Menée à l'aide de modèles murins et d'échantillons fécaux d'origine humaine, cette étude met en évidence le rôle du microbiote intestinal dans la carcinogenèse liée aux substances chimiques

Gut microbiota carcinogen metabolism causes distal tissue tumours

Roje, Blanka ; Zhang, Boyao ; Mastrorilli, Eleonora ; Kovačić, Ana ; Sušak, Lana ; Ljubenkov, Ivica ; Ćosić, Elena ; Vilović, Katarina ; Meštrović, Antonio ; Vukovac, Emilija Lozo ; Bučević-Popović, Viljemka ; Puljiz, Željko ; Karaman, Ivana ; Terzić, Janoš ; Zimmermann, Michael

Exposure to environmental pollutants and human microbiome composition are important predisposition factors for tumour development1,2. Similar to drug molecules, pollutants are typically metabolized in the body, which can change their carcinogenic potential and affect tissue distribution through altered toxicokinetics3. Although recent studies demonstrated that human-associated microorganisms can chemically convert a wide range of xenobiotics and influence the profile and tissue exposure of [...]

Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel un sous-type de lymphocytes TH17 favorise la tumorigenèse et démontre que ce type de cellules peut être inhibé par le facteur de croissance TGFbêta1

An intestinal TH17 cell-derived subset can initiate cancer

Fesneau, Olivier ; Thevin, Valentin ; Pinet, Valérie ; Goldsmith, Chloe ; Vieille, Baptiste ; M’Homa Soudja, Saïdi ; Lattanzio, Rossano ; Hahne, Michael ; Dardalhon, Valérie ; Hernandez-Vargas, Hector ; Benech, Nicolas ; Marie, Julien C.

Approximately 25% of cancers are preceded by chronic inflammation that occurs at the site of tumor development. However, whether this multifactorial oncogenic process, which commonly occurs in the intestines, can be initiated by a specific immune cell population is unclear. Here, we show that an intestinal T cell subset, derived from interleukin-17 (IL-17)-producing helper T (TH17) cells, induces the spontaneous transformation of the intestinal epithelium. This subset produces inflammatory [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires et de modèles murins de cancer colorectal, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la bactérie Peptostreptococcus stomatis, via l'activation du récepteur ERBB2 et de la kinase MAPK, favorise la tumorigenèse colique et la résistance des cellules cancéreuses aux inhibiteurs de récepteurs à activité tyrosine kinase

Peptostreptococcus stomatis promotes colonic tumorigenesis and receptor tyrosine kinase inhibitor resistance by activating ERBB2-MAPK

Huang, Pingmei ; Ji, Fenfen ; Cheung, Alvin Ho-Kwan ; Fu, Kaili ; Zhou, Qiming ; Ding, Xiao ; Chen, Danyu ; Lin, Yufeng ; Wang, Luyao ; Jiao, Ying ; Chu, Eagle S. H. ; Kang, Wei ; To, Ka Fai ; Yu, Jun ; Wong, Chi Chun

Peptostreptococcus stomatis (P. stomatis) is enriched in colorectal cancer (CRC), but its causality and translational implications in CRC are unknown. Here, we show that P. stomatis accelerates colonic tumorigenesis in ApcMin/+ and azoxymethane/dextran sodium sulfate (AOM-DSS) models by inducing cell proliferation, suppressing apoptosis, and impairing gut barrier function. P. stomatis adheres to CRC cells through its surface protein fructose-1,6-bisphosphate aldolase (FBA) that binds to the [...]

Menée à l'aide de modèles murins et d'échantillons tumoraux provenant de patients atteints d'un épendymome, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la sérotonylation des histones favorise la tumorigenèse

Histone serotonylation regulates ependymoma tumorigenesis

Chen, Hsiao-Chi ; He, Peihao ; McDonald, Malcolm ; Williamson, Michael R. ; Varadharajan, Srinidhi ; Lozzi, Brittney ; Woo, Junsung ; Choi, Dong-Joo ; Sardar, Debosmita ; Huang-Hobbs, Emmet ; Sun, Hua ; Ippagunta, Siri M. ; Jain, Antrix ; Rao, Ganesh ; Merchant, Thomas E. ; Ellison, David W. ; Noebels, Jeffrey L. ; Bertrand, Kelsey C. ; Mack, Stephen C. ; Deneen, Benjamin

Bidirectional communication between tumours and neurons has emerged as a key facet of the tumour microenvironment that drives malignancy1,2. Another hallmark feature of cancer is epigenomic dysregulation, in which alterations in gene expression influence cell states and interactions with the tumour microenvironment3. Ependymoma (EPN) is a paediatric brain tumour that relies on epigenomic remodelling to engender malignancy4,5; however, how these epigenetic mechanisms intersect with extrinsic [...]

