Menée à l'aide de lignées cellulaires et de tissus de cancer gastrique, cette étude démontre que la protéine PIWIL1 favorise la carcinogenèse via un mécanisme indépendant des piARNs

PIWIL1 promotes gastric cancer via a piRNA-independent mechanism

Shi, Shuo ; Yang, Zhen-Zhen ; Liu, Sanhong ; Yang, Fan ; Lin, Haifan

Targeted cancer therapy aims to achieve specific elimination of cancerous but not normal cells. Recently, PIWI proteins, a subfamily of the PAZ-PIWI domain (PPD) protein family, have emerged as promising candidates for targeted cancer therapy. PPD proteins are essential for small noncoding RNA pathways. The Argonaute subfamily partners with microRNA and small interfering RNA, whereas the PIWI subfamily partners with PIWI-interacting RNA (piRNA). Both PIWI proteins and piRNA are mostly expressed [...]

Menée in vitro et à l'aide d'une xénogreffe sur un modèle murin, cette étude démontre que la protéine METTL6 est une méthyltransférase qui catalyse la formation de la 3-méthylcytidine en position 32 de l'ARN de transfert spécifique de la sérine et régule la pluripotence ainsi que la croissance des cellules tumorales

METTL6 is a tRNA m3C methyltransferase that regulates pluripotency and tumor cell growth

Ignatova, Valentina V. ; Kaiser, Steffen ; Ho, Jessica Sook Yuin ; Bing, Xinyang ; Stolz, Paul ; Tan, Ying Xim ; Lee, Chee Leng ; Gay, Florence Pik Hoon ; Lastres, Palma Rico ; Gerlini, Raffaele ; Rathkolb, Birgit ; Aguilar-Pimentel, Antonio ; Sanz-Moreno, Adrián ; Klein-Rodewald, Tanja ; Calzada-Wack, Julia ; Ibragimov, Emil ; Valenta, Magdalena ; Lukauskas, Saulius ; Pavesi, Andrea ; Marschall, Susan ; Leuchtenberger, Stefanie ; Fuchs, Helmut ; Gailus-Durner, Valerie ; de Angelis, Martin Hrabe ; Bultmann, Sebastian ; Rando, Oliver J. ; Guccione, Ernesto ; Kellner, Stefanie M. ; Schneider, Robert

Recently, covalent modifications of RNA, such as methylation, have emerged as key regulators of all aspects of RNA biology and have been implicated in numerous diseases, for instance, cancer. Here, we undertook a combination of in vitro and in vivo screens to test 78 potential methyltransferases for their roles in hepatocellular carcinoma (HCC) cell proliferation. We identified methyltransferase-like protein 6 (METTL6) as a crucial regulator of tumor cell growth. We show that METTL6 is a bona [...]

Menée à l'aide de lignées cellulaires, d'échantillons tumoraux humains et de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la protéine IL4I1, un point de contrôle immunitaire, active le récepteur des hydrocarbures aryliques AHR et favorise la progression tumorale

IL4I1 Is a Metabolic Immune Checkpoint that Activates the AHR and Promotes Tumor Progression

Sadik, Ahmed ; Somarribas Patterson, Luis F. ; Öztürk, Selcen ; Mohapatra, Soumya R. ; Panitz, Verena ; Secker, Philipp F. ; Pfänder, Pauline ; Loth, Stefanie ; Salem, Heba ; Prentzell, Mirja Tamara ; Berdel, Bianca ; Iskar, Murat ; Faessler, Erik ; Reuter, Friederike ; Kirst, Isabelle ; Kalter, Verena ; Foerster, Kathrin I. ; Jäger, Evelyn ; Guevara, Carina Ramallo ; Sobeh, Mansour ; Hielscher, Thomas ; Poschet, Gernot ; Reinhardt, Annekathrin ; Hassel, Jessica C. ; Zapatka, Marc ; Hahn, Udo ; von Deimling, Andreas ; Hopf, Carsten ; Schlichting, Rita ; Escher, Beate I. ; Burhenne, Jürgen ; Haefeli, Walter E. ; Ishaque, Naveed ; Böhme, Alexander ; Schäuble, Sascha ; Thedieck, Kathrin ; Trump, Saskia ; Seiffert, Martina ; Opitz, Christiane A.

Aryl hydrocarbon receptor (AHR) activation by tryptophan (Trp) catabolites enhances tumor malignancy and suppresses anti-tumor immunity. The context specificity of AHR target genes has so far impeded systematic investigation of AHR activity and its upstream enzymes across human cancers. A pan-tissue AHR signature, derived by natural language processing, revealed that across 32 tumor entities, interleukin-4-induced-1 (IL4I1) associates more frequently with AHR activity than IDO1 or TDO2, [...]

Menée in vitro et à l'aide de xénogreffes sur des modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la déméthylation induite par la déméthylase "LSD1" favorise la liaison du facteur de transcription pionnier FOXA1 à la chromatine dans les cellules cancéreuses de la prostate

Chromatin binding of FOXA1 is promoted by LSD1-mediated demethylation in prostate cancer

Gao, Shuai ; Chen, Sujun ; Han, Dong ; Wang, Zifeng ; Li, Muqing ; Han, Wanting ; Besschetnova, Anna ; Liu, Mingyu ; Zhou, Feng ; Barrett, David ; Luong, My Phu ; Owiredu, Jude ; Liang, Yi ; Ahmed, Musaddeque ; Petricca, Jessica ; Patalano, Susan ; Macoska, Jill A. ; Corey, Eva ; Chen, Sen ; Balk, Steven P. ; He, Housheng Hansen ; Cai, Changmeng

FOXA1 functions as a pioneer transcription factor by facilitating the access to chromatin for steroid hormone receptors, such as androgen receptor and estrogen receptor1–4, but mechanisms regulating its binding to chromatin remain elusive. LSD1 (KDM1A) acts as a transcriptional repressor by demethylating mono/dimethylated histone H3 lysine 4 (H3K4me1/2)5,6, but also acts as a steroid hormone receptor coactivator through mechanisms that are unclear. Here we show, in prostate cancer cells, that [...]

Menée à l'aide de modèles murins de cancer du sein, cette étude démontre que l'absence ou la présence de cellules NK modifie les effets des neutrophiles sur la colonisation métastatique

Dual roles of neutrophils in metastatic colonization are governed by the host NK cell status

Li, Peishan ; Lu, Ming ; Shi, Jiayuan ; Hua, Li ; Gong, Zheng ; Li, Qing ; Shultz, Leonard D. ; Ren, Guangwen

The role of neutrophils in solid tumor metastasis remains largely controversial. In preclinical models of solid tumors, both pro-metastatic and anti-metastatic effects of neutrophils have been reported. In this study, using mouse models of breast cancer, we demonstrate that the metastasis-modulating effects of neutrophils are dictated by the status of host natural killer (NK) cells. In NK cell-deficient mice, granulocyte colony-stimulating factor-expanded neutrophils show an inhibitory effect [...]

Cet article présente une méthode de reconstruction sous-clonale des tumeurs combinant algorithme d'apprentissage automatique et génétique théorique des populations

Subclonal reconstruction of tumors by using machine learning and population genetics

Caravagna, Giulio ; Heide, Timon ; Williams, Marc J. ; Zapata, Luis ; Nichol, Daniel ; Chkhaidze, Ketevan ; Cross, William ; Cresswell, George D. ; Werner, Benjamin ; Acar, Ahmet ; Chesler, Louis ; Barnes, Chris P. ; Sanguinetti, Guido ; Graham, Trevor A. ; Sottoriva, Andrea

Most cancer genomic data are generated from bulk samples composed of mixtures of cancer subpopulations, as well as normal cells. Subclonal reconstruction methods based on machine learning aim to separate those subpopulations in a sample and infer their evolutionary history. However, current approaches are entirely data driven and agnostic to evolutionary theory. We demonstrate that systematic errors occur in the analysis if evolution is not accounted for, and this is exacerbated with [...]

A partir des données du projet " Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes" portant sur 1 983 tumeurs de 28 types de cancer, cette étude analyse les caractéristiques génomiques des tumeurs en fonction du sexe des patients

Sex differences in oncogenic mutational processes

Li, Constance H. ; Prokopec, Stephenie D. ; Sun, Ren X. ; Yousif, Fouad ; Schmitz, Nathaniel ; Al-Shahrour, Fátima ; Atwal, Gurnit ; Bailey, Peter J. ; Biankin, Andrew V. ; Boutros, Paul C. ; Campbell, Peter J. ; Chang, David K. ; Cooke, Susanna L. ; Deshpande, Vikram ; Faltas, Bishoy M. ; Faquin, William C. ; Garraway, Levi ; Getz, Gad ; Grimmond, Sean M. ; Haider, Syed ; Hoadley, Katherine A. ; Jiao, Wei ; Kaiser, Vera B. ; Karlic, Rosa ; Kato, Mamoru ; Kübler, Kirsten ; Lazar, Alexander J. ; Louis, David N. ; Margolin, Adam ; Martin, Sancha ; Nahal-Bose, Hardeep K. ; Nielsen, G. Petur ; Nik-Zainal, Serena ; Omberg, Larsson ; P’ng, Christine ; Perry, Marc D. ; Polak, Paz ; Rheinbay, Esther ; Rubin, Mark A. ; Semple, Colin A. ; Sgroi, Dennis C. ; Shibata, Tatsuhiro ; Siebert, Reiner ; Smith, Jaclyn ; Stein, Lincoln D. ; Stobbe, Miranda D. ; Thai, Kevin ; Wright, Derek W. ; Wu, Chin-Lee ; Yuan, Ke ; Zhang, Junjun ; Aaltonen, Lauri A. ; Abascal, Federico ; Abeshouse, Adam ; Aburatani, Hiroyuki ; Adams, David J. ; Agrawal, Nishant ; Ahn, Keun Soo ; Ahn, Sung-Min ; Aikata, Hiroshi ; Akbani, Rehan ; Akdemir, Kadir C. ; Al-Ahmadie, Hikmat ; Al-Sedairy, Sultan T. ; Alawi, Malik ; Albert, Monique ; Aldape, Kenneth ; Alexandrov, Ludmil B. ; Ally, Adrian ; Alsop, Kathryn ; Alvarez, Eva G. ; Amary, Fernanda ; Amin, Samirkumar B. ; Aminou, Brice ; Ammerpohl, Ole ; Anderson, Matthew J. ; Ang, Yeng ; Antonello, Davide ; Anur, Pavana ; Aparicio, Samuel ; Appelbaum, Elizabeth L. ; Arai, Yasuhito ; Aretz, Axel ; Arihiro, Koji ; Ariizumi, Shun-ichi ; Armenia, Joshua ; Arnould, Laurent ; Asa, Sylvia ; Assenov, Yassen ; Aukema, Sietse ; Auman, J. Todd ; Aure, Miriam R. ; Awadalla, Philip ; Aymerich, Marta ; Bader, Gary D. ; Baez-Ortega, Adrian ; Bailey, Matthew H. ; Balasundaram, Miruna ; Balu, Saianand ; Bandopadhayay, Pratiti ; Banks, Rosamonde E. ; Barbi, Stefano ; Barbour, Andrew P. ; Barenboim, Jonathan ; Barnholtz-Sloan, Jill ; Barr, Hugh ; Barrera, Elisabet ; Bartlett, John ; