Nota Bene Cancer
Nota Bene Cancer est un bulletin hebdomadaire de veille bibliographique. En libre accès, Nota Bene Cancer permet à ses abonnés de gagner du temps pour se tenir informé de l’actualité scientifique et médicale dans les divers domaines de la recherche sur les cancers.
Rechercher des publications
Pour retrouver les publications signalées par Nota Bene Cancer (archives indexées à partir du n°127 du 1" mars 2012) :
Sommaire du n° 439 du 14 février 2020
Oncogènes et suppresseurs de tumeurs (3)
Cet article analyse le rôle du vieillissement dans le développement des cancers
Cancer as a disease of old age: changing mutational and microenvironmental landscapes
Cet article analyse le rôle du vieillissement dans le développement des cancers
Cancer as a disease of old age: changing mutational and microenvironmental landscapes
Laconi, Ezio ; Marongiu, Fabio ; DeGregori, James
Why do we get cancer mostly when we are old? According to current paradigms, the answer is simple: mutations accumulate in our tissues throughout life, and some of these mutations contribute to cancers. Although mutations are necessary for cancer development, a number of studies shed light on roles for ageing and exposure-dependent changes in tissue landscapes that determine the impact of oncogenic mutations on cellular fitness, placing carcinogenesis into an evolutionary framework. Natural [...]
Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence le rôle du catabolisme des acides aminés à chaîne ramifiée, induit par la transaminase BCAT2, dans le développement d'un adénocarcinome canalaire du pancréas
BCAT2-mediated BCAA catabolism is critical for development of pancreatic ductal adenocarcinoma
Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence le rôle du catabolisme des acides aminés à chaîne ramifiée, induit par la transaminase BCAT2, dans le développement d'un adénocarcinome canalaire du pancréas
BCAT2-mediated BCAA catabolism is critical for development of pancreatic ductal adenocarcinoma
Li, Jin-Tao ; Yin, Miao ; Wang, Di ; Wang, Jian ; Lei, Ming-Zhu ; Zhang, Ye ; Liu, Ying ; Zhang, Lei ; Zou, Shao-Wu ; Hu, Li-Peng ; Zhang, Zhi-Gang ; Wang, Yi-Ping ; Wen, Wen-Yu ; Lu, Hao-Jie ; Chen, Zheng-Jun ; Su, Dan ; Lei, Qun-Ying
Branched-chain amino acid (BCAA) metabolism is potentially linked with development of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC)1-4. BCAA transaminase 2 (BCAT2) was essential for the collateral lethality conferred by deletion of malic enzymes in PDAC and the BCAA–BCAT metabolic pathway contributed to non-small-cell lung carcinomas (NSCLCs) other than PDAC3,4. However, the underlying mechanism remains undefined. Here we reveal that BCAT2 is elevated in mouse models and in human PDAC. Furthermore, [...]
Menée à partir des données des projets "Genotype-Tissue Expression" et "The Cancer Genome Atlas", cette étude met en évidence le rôle de la polyadénylation alternative dans le développement d'un adénocarcinome canalaire du pancréas
Alternative polyadenylation drives oncogenic gene expression in pancreatic ductal adenocarcinoma
Menée à partir des données des projets "Genotype-Tissue Expression" et "The Cancer Genome Atlas", cette étude met en évidence le rôle de la polyadénylation alternative dans le développement d'un adénocarcinome canalaire du pancréas
Alternative polyadenylation drives oncogenic gene expression in pancreatic ductal adenocarcinoma
Venkat, Swati ; Tisdale, Arwen A. ; Schwarz, Johann R. ; Alahmari, Abdulrahman A. ; Maurer, H. Carlo ; Olive, Kenneth P. ; Eng, Kevin H. ; Feigin, Michael E.
Alternative polyadenylation (APA) is a gene regulatory process that dictates mRNA 3'-UTR length, resulting in changes in mRNA stability and localization. APA is frequently disrupted in cancer and promotes tumorigenesis through altered expression of oncogenes and tumor suppressors. Pan-cancer analyses have revealed common APA events across the tumor landscape; however, little is known about tumor type-specific alterations that may uncover novel events and vulnerabilities. Here we integrate [...]