Menée à partir de l'analyse d'échantillons de tissus gastriques par séquençage de l'ARN et immunocoloration puis menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la perte d'expression de la protéine KLHL21 favorise la transformation des cellules métaplasiques en cellules cancéreuses via l'activation de STAT3

KLHL21 suppresses gastric tumourigenesis via maintaining STAT3 signalling equilibrium in stomach homoeostasis

Huang, Xiao-Bo ; Huang, Qiang ; Jiang, Mei-Chen ; Zhong, Qing ; Zheng, Hua-Long ; Wang, Jia-Bin ; Huang, Ze-Ning ; Wang, Hua-Gen ; Liu, Zhi-Yu ; Li, Yi-Fan ; Xu, Kai-Xiang ; Lin, Mi ; Li, Ping ; Huang, Zhi-Hong ; Xie, Jian-Wei ; Lin, Jian-Xian ; Lu, Jun ; Que, Jian-Wen ; Zheng, Chao-Hui ; Chen, Qi-Yue ; Huang, Chang-Ming

Objective Precancerous metaplasia transition to dysplasia poses a risk for subsequent intestinal-type gastric adenocarcinoma. However, the molecular basis underlying the transformation from metaplastic to cancerous cells remains poorly understood. Design : An integrated analysis of genes associated with metaplasia, dysplasia was conducted, verified and characterised in the gastric tissues of patients by single-cell RNA sequencing and immunostaining. Multiple mouse models, including homozygous [...]

Menée in vitro, cette étude met en évidence le rôle de la caspase 2 dans la prolifération et l'auto-renouvellement des cellules des leucémies myéloïdes aiguës avec mutation de la nucléophosmine NPM1

Caspase-2 is essential for proliferation and self-renewal of nucleophosmin-mutated acute myeloid leukemia

Sakthivel, Dharaniya ; Brown-Suedel, Alexandra N. ; Lopez, Karla E. ; Salgar, Suruchi ; Coutinho, Luiza E. ; Keane, Francesca ; Huang, Shixia ; Sherry, Kenneth Mc ; Charendoff, Chloé I. ; Dunne, Kevin P. ; Robichaux, Dexter J. ; Vargas-Hernández, Alexander ; Le, BaoChau ; Shin, Crystal S. ; Carisey, Alexandre F. ; Poreba, Marcin ; Flanagan, Jonathan M. ; Bouchier-Hayes, Lisa

Mutation in nucleophosmin (NPM1) causes relocalization of this normally nucleolar protein to the cytoplasm (NPM1c+). Despite NPM1 mutation being the most common driver mutation in cytogenetically normal adult acute myeloid leukemia (AML), the mechanisms of NPM1c+-induced leukemogenesis remain unclear. Caspase-2 is a proapoptotic protein activated by NPM1 in the nucleolus. Here, we show that caspase-2 is also activated by NPM1c+ in the cytoplasm and DNA damage–induced apoptosis is caspase-2 [...]

Menée à l'aide d'une xénogreffe de cancer de la prostate sur un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la déubiquitinase USP11 favorise la progression tumorale via l'augmentation de l'activité du récepteur androgénique et du proto-oncogène c-Myc

USP11 promotes prostate cancer progression by up-regulating AR and c-Myc activity

Pornour, Majid ; Jeon, Hee-Young ; Ryu, Hyunju ; Khadka, Sudeep ; Xu, Rui ; Chen, Hegang ; Hussain, Arif ; Lam, Hung-Ming ; Zhuang, Zhihao ; Oo, Htoo Zarni ; Gleave, Martin ; Dong, Xuesen ; Wang, Qianben ; Barbieri, Christopher ; Qi, Jianfei

Androgen receptor (AR) and c-Myc are the key transcription factors driving prostate cancer (PCa) progression. In this study, we identified the deubiquitinase USP11 as a key regulator for both AR and c-Myc. Our study revealed mechanisms by which USP11 up-regulates levels and activities of AR and c-Myc. We showed that USP11 plays a tumor-promoting role in aggressive PCa through its effect on AR and c-Myc. Thus, our study suggests that USP11 may be a target for potential PCa therapy. Androgen [...]

