Menée à l'aide de lignées cellulaires et de modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels des mutations "passagères" réduisent la valeur adaptative des cellules tumorales, réfutant ainsi le paradigme traditionnel qui leur attribue un rôle neutre

The Damaging Effect of Passenger Mutations on Cancer Progression

McFarland, Christopher D. ; Yaglom, Julia A. ; Wojtkowiak, Jonathan W. ; Scott, Jacob G. ; Morse, David L. ; Sherman, Michael Y. ; Mirny, Leonid A.

Genomic instability and high mutation rates cause cancer to acquire numerous mutations and chromosomal alterations during its somatic evolution; most are termed passengers because they do not confer cancer phenotypes. Evolutionary simulations and cancer genomic studies suggest that mildly deleterious passengers accumulate and can collectively slow cancer progression. Clinical data also suggest an association between passenger load and response to therapeutics, yet no causal link between the [...]

A l'aide de données portant sur 6 456 génomes de divers types de tumeurs et à l'aide d'un algorithme appelé SELECT, cette étude dresse une cartographie des anomalies génomiques pour lesquelles, au cours de l'évolution tumorale, la sélection de l'une dépend de l'apparition d'une autre

Conditional Selection of Genomic Alterations Dictates Cancer Evolution and Oncogenic Dependencies

Mina, Marco ; Raynaud, Franck ; Tavernari, Daniele ; Battistello, Elena ; Sungalee, Stephanie ; Saghafinia, Sadegh ; Laessle, Titouan ; Sanchez-Vega, Francisco ; Schultz, Nikolaus ; Oricchio, Elisa ; Ciriello, Giovanni

Cancer evolves through the emergence and selection of molecular alterations. Cancer genome profiling has revealed that specific events are more or less likely to be co-selected, suggesting that the selection of one event depends on the others. However, the nature of these evolutionary dependencies and their impact remain unclear. Here, we designed SELECT, an algorithmic approach to systematically identify evolutionary dependencies from alteration patterns. By analyzing 6,456 genomes from [...]

Menée dans le cadre du projet "The Cancer Genome Atlas" sur 150 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un adénocarcinome canalaire du pancréas, cette étude dresse un catalogue des gènes les plus fréquemment affectés par des mutations somatiques

Integrated Genomic Characterization of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma

Raphael, Benjamin J. ; Hruban, Ralph H. ; Aguirre, Andrew J. ; Moffitt, Richard A. ; Yeh, Jen Jen ; Stewart, Chip ; Robertson, A. Gordon ; Cherniack, Andrew D. ; Gupta, Manaswi ; Getz, Gad ; Gabriel, Stacey B. ; Meyerson, Matthew ; Cibulskis, Carrie ; Fei, Suzanne S. ; Hinoue, Toshinori ; Shen, Hui ; Laird, Peter W. ; Ling, Shiyun ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B. ; Akbani, Rehan ; Loher, Phillipe ; Londin, Eric R. ; Rigoutsos, Isidore ; Telonis, Aristeidis G. ; Gibb, Ewan A. ; Goldenberg, Anna ; Mezlini, Aziz M. ; Hoadley, Katherine A. ; Collisson, Eric ; Lander, Eric ; Murray, Bradley A. ; Hess, Julian ; Rosenberg, Mara ; Bergelson, Louis ; Zhang, Hailei ; Cho, Juok ; Tiao, Grace ; Kim, Jaegil ; Livitz, Dimitri ; Leshchiner, Ignaty ; Reardon, Brendan ; Van Allen, Eliezer ; Kamburov, Atanas ; Beroukhim, Rameen ; Saksena, Gordon ; Schumacher, Steven E. ; Noble, Michael S. ; Heiman, David I. ; Gehlenborg, Nils ; Lawrence, Michael S. ; Adsay, Volkan ; Petersen, Gloria ; Klimstra, David ; Bardeesy, Nabeel ; Leiserson, Mark D. M. ; Bowlby, Reanne ; Kasaian, Katayoon ; Birol, Inanc ; Mungall, Karen L. ; Sadeghi, Sara ; Weinstein, John N. ; Spellman, Paul T. ; Liu, Yuexin ; Amundadottir, Laufey T. ; Tepper, Joel ; Singhi, Aatur D. ; Dhir, Rajiv ; Paul, Drwiega ; Smyrk, Thomas ; Zhang, Lizhi ; Kim, Paula ; Bowen, Jay ; Frick, Jessica ; Gastier-Foster, Julie M. ; Gerken, Mark ; Lau, Kevin ; Leraas, Kristen M. ; Lichtenberg, Tara M. ; Ramirez, Nilsa C. ; Renkel, Jeremy ; Sherman, Mark ; Wise, Lisa ; Yena, Peggy ; Zmuda, Erik ; Shih, Juliann ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Carlsen, Rebecca ; Chu, Andy ; Chuah, Eric ; Clarke, Amanda ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert A. ; Jones, Steven J. M. ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A. ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A. ; Mungall, Andrew J. ; Schein, Jacqueline E. ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Brooks, Denise ; Auman, J. Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Hayes, D. Neil ; Hoyle, Alan P. ; Jefferys, Stuart R. ; Jones, Corbin D. ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A. ; Mose, Lisle E. ; Perou, Charles M. ; Perou, Amy H. ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V. ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G. ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Parker, Joel S. ; Wilkerson, Matthew D. ; Korkut, Anil ; Senbabaoglu, Yasin ; Burch, Patrick ; McWilliams, Robert ; Chaffee, Kari ; Oberg, Ann ; Zhang, Wei ; Gingras, Marie-Claude ; Wheeler, David A. ; Xi, Liu ; Albert, Monique ; Bartlett, John ; Sekhon, Harman ; Stephen, Yeager ; Howard, Zaren ; Judy, Miller ; Breggia, Anne ; Shroff, Rachna T. ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Jennifer, Smith ; Roggin, Kevin ; Becker, Karl-Friedrich ; Behera, Madhusmita ; Bennett, Joseph ; Boice, Lori ; Burks, Eric ; Carlotti Junior, Carlos Gilberto ; Chabot, John ; Pretti da Cunha Tirapelli, Daniela ; Sebastião dos Santos, Jose ; Dubina, Michael ; Eschbacher, Jennifer ; Huang, Mei ; Huelsenbeck-Dill, Lori ; Jenkins, Roger ; Karpov, Alexey ; Kemp, Rafael ; Lyadov, Vladimir ; Maithel, Shishir ; Manikhas, Georgy ; Montgomery, Eric ; Noushmehr, Houtan ; Osunkoya, Adeboye ; Owonikoko, Taofeek ; Paklina, Oxana ; Potapova, Olga ; Ramalingam, Suresh ; Rathmell, W. Kimryn ; Rieger-Christ, Kimberly ; Saller, Charles ; Setdikova, Galiya ; Shabunin, Alexey ; Sica, Gabriel ; Su, Tao ; Sullivan, Travis ; Swanson, Pat ; Tarvin, Katherine ; Tavobilov, Michael ; Thorne, Leigh B. ; Urbanski, Stefan ; Voronina, Olga ; Wang, Timothy ; Crain, Daniel ; Curley, Erin ; Gardner, Johanna ; Mallery, David ; Morris, Scott ; Paulauskis, Joseph ; Penny, Robert ; Shelton, Candace ; Shelton, Troy ; Janssen, Klaus-Peter ; Bathe, Oliver ; Bahary, Nathan ; Slotta-Huspenina, Julia ; Johns, Amber ; Hibshoosh, Hanina ; Hwang, Rosa F. ; Sepulveda, Antonia ; Radenbaugh, Amie ; Baylin, Stephen B. ; Berrios, Mario ; Bootwalla, Moiz S. ; Holbrook, Andrea ; Lai, Phillip H. ; Maglinte, Dennis T. ; Mahurkar, Swapna ; Triche, Timothy J., Jr. ; Van Den Berg, David J. ; Weisenberger, Daniel J. ; Chin, Lynda ; Kucherlapati, Raju ; Kucherlapati, Melanie ; Pantazi, Angeliki ; Park, Peter ; Voet, Doug ; Lin, Pei ; Frazer, Scott ; Defreitas, Timothy ; Meier, Sam ; Kwon, Sun Young ; Kim, Yong Hoon ; Park, Sang-Jae ; Han, Sung-Sik ; Kim, Seong Hoon ; Kim, Hark ; Furth, Emma ; Tempero, Margaret ; Sander, Chris ; Biankin, Andrew ; Chang, David ; Bailey, Peter ; Gill, Anthony ; Kench, James ; Grimmond, Sean ; Cancer Genome, Initiative ; Postier, Russell ; Zuna, Rosemary ; Sicotte, Hugues ; Demchok, John A. ; Ferguson, Martin L. ; Hutter, Carolyn M. ; Mills Shaw, Kenna R. ; Sheth, Margi ; Sofia, Heidi J. ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zhang, Jiashan ; Felau, Ina ; Zenklusen, Jean C.