Progression et métastases (2)
Menée à partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 239 patients atteints d'un cancer de la prostate de stade localisé et traités par prostatectomie radicale, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel des promoteurs alternatifs contrôlent le catabolisme des androgènes dépendants de l'UDP-Glucuronosyltransférase 2B17 et démontre l'influence de ce catabolisme sur la progression tumorale
Alternative promoters control UGT2B17-dependent androgen catabolism in prostate cancer and its influence on progression
Menée à partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 239 patients atteints d'un cancer de la prostate de stade localisé et traités par prostatectomie radicale, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel des promoteurs alternatifs contrôlent le catabolisme des androgènes dépendants de l'UDP-Glucuronosyltransférase 2B17 et démontre l'influence de ce catabolisme sur la progression tumorale
Alternative promoters control UGT2B17-dependent androgen catabolism in prostate cancer and its influence on progression
Levesque, Eric ; Labriet, Adrien ; Hovington, Helène ; Allain, Éric P. ; Melo-Garcia, Luciana ; Rouleau, Michèle ; Brisson, Hervé ; Turcotte, Véronique ; Caron, Patrick ; Villeneuve, Lyne ; Leclercq, Mickaël ; Droit, Arnaud ; Audet-Walsh, Etienne ; Simonyan, David ; Fradet, Yves ; Lacombe, Louis ; Guillemette, Chantal
Background : Perturbation of the major UGT2B17-dependent androgen catabolism pathway has the potential to affect prostate cancer (PCa) progression. The objective was to evaluate UGT2B17 protein expression in primary tumours in relation to hormone levels, disease characteristics and cancer evolution. Methods : We conducted an analysis of a high-density prostate tumour tissue microarray consisting of 239 localised PCa cases treated by radical prostatectomy (RP). Cox proportional hazard ratio [...]
Menée à partir de cellules tumorales circulantes issues de patientes atteintes d'un cancer du sein et menée à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la dérégulation de l'expression et de la traduction des protéines ribosomales favorise le développement de métastases
Deregulation of ribosomal protein expression and translation promotes breast cancer metastasis
Menée à partir de cellules tumorales circulantes issues de patientes atteintes d'un cancer du sein et menée à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la dérégulation de l'expression et de la traduction des protéines ribosomales favorise le développement de métastases
Deregulation of ribosomal protein expression and translation promotes breast cancer metastasis
Ebright, Richard Y. ; Lee, Sooncheol ; Wittner, Ben S. ; Niederhoffer, Kira L. ; Nicholson, Benjamin T. ; Bardia, Aditya ; Truesdell, Samuel ; Wiley, Devon F. ; Wesley, Benjamin ; Li, Selena ; Mai, Andy ; Aceto, Nicola ; Vincent-Jordan, Nicole ; Szabolcs, Annamaria ; Chirn, Brian ; Kreuzer, Johannes ; Comaills, Valentine ; Kalinich, Mark ; Haas, Wilhelm ; Ting, David T. ; Toner, Mehmet ; Vasudevan, Shobha ; Haber, Daniel A. ; Maheswaran, Shyamala ; Micalizzi, Douglas S.
Circulating tumor cells (CTCs) are shed into the bloodstream from primary tumors, but only a small subset generates metastases. We conducted an in vivo genome-wide CRISPR activation screen in breast cancer patient-derived CTCs to identify genes that promote their distant metastasis in mice. Genes coding for ribosomal proteins and regulators of translation were enriched in this screen. Overexpression of RPL15, which encodes a component of the large ribosomal subunit, increased metastatic growth [...]