Cet article examine les caractéristiques des méthodes d'intelligence artificielle utilisées pour l'analyse des données omiques portant sur des maladies hépatiques dont les carcinomes hépatocellulaires

Artificial intelligence applied to ‘omics data in liver disease: towards a personalised approach for diagnosis, prognosis and treatment

Ghosh, Soumita ; Zhao, Xun ; Alim, Mouaid ; Brudno, Michael ; Bhat, Mamatha

Advancements in omics technologies and artificial intelligence (AI) methodologies are fuelling our progress towards personalised diagnosis, prognosis and treatment strategies in hepatology. This review provides a comprehensive overview of the current landscape of AI methods used for analysis of omics data in liver diseases. We present an overview of the prevalence of different omics levels across various liver diseases, as well as categorise the AI methodology used across the studies. [...]

Cet article présente les réflexions d'un groupe de travail concernant l'optimisation de l'analyse fonctionnelle des variants génétiques constitutionnels associés au risque de cancer

Variation to Biology: Optimizing Functional Analysis of Cancer Risk Variants

Nelson, Stefanie ; Carrick, Danielle ; Daee, Danielle ; Fingerman, Ian ; Gillanders, Elizabeth

Research conducted over the past 15+ years has identified hundreds of common germline genetic variants associated with cancer risk but understanding the biological impact of these primarily non-protein coding variants has been challenging [1]. The National Cancer Institute sought to better understand and address those challenges by requesting input from the scientific community via a survey and a 2-day virtual meeting, which focused on discussions among participants. Here, we discuss challenges [...]

Menée à l'aide d'un modèle murin d'adénocarcinome du pancréas, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel une déficience de l'ARN hélicase UPF1 favorise le développement d'un microenvironnement tumoral immunosuppressif en augmentant la production d'espèces réactives de l'oxygène par les mitochondries

UPF1 deficiency enhances mitochondrial ROS which promotes an immunosuppressive microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma

Su, Wenjuan ; Kochen Rossi, Juan ; Nuevo-Tapioles, Cristina ; Chen, Ting ; Kawaler, Emily ; Branco, Cristina ; Wong, Kwok-Kin ; Simeone, Diane M. ; Gardner, Lawrence B. ; Philips, Mark R.

Upstream frameshift 1 (UPF1) is an RNA helicase involved in a number of mRNA regulatory processes including nonsense-mediated decay. Mutations in the UPF1 locus that reduce its expression have been associated with adenosquamous carcinoma of the pancreas, a particularly aggressive form of the disease. To determine the effect of Upf1 suppression in a murine model of pancreatic adenocarcinoma, we silenced with shRNA Upf1 in cells derived from an autochthonous tumor in an LSL-KrasG12D/+; [...]

Menée à partir de l'analyse transcriptomique de 186 échantillons tumoraux prélevés sur 116 patients atteints d'un carcinome à cellules de Merkel, cette étude démontre que la pré-existence de lymphocytes T gamma delta et CD8+ dans la peau favorise la réponse immunitaire contre les cellules cancéreuses et améliore l'efficacité de l'immunothérapie

Pre-existing skin-resident CD8 and γδ T cell circuits mediate immune response in Merkel cell carcinoma and predict immunotherapy efficacy

Reinstein, Zachary Z. ; Zhang, Yue ; Ospina, Oscar E. ; Nichols, Matt D. ; Chu, Victoria A. ; Pulido, Alvaro de Mingo. ; Prieto, Karol ; Nguyen, Jonathan V. ; Yin, Rui ; Moran Segura, Carlos ; Usman, Ahmed ; Sell, Brittney ; Ng, Spencer ; de la Iglesia, Janis V. ; Chandra, Sunandana ; Sosman, Jeffrey A. ; Cho, Raymond J. ; Cheng, Jeffrey B. ; Ivanova, Ellie ; Koralov, Sergei B. ; Slebos, Robbert J.C. ; Chung, Christine H. ; Khushalani, Nikhil I. ; Messina, Jane L. ; Sarnaik, Amod A. ; Zager, Jonathan S. ; Sondak, Vernon K. ; Vaske, Charles ; Kim, Sungjune ; Brohl, Andrew S. ; Mi, Xinlei ; Pierce, Brian ; Wang, Xuefeng ; Fridley, Brooke L. ; Tsai, Kenneth Y. ; Choi, Jaehyuk

Merkel cell carcinoma (MCC) is an aggressive neuroendocrine skin cancer with a ~50% response rate to immune checkpoint blockade (ICB) therapy. To identify predictive biomarkers, we integrated bulk and single-cell RNA-seq with spatial transcriptomics from a cohort of 186 samples from 116 patients, including bulk RNA-seq from 14 matched pairs pre- and post-ICB. In non-responders, tumors show evidence of increased tumor proliferation, neuronal stem cell markers, and IL-1. Responders have increased [...]