We performed integrated genomic, transcriptomic, and proteomic profiling of 150 pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) specimens, including samples with characteristic low neoplastic cellularity. Deep whole-exome sequencing revealed recurrent somatic mutations in KRAS, TP53, CDKN2A, SMAD4, RNF43, ARID1A, TGF?R2, GNAS, RREB1, and PBRM1. KRAS wild-type tumors harbored alterations in other oncogenic drivers, including GNAS, BRAF, CTNNB1, and additional RAS pathway genes. A subset of tumors [...]

Menée initialement sur 117 échantillons tumoraux prélevés sur des patients pédiatriques atteints d'un néphroblastome, puis sur 651 échantillons complémentaires, cette étude identifie un ensemble de gènes affectés par des anomalies génomiques (mutations, nombre de copies, amplification, perte)

A Children's Oncology Group and TARGET initiative exploring the genetic landscape of Wilms tumor

Gadd, Samantha ; Huff, Vicki ; Walz, Amy L. ; Ooms, Ariadne H. A. G. ; Armstrong, Amy E. ; Gerhard, Daniela S. ; Smith, Malcolm A. ; Auvil, Jaime M. Guidry ; Meerzaman, Daoud ; Chen, Qing-Rong ; Hsu, Chih Hao ; Yan, Chunhua ; Nguyen, Cu ; Hu, Ying ; Hermida, Leandro C. ; Davidsen, Tanja ; Gesuwan, Patee ; Ma, Yussanne ; Zong, Zusheng ; Mungall, Andrew J. ; Moore, Richard A. ; Marra, Marco A. ; Dome, Jeffrey S. ; Mullighan, Charles G. ; Ma, Jing ; Wheeler, David A. ; Hampton, Oliver A. ; Ross, Nicole ; Gastier-Foster, Julie M. ; Arold, Stefan T. ; Perlman, Elizabeth J.

We performed genome-wide sequencing and analyzed mRNA and miRNA expression, DNA copy number, and DNA methylation in 117 Wilms tumors, followed by targeted sequencing of 651 Wilms tumors. In addition to genes previously implicated in Wilms tumors (WT1, CTNNB1, AMER1, DROSHA, DGCR8, XPO5, DICER1, SIX1, SIX2, MLLT1, MYCN, and TP53), we identified mutations in genes not previously recognized as recurrently involved in Wilms tumors, the most frequent being BCOR, BCORL1, NONO, MAX, COL6A3, ASXL1, [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, via l'expression de PD-L1, la protéine CMTM6 régule l'immunité antitumorale

CMTM6 maintains the expression of PD-L1 and regulates anti-tumour immunity

Burr, Marian L. ; Sparbier, Christina E. ; Chan, Yih-Chih ; Williamson, James C. ; Woods, Katherine ; Beavis, Paul A. ; Lam, Enid Y. N. ; Henderson, Melissa A. ; Bell, Charles C. ; Stolzenburg, Sabine ; Gilan, Omer ; Bloor, Stuart ; Noori, Tahereh ; Morgens, David W. ; Bassik, Michael C. ; Neeson, Paul J. ; Behren, Andreas ; Darcy, Phillip K. ; Dawson, Sarah-Jane ; Voskoboinik, Ilia ; Trapani, Joseph A. ; Cebon, Jonathan ; Lehner, Paul J. ; Dawson, Mark A.

Cancer cells exploit the expression of the programmed death-1 (PD-1) ligand 1 (PD-L1) to subvert T-cell-mediated immunosurveillance. The success of therapies that disrupt PD-L1-mediated tumour tolerance has highlighted the need to understand the molecular regulation of PD-L1 expression1. Here we identify the uncharacterized protein CMTM6 as a critical regulator of PD-L1 in a broad range of cancer cells, by using a genome-wide CRISPR–Cas9 screen. CMTM6 is a ubiquitously expressed protein that [...]