Ressources et infrastructures (Biologie) (5)
Ce dossier présente un ensemble d'articles analysant les caractéristiques mutationnelles des tumeurs
The repertoire of mutational signatures in human cancer
Ce dossier présente un ensemble d'articles analysant les caractéristiques mutationnelles des tumeurs
The repertoire of mutational signatures in human cancer
Alexandrov, Ludmil B. ; Kim, Jaegil ; Haradhvala, Nicholas J. ; Huang, Mi Ni ; Tian Ng, Alvin Wei ; Wu, Yang ; Boot, Arnoud ; Covington, Kyle R. ; Gordenin, Dmitry A. ; Bergstrom, Erik N. ; Islam, S. M. Ashiqul ; Lopez-Bigas, Nuria ; Klimczak, Leszek J. ; McPherson, John R. ; Morganella, Sandro ; Sabarinathan, Radhakrishnan ; Wheeler, David A. ; Mustonen, Ville ; Boutros, Paul ; Chan, Kin ; Fujimoto, Akihiro ; Getz, Gad ; Kazanov, Marat ; Lawrence, Michael ; Martincorena, Inigo ; Nakagawa, Hidewaki ; Polak, Paz ; Prokopec, Stephenie ; Roberts, Steven A. ; Rozen, Steven G. ; Saini, Natalie ; Shibata, Tatsuhiro ; Shiraishi, Yuichi ; Stratton, Michael R. ; Teh, Bin Tean ; Vázquez-García, Ignacio ; Yousif, Fouad ; Yu, Willie ; Pcawg Mutational Signatures Working Group ; Pcawg Consortium
Somatic mutations in cancer genomes are caused by multiple mutational processes, each of which generates a characteristic mutational signature1. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium2 of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), we characterized mutational signatures using 84,729,690 somatic mutations from 4,645 whole-genome and 19,184 exome sequences that encompass most types of cancer. We identified [...]
Pan-cancer analysis of whole genomes
Ce dossier présente un ensemble d'articles analysant les caractéristiques mutationnelles des tumeurs
Pan-cancer analysis of whole genomes
The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium
Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale1,2,3. Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG [...]
Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing
Ce dossier présente un ensemble d'articles analysant les caractéristiques mutationnelles des tumeurs
Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing
Cortés-Ciriano, Isidro ; Lee, Jake June-Koo ; Xi, Ruibin ; Jain, Dhawal ; Jung, Youngsook L. ; Yang, Lixing ; Gordenin, Dmitry ; Klimczak, Leszek J. ; Zhang, Cheng-Zhong ; Pellman, David S. ; Akdemir, Kadir C. ; Alvarez, Eva G. ; Baez-Ortega, Adrian ; Beroukhim, Rameen ; Boutros, Paul C. ; Bowtell, David D. L. ; Brors, Benedikt ; Burns, Kathleen H. ; Campbell, Peter J. ; Chan, Kin ; Chen, Ken ; Dueso-Barroso, Ana ; Dunford, Andrew J. ; Edwards, Paul A. ; Estivill, Xavier ; Etemadmoghadam, Dariush ; Feuerbach, Lars ; Fink, J. Lynn ; Frenkel-Morgenstern, Milana ; Garsed, Dale W. ; Gerstein, Mark ; Gordenin, Dmitry A. ; Haan, David ; Haber, James E. ; Hess, Julian M. ; Hutter, Barbara ; Imielinski, Marcin ; Jones, David T. W. ; Ju, Young Seok ; Kazanov, Marat D. ; Koh, Youngil ; Korbel, Jan O. ; Kumar, Kiran ; Lee, Eunjung Alice ; Li, Yilong ; Lynch, Andy G. ; Macintyre, Geoff ; Markowetz, Florian ; Martincorena, Inigo ; Martinez-Fundichely, Alexander ; Miyano, Satoru ; Nakagawa, Hidewaki ; Navarro, Fabio C. P. ; Ossowski, Stephan ; Park, Peter J. ; Pearson, John V. ; Puiggros, Montserrat ; Rippe, Karsten ; Roberts, Nicola D. ; Roberts, Steven A. ; Rodriguez-Martin, Bernardo ; Schumacher, Steven E. ; Scully, Ralph ; Shackleton, Mark ; Sidiropoulos, Nikos ; Sieverling, Lina ; Stewart, Chip ; Torrents, David ; Tubio, Jose M. C. ; Villasante, Izar ; Waddell, Nicola ; Wala, Jeremiah A. ; Weischenfeldt, Joachim ; Yao, Xiaotong ; Yoon, Sung-Soo ; Zamora, Jorge ; Pcawg Structural Variation Working Group ; Pcawg Consortium
Chromothripsis is a mutational phenomenon characterized by massive, clustered genomic rearrangements that occurs in cancer and other diseases. Recent studies in selected cancer types have suggested that chromothripsis may be more common than initially inferred from low-resolution copy-number data. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), we analyze patterns of [...]
