor maintains genomic stability, typically acting through cell-cycle arrest, senescence, and apoptosis. We discovered a function of p53 in preventing conflicts between transcription and replication, independent of its canonical roles. p53 deficiency sensitizes cells to Topoisomerase (Topo) II inhibitors, resulting in DNA damage arising spontaneously during replication. Topoisomerase IIα (TOP2A)-DNA complexes preferentially accumulate in isogenic p53 mutant or knockout cells, [...]

Menée sur des lignées cellulaires de mélanome et à l'aide de xénogreffes sur des modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en interaction avec la protéine p32, le long ARN non codant SAMMSON favorise la prolifération des cellules cancéreuses

Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON

Leucci, Eleonora ; Vendramin, Roberto ; Spinazzi, Marco ; Laurette, Patrick ; Fiers, Mark ; Wouters, Jasper ; Radaelli, Enrico ; Eyckerman, Sven ; Leonelli, Carina ; Vanderheyden, Katrien ; Rogiers, Aljosja ; Hermans, Els ; Baatsen, Pieter ; Aerts, Stein ; Amant, Frederic ; Van Aelst, Stefan ; van den Oord, Joost ; de Strooper, Bart ; Davidson, Irwin ; Lafontaine, Denis L. J. ; Gevaert, Kris ; Vandesompele, Jo ; Mestdagh, Pieter ; Marine, Jean-Christophe

Focal amplifications of chromosome 3p13–3p14 occur in about 10% of melanomas and are associated with a poor prognosis. The melanoma-specific oncogene MITF resides at the epicentre of this amplicon1. However, whether other loci present in this amplicon also contribute to melanomagenesis is unknown. Here we show that the recently annotated long non-coding RNA (lncRNA) gene SAMMSON is consistently co-gained with MITF. In addition, SAMMSON is a target of the lineage-specific transcription factor [...]

Menée sur des lignées cellulaires de carcinomes du poumon et du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en inhibant la signalisation WNT, des cellules cancéreuses sont susceptibles d'entrer en quiescence, d'échapper au système immunitaire et, ainsi, de pouvoir ultérieurement être à l'origine de métastases

Metastatic Latency and Immune Evasion through Autocrine Inhibition of WNT

Malladi, Srinivas ; Macalinao, Danilo G ; Jin, Xin ; He, Lan ; Basnet, Harihar ; Zou, Yilong ; de Stanchina, Elisa ; Massagué, Joan

Metastasis frequently develops years after the removal of a primary tumor, from a minority of disseminated cancer cells that survived as latent entities through unknown mechanisms. We isolated latency competent cancer (LCC) cells from early stage human lung and breast carcinoma cell lines and defined the mechanisms that suppress outgrowth, support long-term survival, and maintain tumor-initiating potential in these cells during the latent metastasis stage. LCC cells show stem-cell-like [...]