Menée in vitro, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels les protéines transmembranaires CMTM6 et CMTM4 régulent l'expression de PD-L1

Identification of CMTM6 and CMTM4 as PD-L1 protein regulators

Mezzadra, Riccardo ; Sun, Chong ; Jae, Lucas T. ; Gomez-Eerland, Raquel ; de Vries, Evert ; Wu, Wei ; Logtenberg, Meike E. W. ; Slagter, Maarten ; Rozeman, Elisa A. ; Hofland, Ingrid ; Broeks, Annegien ; Horlings, Hugo M. ; Wessels, Lodewyk F. A. ; Blank, Christian U. ; Xiao, Yanling ; Heck, Albert J. R. ; Borst, Jannie ; Brummelkamp, Thijn R. ; Schumacher, Ton N. M.

The clinical benefit for patients with diverse types of metastatic cancers that has been observed upon blockade of the interaction between PD-1 and PD-L1 has highlighted the importance of this inhibitory axis in the suppression of tumour-specific T-cell responses. Notwithstanding the key role of PD-L1 expression by cells within the tumour micro-environment, our understanding of the regulation of the PD-L1 protein is limited. Here we identify, using a haploid genetic screen, CMTM6, a type-3 [...]

Menée in vitro, cette étude met en évidence un mécanisme en deux étapes par lesquelles des mutations dans la séquence promotrice du gène de la télomérase favorisent la tumorigenèse

Mutations in the promoter of the telomerase gene TERT contribute to tumorigenesis by a two-step mechanism

Chiba, Kunitoshi ; Lorbeer, Franziska K. ; Shain, A. Hunter ; McSwiggen, David T. ; Schruf, Eva ; Oh, Areum ; Ryu, Jekwan ; Darzacq, Xavier ; Bastian, Boris C. ; Hockemeyer, Dirk

TERT promoter mutations (TPMs) are the most common non-coding mutations in cancer. The timing and consequences of TPMs have not been fully established. Here we show that TPMs acquired at the transition from benign nevus to malignant melanoma do not support telomere maintenance. In vitro experiments revealed that TPMs do not prevent telomere attrition, resulting in cells with critically short and unprotected telomeres. Immortalization by TPMs requires a gradual upregulation of telomerase, [...]

Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels des mutations inactivant le gène BRAF favorisent le développement d'un adénocarcinome du poumon

A Braf kinase-inactive mutant induces lung adenocarcinoma

Nieto, Patricia ; Ambrogio, Chiara ; Esteban-Burgos, Laura ; Gómez-López, Gonzalo ; Blasco, María Teresa ; Yao, Zhan ; Marais, Richard ; Rosen, Neal ; Chiarle, Roberto ; Pisano, David G. ; Barbacid, Mariano ; Santamaria, David

The initiating oncogenic event in almost half of human lung adenocarcinomas is still unknown, a fact that complicates the development of selective targeted therapies. Yet these tumours harbour a number of alterations without obvious oncogenic function including BRAF-inactivating mutations. Inactivating BRAF mutants in lung predominate over the activating V600E mutant that is frequently observed in other tumour types. Here we demonstrate that the expression of an endogenous Braf(D631A) [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires et d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un cancer de la prostate, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en présence d'une fusion des gènes TMPRSS2 et ERG, la surexpression de la protéine ERG induit, via des facteurs de transcription, une activation de la signalisation NOTCH

TMPRSS2-ERG fusion co-opts master transcription factors and activates NOTCH signaling in primary prostate cancer

Kron, Ken J. ; Murison, Alexander ; Zhou, Stanley ; Huang, Vincent ; Yamaguchi, Takafumi N. ; Shiah, Yu-Jia ; Fraser, Michael ; van der Kwast, Theodorus ; Boutros, Paul C. ; Bristow, Robert G. ; Lupien, Mathieu

TMPRSS2-ERG (T2E) structural rearrangements typify [sim]50% of prostate tumors and result in overexpression of the ERG transcription factor. Using chromatin, genomic and expression data, we show distinct cis-regulatory landscapes between T2E-positive and non-T2E primary prostate tumors, which include clusters of regulatory elements (COREs). This difference is mediated by ERG co-option of HOXB13 and FOXA1, implementing a T2E-specific transcriptional profile. We also report a T2E-specific CORE on [...]