Identification of cancer driver genes based on nucleotide context
Ce dossier présente un ensemble d'articles analysant les caractéristiques mutationnelles des tumeurs
Identification of cancer driver genes based on nucleotide context
Dietlein, Felix ; Weghorn, Donate ; Taylor-Weiner, Amaro ; Richters, André ; Reardon, Brendan ; Liu, David ; Lander, Eric S. ; Van Allen, Eliezer M. ; Sunyaev, Shamil R.
Cancer genomes contain large numbers of somatic mutations but few of these mutations drive tumor development. Current approaches either identify driver genes on the basis of mutational recurrence or approximate the functional consequences of nonsynonymous mutations by using bioinformatic scores. Passenger mutations are enriched in characteristic nucleotide contexts, whereas driver mutations occur in functional positions, which are not necessarily surrounded by a particular nucleotide context. [...]
Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes
Ce dossier présente un ensemble d'articles analysant les caractéristiques mutationnelles des tumeurs
Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes
Esther Rheinbay, Morten Muhlig Nielsen,
The discovery of drivers of cancer has traditionally focused on protein-coding genes1,2,3,4. Here we present analyses of driver point mutations and structural variants in non-coding regions across 2,658 genomes from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium5 of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). For point mutations, we developed a statistically rigorous strategy for combining significance levels from multiple methods of driver [...]
The evolutionary history of 2,658 cancers
Ce dossier présente un ensemble d'articles analysant les caractéristiques mutationnelles des tumeurs
The evolutionary history of 2,658 cancers
Gerstung, Moritz ; Jolly, Clemency ; Leshchiner, Ignaty ; Dentro, Stefan C. ; Gonzalez, Santiago ; Rosebrock, Daniel ; Mitchell, Thomas J. ; Rubanova, Yulia ; Anur, Pavana ; Yu, Kaixian ; Tarabichi, Maxime ; Deshwar, Amit ; Wintersinger, Jeff ; Kleinheinz, Kortine ; Vázquez-García, Ignacio ; Haase, Kerstin ; Jerman, Lara ; Sengupta, Subhajit ; Macintyre, Geoff ; Malikic, Salem ; Donmez, Nilgun ; Livitz, Dimitri G. ; Cmero, Marek ; Demeulemeester, Jonas ; Schumacher, Steven ; Fan, Yu ; Yao, Xiaotong ; Lee, Juhee ; Schlesner, Matthias ; Boutros, Paul C. ; Bowtell, David D. ; Zhu, Hongtu ; Getz, Gad ; Imielinski, Marcin ; Beroukhim, Rameen ; Sahinalp, S. Cenk ; Ji, Yuan ; Peifer, Martin ; Markowetz, Florian ; Mustonen, Ville ; Yuan, Ke ; Wang, Wenyi ; Morris, Quaid D. ; Deshwar, Amit G. ; Adams, David J. ; Campbell, Peter J. ; Cao, Shaolong ; Christie, Elizabeth L. ; Cun, Yupeng ; Dawson, Kevin J. ; Drews, Ruben M. ; Eils, Roland ; Fittall, Matthew ; Garsed, Dale W. ; Ha, Gavin ; Lee-Six, Henry ; Martincorena, Inigo ; Oesper, Layla ; Peto, Myron ; Raphael, Benjamin J. ; Salcedo, Adriana ; Shi, Ruian ; Shin, Seung Jun ; Spiro, Oliver ; Stein, Lincoln D. ; Vembu, Shankar ; Wheeler, David A. ; Yang, Tsun-Po ; Spellman, Paul T. ; Wedge, David C. ; Van Loo, Peter ; Pcawg Evolution ; Heterogeneity Working, Group ; Pcawg Consortium
Cancer develops through a process of somatic evolution1,2. Sequencing data from a single biopsy represent a snapshot of this process that can reveal the timing of specific genomic aberrations and the changing influence of mutational processes3. Here, by whole-genome sequencing analysis of 2,658 cancers as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA)4, we reconstruct the life history [...]
Menée auprès de 188 patients atteints d'un cancer, cette étude met en évidence l'effet de l'obésité sur la consommation de glucose par les tumeurs mammaires et les tumeurs pulmonaires
The Impact of Obesity on Tumor Glucose Uptake in Breast and Lung Cancer
Menée auprès de 188 patients atteints d'un cancer, cette étude met en évidence l'effet de l'obésité sur la consommation de glucose par les tumeurs mammaires et les tumeurs pulmonaires
The Impact of Obesity on Tumor Glucose Uptake in Breast and Lung Cancer
Leitner, Brooks P. ; Perry, Rachel J.