Menée à partir d'échantillons tumoraux issus de 921 patientes atteintes d'un cancer du sein HER2- de stade I-III, cette étude compare les caractéristiques biologiques et moléculaires des tumeurs en fonction du niveau d'expression des récepteurs aux estrogènes (non expression : ER < 1 % ; faible niveau d'expression : ER 1-9 % ; niveau d'expression intermédiaire : ER 10-50 %)

Immune and Gene-expression Profiling in Estrogen Receptor Low and Negative Early Breast Cancer

Massa, Davide ; Vernieri, Claudio ; Nicolè, Lorenzo ; Criscitiello, Carmen ; Boissière-Michot, Florence ; Guiu, Séverine ; Bobrie, Angélique ; Griguolo, Gaia ; Miglietta, Federica ; Vingiani, Andrea ; Lobefaro, Riccardo ; Taurelli Salimbeni, Beatrice ; Pinato, Claudia ; Schiavi, Francesca ; Brich, Silvia ; Pescia, Carlo ; Fusco, Nicola ; Pruneri, Giancarlo ; Fassan, Matteo ; Curigliano, Giuseppe ; Guarneri, Valentina ; Jacot, William ; Dieci, Maria Vittoria

Background : The cut-off of < 1% positive cells to define estrogen receptor (ER) negativity by immunohistochemistry (IHC) in breast cancer (BC) is debated. We explored the tumor immune microenvironment and gene-expression profile of patients with early-stage HER2-negative ER-low (ER 1-9%) BC, comparing them to ER-negative (ER < 1%) and ER-intermediate (ER 10-50%) tumors. Patients and Methods : Among 921 patients with early-stage I-III, ER ≤ 50%, HER2-negative BCs, tumors were classified as [...]

Menée à l'aide de modèles cellulaires de cancer du sein triple négatif ainsi que d'une approche combinant analyse génomique et cartographie optique, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel des facteurs de transcription oncogènes, en contrôlant la formation d'assemblages topologiques facilitant les interactions entre promoteurs et séquences amplificatrices, favorise l'expression aberrante de gènes dans les cellules cancéreuses

Oncogenic transcription factors instruct promoter-enhancer hubs in individual triple negative breast cancer cells

Zhao, Jingru ; Zhou, Yeqiao ; Tzelepis, Ilias ; Burget, Noah G. ; Shi, Junwei ; Faryabi, Robert B.

Sequencing-based mapping of ensemble pairwise interactions among regulatory elements support the existence of topological assemblies known as promoter-enhancer hubs or cliques in cancer. Yet, prevalence, regulators, and functions of promoter-enhancer hubs in individual cancer cells remain unclear. Here, we systematically integrated functional genomics, transcription factor screening, and optical mapping of promoter-enhancer interactions to identify key promoter-enhancer hubs, examine [...]

Menée à l'aide d'échantillons sanguins, d'échantillons de moelle osseuse crânienne, d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un glioblastome ainsi que d'une technique de radiomarquage et d'une technique d'imagerie, cette étude identifie une sous-population de lymphocytes T CD8+ se caractérisant par une réponse antitumorale prolongée

Cranioencephalic functional lymphoid units in glioblastoma

Dobersalske, Celia ; Rauschenbach, Laurèl ; Hua, Yichao ; Berliner, Christoph ; Steinbach, Anita ; Grüneboom, Anika ; Kokkaliaris, Konstantinos D. ; Heiland, Dieter H. ; Berger, Pia ; Langer, Sarah ; Tan, Chin L. ; Stenzel, Martin ; Landolsi, Somaya ; Weber, Flora ; Darkwah Oppong, Marvin ; Werner, Rudolf A. ; Gull, Hanah ; Schröder, Thomas ; Linsenmann, Thomas ; Buck, Andreas K. ; Gunzer, Matthias ; Stuschke, Martin ; Keyvani, Kathy ; Forsting, Michael ; Glas, Martin ; Kipnis, Jonathan ; Steindler, Dennis A. ; Reinhardt, Hans Christian ; Green, Edward W. ; Platten, Michael ; Tasdogan, Alpaslan ; Herrmann, Ken ; Rambow, Florian ; Cima, Igor ; Sure, Ulrich ; Scheffler, Björn

The ecosystem of brain tumors is considered immunosuppressed, but our current knowledge may be incomplete. Here we analyzed clinical cell and tissue specimens derived from patients presenting with glioblastoma or nonmalignant intracranial disease to report that the cranial bone (CB) marrow, in juxtaposition to treatment-naive glioblastoma tumors, harbors active lymphoid populations at the time of initial diagnosis. Clinical and anatomical imaging, single-cell molecular and immune cell profiling [...]