Menée à l'aide de techniques d'imagerie sur des modèles murins, cette étude met en évidence le rôle joué par des agrégats de progéniteurs de granulocytes et macrophages dans le développement d'une leucémie

Myeloid progenitor cluster formation drives emergency and leukaemic myelopoiesis

Hérault, Aurélie ; Binnewies, Mikhail ; Leong, Stephanie ; Calero-Nieto, Fernando J. ; Zhang, Si Yi ; Kang, Yoon- A. ; Wang, Xiaonan ; Pietras, Eric M. ; Chu, S. Haihua ; Barry-Holson, Keegan ; Armstrong, Scott ; Göttgens, Berthold ; Passegué, Emmanuelle

Although many aspects of blood production are well understood, the spatial organization of myeloid differentiation in the bone marrow remains unknown. Here we use imaging to track granulocyte/macrophage progenitor (GMP) behaviour in mice during emergency and leukaemic myelopoiesis. In the steady state, we find individual GMPs scattered throughout the bone marrow. During regeneration, we observe expanding GMP patches forming defined GMP clusters, which, in turn, locally differentiate into [...]

Menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels la protéine BCL6 favorise le développement d'un glioblastome

BCL6 promotes glioma and serves as a therapeutic target

Xu, Liang ; Chen, Ye ; Dutra-Clarke, Marina ; Mayakonda, Anand ; Hazawa, Masaharu ; Savinoff, Steve E. ; Doan, Ngan ; Said, Jonathan W. ; Yong, William H. ; Watkins, Ashley ; Yang, Henry ; Ding, Ling-Wen ; Jiang, Yan-Yi ; Tyner, Jeffrey W. ; Ching, Jianhong ; Kovalik, Jean-Paul ; Madan, Vikas ; Chan, Shing-Leng ; Müschen, Markus ; Breunig, Joshua J. ; Lin, De-Chen ; Koeffler, H. Phillip

ZBTB transcription factors orchestrate gene transcription during tissue development. However, their roles in glioblastoma (GBM) remain unexplored. Here, through a functional screening of ZBTB genes, we identify that BCL6 is required for GBM cell viability and that BCL6 overexpression is associated with worse prognosis. In a somatic transgenic mouse model, depletion of Bcl6 inhibits the progression of KrasG12V-driven high-grade glioma. Transcriptome analysis demonstrates the involvement of BCL6 [...]

Menée sur des lignées de cellules analogues à des cellules souches de glioblastome, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en induisant une surexpression du gène FOXM1, la déméthylase ALKBH5 favorise la prolifération des cellules cancéreuses

m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program

Zhang, Sicong ; Zhao, Boxuan Simen ; Zhou, Aidong ; Lin, Kangyu ; Zheng, Shaoping ; Lu, Zhike ; Chen, Yaohui ; Sulman, Erik P. ; Xie, Keping ; Bögler, Oliver ; Majumder, Sadhan ; He, Chuan ; Huang, Suyun

The dynamic and reversible N6-methyladenosine (m6A) RNA modification installed and erased by N6-methyltransferases and demethylases regulates gene expression and cell fate. We show that the m6A demethylase ALKBH5 is highly expressed in glioblastoma stem-like cells (GSCs). Silencing ALKBH5 suppresses the proliferation of patient-derived GSCs. Integrated transcriptome and m6A-seq analyses revealed altered expression of certain ALKBH5 target genes, including the transcription factor FOXM1. ALKBH5 [...]

Menée à l'aide de modèles murins de divers types de cancer, cette étude met en évidence le rôle joué par la voie de signalisation NRAS dans la formation de métastases pulmonaires

NRAS destines tumor cells to the lungs

Giannou, Anastasios D. ; Marazioti, Antonia ; Kanellakis, Nikolaos I. ; Giopanou, Ioanna ; Lilis, Ioannis ; Zazara, Dimitra E. ; Ntaliarda, Giannoula ; Kati, Danai ; Armenis, Vasileios ; Giotopoulou, Georgia A. ; Krontira, Anthi C. ; Lianou, Marina ; Agalioti, Theodora ; Vreka, Malamati ; Papageorgopoulou, Maria ; Fouzas, Sotirios ; Kardamakis, Dimitrios ; Psallidas, Ioannis ; Spella, Magda ; Stathopoulos, Georgios T.

The lungs are frequently affected by cancer metastasis. Although NRAS mutations have been associated with metastatic potential, their exact role in lung homing is incompletely understood. We cross-examined the genotype of various tumor cells with their ability for automatic pulmonary dissemination, modulated NRAS expression using RNA interference and NRAS overexpression, identified NRAS signaling partners by microarray, and validated them using Cxcr1- and Cxcr2-deficient mice. Mouse models of [...]