Obesity confers an increased incidence and poorer clinical prognosis in over ten cancer types. Paradoxically, obesity provides protection from poor outcomes in lung cancer. Mechanisms for the obesity-cancer links are not fully elucidated, with altered glucose metabolism being a promising candidate. Using 18F-Fluorodeoxyglucose positron-emission-tomography/computed-tomography images from The Cancer Imaging Archive, we explored the relationship between body mass index (BMI) and glucose metabolism [...]
Cet article passe en revue les études sur les caractéristiques biologiques des cancers d'origine primitive inconnue
Exploring the biological hallmarks of cancer of unknown primary: where do we stand today?
Cet article passe en revue les études sur les caractéristiques biologiques des cancers d'origine primitive inconnue
Exploring the biological hallmarks of cancer of unknown primary: where do we stand today?
Rassy, Elie ; Assi, Tarek ; Pavlidis, Nicholas
Cancer of unknown primary (CUP) affects a small percentage of the general population. Nonetheless, a substantial number of these patients have a poor prognosis and consequently succumb to their illness within a year of diagnosis. The natural history of CUP is characterised by early metastasis from the unknown primary site, aggressive course and resistance to conventional chemotherapy. Unfortunately, the processes by which this orphan disease originates and progresses have not been fully [...]
Menée à partir de données de séquençage portant sur 2 658 tumeurs de 38 types différents, cette étude analyse les caractéristiques moléculaires de génomes mitochondriaux
Comprehensive molecular characterization of mitochondrial genomes in human cancers
Menée à partir de données de séquençage portant sur 2 658 tumeurs de 38 types différents, cette étude analyse les caractéristiques moléculaires de génomes mitochondriaux
Comprehensive molecular characterization of mitochondrial genomes in human cancers
Yuan, Yuan ; Ju, Young Seok ; Kim, Youngwook ; Li, Jun ; Wang, Yumeng ; Yoon, Christopher J. ; Yang, Yang ; Martincorena, Inigo ; Creighton, Chad J. ; Weinstein, John N. ; Xu, Yanxun ; Han, Leng ; Kim, Hyung-Lae ; Nakagawa, Hidewaki ; Park, Keunchil ; Campbell, Peter J. ; Liang, Han ; Pcawg Consortium
Mitochondria are essential cellular organelles that play critical roles in cancer. Here, as part of the International Cancer Genome Consortium/The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, which aggregated whole-genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types, we performed a multidimensional, integrated characterization of mitochondrial genomes and related RNA sequencing data. Our analysis presents the most definitive mutational landscape of [...]
Cet article présente le développement du "Angiosarcoma Project", une approche collaborative permettant aux patients américains et canadiens atteints d'un angiosarcome de partager à distance leurs informations cliniques et biologiques pour la recherche
The Angiosarcoma Project: enabling genomic and clinical discoveries in a rare cancer through patient-partnered research
Cet article présente le développement du "Angiosarcoma Project", une approche collaborative permettant aux patients américains et canadiens atteints d'un angiosarcome de partager à distance leurs informations cliniques et biologiques pour la recherche
The Angiosarcoma Project: enabling genomic and clinical discoveries in a rare cancer through patient-partnered research
Painter, Corrie A. ; Jain, Esha ; Tomson, Brett N. ; Dunphy, Michael ; Stoddard, Rachel E. ; Thomas, Beena S. ; Damon, Alyssa L. ; Shah, Shahrayz ; Kim, Dewey ; Gómez Tejeda Zañudo, Jorge ; Hornick, Jason L. ; Chen, Yen-Lin ; Merriam, Priscilla ; Raut, Chandrajit P. ; Demetri, George D. ; Van Tine, Brian A. ; Lander, Eric S. ; Golub, Todd R. ; Wagle, Nikhil
Despite rare cancers accounting for 25% of adult tumors1, they are difficult to study due to the low disease incidence and geographically dispersed patient populations, which has resulted in significant unmet clinical needs for patients with rare cancers. We assessed whether a patient-partnered research approach using online engagement can overcome these challenges, focusing on angiosarcoma, a sarcoma with an annual incidence of 300 cases in the United States. Here we describe the development [...]