Menée à partir de l'analyse génétique de cellules issues de maladies coeliaques réfractaires de type II et de cellules issues de lymphomes à lymphocytes T associés à une enthéropathie, cette étude compare les caractéristiques mutationnelles de ces deux types cellulaires et identifie des mutations impliquées dans la lymphomagenèse

Oncogenetic landscape of lymphomagenesis in coeliac disease

Cording, Sascha ; Lhermitte, Ludovic ; Malamut, Georgia ; Berrabah, Sofia ; Trinquand, Amélie ; Guegan, Nicolas ; Villarèse, Patrick ; Kaltenbach, Sophie ; Meresse, Bertrand ; Khater, Sherine ; Dussiot, Michael ; Bras, Marc ; Cheminant, Morgane ; Tesson, Bruno ; Bole-Feysot, Christine ; Bruneau, Julie ; Molina, Thierry Jo ; Sibon, David ; Macintyre, Elizabeth ; Hermine, Olivier ; Cellier, Christophe ; Asnafi, Vahid ; Cerf-Bensussan, Nadine

Objective : Enteropathy-associated T-cell lymphoma (EATL) is a rare but severe complication of coeliac disease (CeD), often preceded by low-grade clonal intraepithelial lymphoproliferation, referred to as type II refractory CeD (RCDII). Knowledge on underlying oncogenic mechanisms remains scarce. Here, we analysed and compared the mutational landscape of RCDII and EATL in order to identify genetic drivers of CeD-associated lymphomagenesis. Design : Pure populations of RCDII-cells derived from [...]

Menée à l'aide d'un modèle murin n'exprimant pas la protéine p27, cette étude met en évidence le rôle du facteur de transcription SOX2 dans la tomorigenèse hypophysaire

SOX2 is required independently in both stem and differentiated cells for pituitary tumorigenesis in p27-null mice

Moncho-Amor, Veronica ; Chakravarty, Probir ; Galichet, Christophe ; Matheu, Ander ; Lovell-Badge, Robin ; Rizzoti, Karine

Tumor development can depend on cell intrinsic dysfunction, but, in some cases, extrinsic factors are important drivers. Here, we established a genetically tractable model, demonstrating that the same gene is relevant both cell autonomously and noncell autonomously for tumorigenesis. Deletion of p27, down-regulated in many tumors, predominantly leads to development of murine pituitary tumors. SOX2, transcriptionally derepressed in absence of P27, is important for tumorigenesis in this and other [...]

Menée à l'aide de données du projet "The Cancer Genome Atlas" et du portail "Genomic Data Commons" portant au total sur 9 626 échantillons tumoraux et menée à l'aide de lignées cellulaires et de modèles murins, cette étude identifie un mécanisme par lequel le long ARN intergénique non codant EPIC1 induit l'échappement immunitaire des cellules cancéreuses ainsi que la résistance de ces dernières à l'immunothérapie

LincRNA-immunity landscape analysis identifies EPIC1 as a regulator of tumor immune evasion and immunotherapy resistance

Guo, Weiwei ; Wang, Yue ; Yang, Min ; Wang, Zehua ; Wang, Yifei ; Chaurasia, Smriti ; Wu, Zhiyuan ; Zhang, Min ; Yadav, Ghanshyam Singh ; Rathod, Sanjay ; Concha-Benavente, Fernando ; Fernandez, Christian ; Li, Song ; Xie, Wen ; Ferris, Robert L. ; Kammula, Udai S. ; Lu, Binfeng ; Yang, Da

Through an integrative analysis of the lincRNA expression and tumor immune response in 9,626 tumor samples across 32 cancer types, we developed a lincRNA-based immune response (LIMER) score that can predict the immune cells infiltration and patient prognosis in multiple cancer types. Our analysis also identified tumor-specific lincRNAs, including EPIC1, that potentially regulate tumor immune response in multiple cancer types. Immunocompetent mouse models and in vitro co-culture assays [...]

