Nota Bene Cancer
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Sommaire du n° 317 du 16 septembre 2016
Biologie
Aberrations chromosomiques (1)
Validée sur des données génomiques obtenues à l'aide d'une technique de séquençage à haut débit sur 30 échantillons tumoraux de patients atteints d'un cancer de l'estomac de type diffus, cette étude présente une méthode (ParsSNP) pour identifier des mutations de gènes impliqués dans le développement de la maladie
Unsupervised detection of cancer driver mutations with parsimony-guided learning
Validée sur des données génomiques obtenues à l'aide d'une technique de séquençage à haut débit sur 30 échantillons tumoraux de patients atteints d'un cancer de l'estomac de type diffus, cette étude présente une méthode (ParsSNP) pour identifier des mutations de gènes impliqués dans le développement de la maladie
Unsupervised detection of cancer driver mutations with parsimony-guided learning
Kumar, Runjun D. ; Swamidass, S. Joshua ; Bose, Ron
Methods are needed to reliably prioritize biologically active driver mutations over inactive passengers in high-throughput sequencing cancer data sets. We present ParsSNP, an unsupervised functional impact predictor that is guided by parsimony. ParsSNP uses an expectation-maximization framework to find mutations that explain tumor incidence broadly, without using predefined training labels that can introduce biases. We compare ParsSNP to five existing tools (CanDrA, CHASM, FATHMM Cancer, [...]
Oncogènes et suppresseurs de tumeurs (2)
Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en se liant avec la protéine p53, la protéine SET inhibe sa fonction de suppresseur de tumeurs
Cancer: Acidic shield puts a chink in p53's armour
Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en se liant avec la protéine p53, la protéine SET inhibe sa fonction de suppresseur de tumeurs
Cancer: Acidic shield puts a chink in p53's armour
Barton, Michelle C.
Underactivity of the transcription factor p53 can lead to tumour development. The discovery that the SET protein binds to and inhibits p53 points to a way to unleash the tumour suppressor's activity.
Acetylation-regulated interaction between p53 and SET reveals a widespread regulatory mode
Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en se liant avec la protéine p53, la protéine SET inhibe sa fonction de suppresseur de tumeurs
Acetylation-regulated interaction between p53 and SET reveals a widespread regulatory mode
Wang, Donglai ; Kon, Ning ; Lasso, Gorka ; Jiang, Le ; Leng, Wenchuan ; Zhu, Wei-Guo ; Qin, Jun ; Honig, Barry ; Gu, Wei
Although lysine acetylation is now recognized as a general protein modification for both histones and non-histone proteins, the mechanisms of acetylation-mediated actions are not completely understood. Acetylation of the C-terminal domain (CTD) of p53 (also known as TP53) was an early example of non-histone protein acetylation and its precise role remains unclear. Lysine acetylation often creates binding sites for bromodomain-containing ‘reader’ proteins. Here we use a proteomic screen to [...]
Menée à l'aide de xénogreffes de cancer du sein, cette étude met en évidence le rôle joué par une surexpression de la protéine NAF-1 dans la tolérance des cellules cancéreuses à un stress oxydant
Breast cancer tumorigenicity is dependent on high expression levels of NAF-1 and the lability of its Fe-S clusters
Menée à l'aide de xénogreffes de cancer du sein, cette étude met en évidence le rôle joué par une surexpression de la protéine NAF-1 dans la tolérance des cellules cancéreuses à un stress oxydant
Breast cancer tumorigenicity is dependent on high expression levels of NAF-1 and the lability of its Fe-S clusters
Darash-Yahana, Merav ; Pozniak, Yair ; Lu, Mingyang ; Sohn, Yang-Sung ; Karmi, Ola ; Tamir, Sagi ; Bai, Fang ; Song, Luhua ; Jennings, Patricia A. ; Pikarsky, Eli ; Geiger, Tamar ; Onuchic, José N. ; Mittler, Ron ; Nechushtai, Rachel
Iron–sulfur (Fe-S) proteins are thought to play an important role in cancer cells mediating redox reactions, DNA replication, and telomere maintenance. Nutrient-deprivation autophagy factor-1 (NAF-1) is a 2Fe-2S protein associated with the progression of multiple cancer types. It is unique among Fe-S proteins because of its 3Cys-1His cluster coordination structure that allows it to be relatively stable, as well as to transfer its clusters to apo-acceptor proteins. Here, we report that [...]