Menée sur des lignées cellulaires de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels une histone déméthylase (LSD1) et le récepteur ERRalpha coopèrent pour favoriser le processus invasif

ERRalpha induces H3K9 demethylation by LSD1 to promote cell invasion

Carnesecchi, Julie ; Forcet, Christelle ; Zhang, Ling ; Tribollet, Violaine ; Barenton, Bruno ; Boudra, Rafik ; Cerutti, Catherine ; Billas, Isabelle M. L. ; Sérandour, Aurélien A. ; Carroll, Jason S. ; Beaudoin, Claude ; Vanacker, Jean-Marc

Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) removes mono- and dimethyl groups from lysine 4 of histone H3 (H3K4) or H3K9, resulting in repressive or activating (respectively) transcriptional histone marks. The mechanisms that control the balance between these two antagonist activities are not understood. We here show that LSD1 and the orphan nuclear receptor estrogen-related receptor α (ERRα) display commonly activated genes. Transcriptional activation by LSD1 and ERRα involves H3K9 demethylation at [...]

Menée à l'aide de concepts issus de la physique statistique et de la théorie de l'information, cette étude présente un modèle d'interprétation du rôle de l'épigénome dans les processus de vieillissement et de cancérogenèse

Potential energy landscapes identify the information-theoretic nature of the epigenome

Jenkinson, Garrett ; Pujadas, Elisabet ; Goutsias, John ; Feinberg, Andrew P.

Epigenetics is the study of biochemical modifications carrying information independent of DNA sequence, which are heritable through cell division. In 1940, Waddington coined the term [ldquo]epigenetic landscape[rdquo] as a metaphor for pluripotency and differentiation, but methylation landscapes have not yet been rigorously computed. Using principles from statistical physics and information theory, we derive epigenetic energy landscapes from whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) data that [...]

A partir de données portant sur 365 380 projets financés par les National Institutes of Health entre 1980 et 2007, cette étude évalue le pourcentage de ces projets ayant fait l'objet d'une citation dans un brevet et, notamment, met en évidence qu'il n'y a pas de relation entre la nature "fondamentale" ou "appliquée" d'un projet de recherche et la probabilité qu'il soit cité dans un brevet

The applied value of public investments in biomedical research

Li, Danielle ; Azoulay, Pierre ; Sampat, Bhaven N.

Scientists and policy-makers have long argued that public investments in science have practical applications. Using data on patents linked to U.S. National Institutes of Health (NIH) grants over a 27-year period, we provide a large-scale accounting of linkages between public research investments and subsequent patenting. We find that about 10% of NIH grants generate a patent directly but 30% generate articles that are subsequently cited by patents. Although policy-makers often focus on direct [...]

Cet article passe en revue les travaux récents sur les approches numériques et expérimentales permettant d'étudier les conséquences fonctionnelles et phénotypiques des mutations génétiques

Functional variomics and network perturbation: connecting genotype to phenotype in cancer

Yi, Song ; Lin, Shengda ; Li, Yongsheng ; Zhao, Wei ; Mills, Gordon B. ; Sahni, Nidhi

Proteins interact with other macromolecules in complex cellular networks for signal transduction and biological function. In cancer, genetic aberrations have been traditionally thought to disrupt the entire gene function. It has been increasingly appreciated that each mutation of a gene could have a subtle but unique effect on protein function or network rewiring, contributing to diverse phenotypic consequences across cancer patient populations. In this Review, we discuss the current [...]

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 10 patients atteints d'un astrocytome et 6 patients atteints d'un oligodendrogliome (les 16 tumeurs présentant des mutations du gène IDH) et à l'aide de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude de séquençage à l'échelle des cellules uniques suggère notamment que la différence entre les deux types de gliome s'observe dans des modifications génétiques de lignées cellulaires spécifiques et dans la composition cellulaire du micro-environnement tumoral

Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq

Venteicher, Andrew S. ; Tirosh, Itay ; Hebert, Christine ; Yizhak, Keren ; Neftel, Cyril ; Filbin, Mariella G. ; Hovestadt, Volker ; Escalante, Leah E. ; Shaw, McKenzie L. ; Rodman, Christopher ; Gillespie, Shawn M. ; Dionne, Danielle ; Luo, Christina C. ; Ravichandran, Hiranmayi ; Mylvaganam, Ravindra ; Mount, Christopher ; Onozato, Maristela L. ; Nahed, Brian V. ; Wakimoto, Hiroaki ; Curry, William T. ; Iafrate, A. John ; Rivera, Miguel N. ; Frosch, Matthew P. ; Golub, Todd R. ; Brastianos, Priscilla K. ; Getz, Gad ; Patel, Anoop P. ; Monje, Michelle ; Cahill, Daniel P. ; Rozenblatt-Rosen, Orit ; Louis, David N. ; Bernstein, Bradley E. ; Regev, Aviv ; Suvà, Mario L.

Glioma brain tumors that carry mutant copies of the IDH gene can be subdivided into two major classes. However, the development of and differences between these two classes are not well characterized. Venteicher et al. coupled bulk sequencing and publicly available data with single-cell RNA sequencing data on glioma patient tissue samples. They identified a common lineage program that is shared between glioma subtypes. This suggests that the observed differences between the two glioma classes [...]