Cet article identifie les principales sources d'hétérogénéité intratumorale et analyse leur impact sur l'évolution des tumeurs et la sensibilité des cellules cancéreuses à l'immunothérapie

Intratumoral heterogeneity in cancer progression and response to immunotherapy

Vitale, Ilio ; Shema, Efrat ; Loi, Sherene ; Galluzzi, Lorenzo

Most (if not all) tumors emerge and progress under a strong evolutionary pressure imposed by trophic, metabolic, immunological, and therapeutic factors. The relative impact of these factors on tumor evolution changes over space and time, ultimately favoring the establishment of a neoplastic microenvironment that exhibits considerable genetic, phenotypic, and behavioral heterogeneity in all its components. Here, we discuss the main sources of intratumoral heterogeneity and its impact on the [...]

Menée in vitro et à l'aide de modèles murins, cette étude démontre que l'acide lactique est essentiel à la fonction immunosuppressive des lymphocytes T régulateurs ayant infiltré la tumeur

Metabolic support of tumour-infiltrating regulatory T cells by lactic acid

Watson, McLane J. ; Vignali, Paolo D. A. ; Mullett, Steven J. ; Overacre-Delgoffe, Abigail E. ; Peralta, Ronal M. ; Grebinoski, Stephanie ; Menk, Ashley V. ; Rittenhouse, Natalie L. ; Depeaux, Kristin ; Whetstone, Ryan D. ; Vignali, Dario A. A. ; Hand, Timothy W. ; Poholek, Amanda C. ; Morrison, Brett M. ; Rothstein, Jeffrey D. ; Wendell, Stacy G. ; Delgoffe, Greg M.

Regulatory T (Treg) cells, although vital for immune homeostasis, also represent a major barrier to anti-cancer immunity, as the tumour microenvironment (TME) promotes the recruitment, differentiation and activity of these cells1,2. Tumour cells show deregulated metabolism, leading to a metabolite-depleted, hypoxic and acidic TME3, which places infiltrating effector T cells in competition with the tumour for metabolites and impairs their function4–6. At the same time, Treg cells maintain a [...]

Menée in vitro, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel TOR2 (une sous-unité catalytique du complexe protéique TORC1), en agissant sur le processus de dégradation de l'ARN nucléaire, régule l'hétérochromatine facultative, l'expression de gènes du développement et la prolifération cellulaire

TOR targets an RNA processing network to regulate facultative heterochromatin, developmental gene expression and cell proliferation

Wei, Yi ; Lee, Nathan N. ; Pan, Lixia ; Dhakshnamoorthy, Jothy ; Sun, Ling-Ling ; Zofall, Martin ; Wheeler, David ; Grewal, Shiv I. S.

Cell proliferation and differentiation require signalling pathways that enforce appropriate and timely gene expression. We find that Tor2, the catalytic subunit of the TORC1 complex in fission yeast, targets a conserved nuclear RNA elimination network, particularly the serine and proline-rich protein Pir1, to control gene expression through RNA decay and facultative heterochromatin assembly. Phosphorylation by Tor2 protects Pir1 from degradation by the ubiquitin-proteasome system involving the [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires, de drosophiles et de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel les peptides Dilp8/INSL3, sécrétés par les cellules cancéreuses, favorisent l'anorexie en régulant l'expression de neuropeptides impliqués dans la stimulation ou l'inhibition de l'appétit via les récepteurs Lgr3/8

Tumour-derived Dilp8/INSL3 induces cancer anorexia by regulating feeding neuropeptides via Lgr3/8 in the brain

Yeom, Eunbyul ; Shin, Hyemi ; Yoo, Wonbeak ; Jun, Eunsung ; Kim, Seokho ; Hong, Seung Hyun ; Kwon, Dae-Woo ; Ryu, Tae Hoon ; Suh, Jae Myoung ; Kim, Song Cheol ; Lee, Kyu-Sun ; Yu, Kweon

In patients with advanced-stage cancer, cancer-associated anorexia affects treatment success and patient survival. However, the underlying mechanism is poorly understood. Here, we show that Dilp8, a Drosophila homologue of mammalian insulin-like 3 peptide (INSL3), is secreted from tumour tissues and induces anorexia through the Lgr3 receptor in the brain. Activated Dilp8-Lgr3 signalling upregulated anorexigenic nucleobinding 1 (NUCB1) and downregulated orexigenic short neuropeptide F (sNPF) and [...]