A partir d'échantillons de tissu tumoral et de tissu sain prélevés sur 275 patients atteints d'un cancer colorectal, cette étude met en évidence le rôle joué par une surexpression de la protéine MYC dans la reprogrammation métabolique des cellules cancéreuses au stade de la formation d'un adénome

Global metabolic reprogramming of colorectal cancer occurs at adenoma stage and is induced by MYC

Satoh, Kiyotoshi ; Yachida, Shinichi ; Sugimoto, Masahiro ; Oshima, Minoru ; Nakagawa, Toshitaka ; Akamoto, Shintaro ; Tabata, Sho ; Saitoh, Kaori ; Kato, Keiko ; Sato, Saya ; Igarashi, Kaori ; Aizawa, Yumi ; Kajino-Sakamoto, Rie ; Kojima, Yasushi ; Fujishita, Teruaki ; Enomoto, Ayame ; Hirayama, Akiyoshi ; Ishikawa, Takamasa ; Taketo, Makoto Mark ; Kushida, Yoshio ; Haba, Reiji ; Okano, Keiichi ; Tomita, Masaru ; Suzuki, Yasuyuki ; Fukuda, Shinji ; Aoki, Masahiro ; Soga, Tomoyoshi

Cancer cells alter their metabolism for the production of precursors of macromolecules. However, the control mechanisms underlying this reprogramming are poorly understood. Here we show that metabolic reprogramming of colorectal cancer is caused chiefly by aberrant MYC expression. Multiomics-based analyses of paired normal and tumor tissues from 275 patients with colorectal cancer revealed that metabolic alterations occur at the adenoma stage of carcinogenesis, in a manner not associated with [...]

Cet article passe en revue les travaux récents sur le rôle joué par les lymphocytes NK dans le contrôle du processus métastatique

Control of Metastasis by NK Cells

López-Soto, Alejandro ; Gonzalez, Segundo ; Smyth, Mark J. ; Galluzzi, Lorenzo

The metastatic spread of malignant cells to distant anatomical locations is a prominent cause of cancer-related death. Metastasis is governed by cancer-cell-intrinsic mechanisms that enable neoplastic cells to invade the local microenvironment, reach the circulation, and colonize distant sites, including the so-called epithelial-to-mesenchymal transition. Moreover, metastasis is regulated by microenvironmental and systemic processes, such as immunosurveillance. Here, we outline the [...]

Menée à l'aide d'échantillons de sang périphérique ou de moelle osseuse prélevés au diagnostic et à la première récidive sur des patients adultes atteints d'une leucémie aiguë lymphoblastique à précurseurs B, cette étude met notamment en évidence une augmentation significative des anomalies du nombre de copies de gènes entre le diagnostic et la récidive

Copy number profiling of adult relapsed B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia reveals potential leukemia progression mechanisms

Ribera, Jordi ; Zamora, Lurdes ; Morgades, Mireia ; Mallo, Mar ; Solanes, Neus ; Batlle, Montserrat ; Vives, Susana ; Granada, Isabel ; Juncà, Jordi ; Malinverni, Roberto ; Genescà, Eulàlia ; Guàrdia, Ramon ; Mercadal, Santiago ; Escoda, Lourdes ; Martínez-López, Joaquin ; Tormo, Mar ; Esteve, Jordi ; Pratcorona, Marta ; Martinez-Losada, Carmen ; Sole, Francesc ; Feliu, Evarist ; Ribera, Josep Maria ; for the Spanish, Pethema Group ; the Spanish Society of, Hematology

The outcome of relapsed adult acute lymphoblastic leukemia (ALL) remains dismal despite new therapeutic approaches. Previous studies analyzing relapse samples have shown a high degree of heterogeneity regarding gene alterations without an evident relapse signature. Bone marrow or peripheral blood samples from 31 adult B-cell precursor ALL patients at first relapse, and 21 paired diagnostic samples were analyzed by multiplex ligation probe-dependent amplification (MLPA). Nineteen paired [...]

Menée in vitro et in vivo sur des modèles d'adénocarcinome canalaire du pancréas, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels un facteur de transcription pionnier (FOXA1) favorise le processus métastatique

Enhancer Reprogramming Promotes Pancreatic Cancer Metastasis

Roe, Jae-Seok ; Hwang, Chang-Il ; Somerville, Tim D. D. ; Milazzo, Joseph P. ; Lee, Eun Jung ; Da Silva, Brandon ; Maiorino, Laura ; Tiriac, Herve ; Young, C. Megan ; Miyabayashi, Koji ; Filippini, Dea ; Creighton, Brianna ; Burkhart, Richard A. ; Buscaglia, Jonathan M. ; Kim, Edward J. ; Grem, Jean L. ; Lazenby, Audrey J. ; Grunkemeyer, James A. ; Hollingsworth, Michael A. ; Grandgenett, Paul M. ; Egeblad, Mikala ; Park, Youngkyu ; Tuveson, David A. ; Vakoc, Christopher R.

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) is one of the most lethal human malignancies, owing in part to its propensity for metastasis. Here, we used an organoid culture system to investigate how transcription and the enhancer landscape become altered during discrete stages of disease progression in a PDA mouse model. This approach revealed that the metastatic transition is accompanied by massive and recurrent alterations in enhancer activity. We implicate the pioneer factor FOXA1 as a driver of [...]

Cet article passe en revue les travaux récents sur les processus liés à une transition épithélio-mésenchymateuse dans les sarcomes

Epithelial-to-Mesenchymal and Mesenchymal-to-Epithelial Transition in Mesenchymal Tumors: A Paradox in Sarcomas?

Sannino, Giuseppina ; Marchetto, Aruna ; Kirchner, Thomas ; Grünewald, Thomas G. P.

The epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) is a reversible process comprised of various subprograms via which epithelial cells reduce their intercellular adhesions and proliferative capacity while gaining a mesenchymal phenotype with increased migratory and invasive properties. This process has been well described in several carcinomas, which are cancers of epithelial origin, and is crucial to metastatic tumor cell dissemination and drug resistance. In contrast, the precise role of [...]

Menée in vitro et in vivo sur des modèles de cancer du sein triplement négatif, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en stimulant notamment l'oxydation des acides gras, la protéine CDCP1 favorise le processus métastatique

CDCP1 drives triple-negative breast cancer metastasis through reduction of lipid-droplet abundance and stimulation of fatty acid oxidation

Wright, Heather J. ; Hou, Jue ; Xu, Binzhi ; Cortez, Marvin ; Potma, Eric O. ; Tromberg, Bruce J. ; Razorenova, Olga V.

Triple-negative breast cancer (TNBC) is notoriously aggressive with high metastatic potential, which has recently been linked to high rates of fatty acid oxidation (FAO). Here we report the mechanism of lipid metabolism dysregulation in TNBC through the prometastatic protein, CUB-domain containing protein 1 (CDCP1). We show that a “low-lipid” phenotype is characteristic of breast cancer cells compared with normal breast epithelial cells and negatively correlates with invasiveness in 3D culture. [...]

A partir de données de séquençage de l'ARN et de données cliniques portant sur plus de 8 000 patients atteints d'un cancer, cette étude élabore une base de données en libre accès pemettant d'analyser l'influence de l'expression de gènes spécifiques sur la survie des patients dans 17 types de cancer

A pathology atlas of the human cancer transcriptome

Uhlén, Mathias ; Zhang, Cheng ; Lee, Sunjae ; Sjöstedt, Evelina ; Fagerberg, Linn ; Bidkhori, Gholamreza ; Benfeitas, Rui ; Arif, Muhammad ; Liu, Zhengtao ; Edfors, Fredrik ; Sanli, Kemal ; von Feilitzen, Kalle ; Oksvold, Per ; Lundberg, Emma ; Hober, Sophia ; Nilsson, Peter ; Mattsson, Johanna ; Schwenk, Jochen M. ; Brunnström, Hans ; Glimelius, Bengt ; Sjöblom, Tobias ; Edqvist, Per-Henrik ; Djureinovic, Dijana ; Micke, Patrick ; Lindskog, Cecilia ; Mardinoglu, Adil ; Pontén, Fredrik

Recent initiatives such as The Cancer Genome Atlas have mapped the genome-wide effect of individual genes on tumor growth. By unraveling genomic alterations in tumors, molecular subtypes of cancers have been identified, which is improving patient diagnostics and treatment. Uhlen et al. developed a computer-based modeling approach to examine different cancer types in nearly 8000 patients. They provide an open-access resource for exploring how the expression of specific genes influences patient [...]