A partir de l'analyse de données métabolomiques et protéogénomiques portant sur 99 glioblastomes d'origine humaine, cette étude identifie des mécanismes d'activation de la voie oncogène, des cibles thérapeutiques potentielles ainsi que des sous-types immunitaires et des distributions lipidiques spécifiques

Proteogenomic and metabolomic characterization of human glioblastoma

Wang, Liang-Bo ; Karpova, Alla ; Gritsenko, Marina A. ; Kyle, Jennifer E. ; Cao, Song ; Li, Yize ; Rykunov, Dmitry ; Colaprico, Antonio ; Rothstein, Joseph H. ; Hong, Runyu ; Stathias, Vasileios ; Cornwell, MacIntosh ; Petralia, Francesca ; Wu, Yige ; Reva, Boris ; Krug, Karsten ; Pugliese, Pietro ; Kawaler, Emily ; Olsen, Lindsey K. ; Liang, Wen-Wei ; Song, Xiaoyu ; Dou, Yongchao ; Wendl, Michael C. ; Caravan, Wagma ; Liu, Wenke ; Cui Zhou, Daniel ; Ji, Jiayi ; Tsai, Chia-Feng ; Petyuk, Vladislav A. ; Moon, Jamie ; Ma, Weiping ; Chu, Rosalie K. ; Weitz, Karl K. ; Moore, Ronald J. ; Monroe, Matthew E. ; Zhao, Rui ; Yang, Xiaolu ; Yoo, Seungyeul ; Krek, Azra ; Demopoulos, Alexis ; Zhu, Houxiang ; Wyczalkowski, Matthew A. ; McMichael, Joshua F. ; Henderson, Brittany L. ; Lindgren, Caleb M. ; Boekweg, Hannah ; Lu, Shuangjia ; Baral, Jessika ; Yao, Lijun ; Stratton, Kelly G. ; Bramer, Lisa M. ; Zink, Erika ; Couvillion, Sneha P. ; Bloodsworth, Kent J. ; Satpathy, Shankha ; Sieh, Weiva ; Boca, Simina M. ; Schürer, Stephan ; Chen, Feng ; Wiznerowicz, Maciej ; Ketchum, Karen A. ; Boja, Emily S. ; Kinsinger, Christopher R. ; Robles, Ana I. ; Hiltke, Tara ; Thiagarajan, Mathangi ; Nesvizhskii, Alexey I. ; Zhang, Bing ; Mani, D. R. ; Ceccarelli, Michele ; Chen, Xi S. ; Cottingham, Sandra L. ; Li, Qing Kay ; Kim, Albert H. ; Fenyö, David ; Ruggles, Kelly V. ; Rodriguez, Henry ; Mesri, Mehdi ; Payne, Samuel H. ; Resnick, Adam C. ; Wang, Pei ; Smith, Richard D. ; Iavarone, Antonio ; Chheda, Milan G. ; Barnholtz-Sloan, Jill S. ; Rodland, Karin D. ; Liu, Tao ; Ding, Li ; Agarwal, Anupriya ; Amin, Mitual ; An, Eunkyung ; Anderson, Matthew L. ; Andrews, David W. ; Bauer, Thomas ; Birger, Chet ; Birrer, Michael J. ; Blumenberg, Lili ; Bocik, William E. ; Borate, Uma ; Borucki, Melissa ; Burke, Meghan C. ; Cai, Shuang ; Calinawan, Anna P. ; Carr, Steven A. ; Cerda, Sandra ; Chan, Daniel W. ; Charamut, Alyssa ; Chen, Lin S. ; Chesla, David ; Chinnaiyan, Arul M. ; Chowdhury, Shrabanti ; Cieslik, Marcin P. ; Clark, David J. ; Culpepper, Houston ; Czernicki, Tomasz ; D'Angelo, Fulvio ; Day, Jacob ; De Young, Stephanie ; Demir, Emek ; Dhanasekaran, Saravana Mohan ; Dhir, Rajiv ; Domagalski, Marcin J. ; Druker, Brian ; Duffy, Elizabeth ; Dyer, Maureen ; Edwards, Nathan J. ; Edwards, Robert ; Elburn, Kimberly ; Ellis, Matthew J. ; Eschbacher, Jennifer ; Francis, Alicia ; Gabriel, Stacey ; Gabrovski, Nikolay ; Garofano, Luciano ; Getz, Gad ; Gillette, Michael A. ; Godwin, Andrew K. ; Golbin, Denis ; Hanhan, Ziad ; Hannick, Linda I. ; Hariharan, Pushpa ; Hindenach, Barbara ; Hoadley, Katherine A. ; Hostetter, Galen ; Huang, Chen ; Jaehnig, Eric ; Jewell, Scott D. ; Ji, Nan ; Jones, Corbin D. ; Karz, Alcida ; Kaspera, Wojciech ; Kim, Lyndon ; Kothadia, Ramani B. ; Kumar-Sinha, Chandan ; Lei, Jonathan ; Leprevost, Felipe D. ; Li, Kai ; Liao, Yuxing ; Lilly, Jena ; Liu, Hongwei ; Lubinski, Jan ; Madan, Rashna ; Maggio, William ; Malc, Ewa ; Malovannaya, Anna ; Mareedu, Sailaja ; Markey, Sanford P. ; Marrero-Oliveras, Annette ; Martinez, Nina ; Maunganidze, Nicollette ; McDermott, Jason E. ; McGarvey, Peter B. ; McGee, John ; Mieczkowski, Piotr ; Migliozzi, Simona ; Modugno, Francesmary ; Montgomery, Rebecca ; Newton, Chelsea J. ; Omenn, Gilbert S. ; Ozbek, Umut ; Paklina, Oxana V. ; Paulovich, Amanda G. ; Perou, Amy M. ; Pico, Alexander R. ; Piehowski, Paul D. ; Placantonakis, Dimitris G. ; Polonskaya, Larisa ; Potapova, Olga ; Pruetz, Barbara ; Qi, Liqun ; Ramkissoon, Shakti ; Resnick, Adam ; Richey, Shannon ; Riggins, Gregory ; Robinson, Karna ; Roche, Nancy ; Rohrer, Daniel C. ; Rood, Brian R. ; Rossell, Larissa ; Savage, Sara R. ; Schadt, Eric E. ; Shi, Yan ; Shi, Zhiao ; Shutack, Yvonne ; Singh, Shilpi ; Skelly, Tara ; Sokoll, Lori J. ; Stawicki, Jakub ; Stein, Stephen E. ; Suh, James ; Szopa, Wojciech ; Tabor, Dave ; Tan, Donghui ; Tansil, Darlene ; Thangudu, Ratna R. ; Tognon, Cristina ; Traer, Elie ; Tsang, Shirley ; Tyner, Jeffrey ; Um, Ki Sung ; Valley, Dana R. ; Vasaikar, Suhas ; Vatanian, Negin ; Velvulou, Uma ; Vernon, Michael ; Wan, Weiqing ; Wang, Junmei ; Webster, Alex ; Wen, Bo ; Whiteaker, Jeffrey R. ; Wilson, George D. ; Zakhartsev, Yuriy ; Zelt, Robert ; Zhang, Hui ; Zhang, Liwei ; Zhang, Zhen ; Zhao, Grace ; Zhu, Jun

Glioblastoma (GBM) is the most aggressive nervous system cancer. Understanding its molecular pathogenesis is crucial to improving diagnosis and treatment. Integrated analysis of genomic, proteomic, post-translational modification and metabolomic data on 99 treatment-naive GBMs provides insights to GBM biology. We identify key phosphorylation events (e.g., phosphorylated PTPN11 and PLCG1) as potential switches mediating oncogenic pathway activation, as well as potential targets for EGFR-, TP53-, [...]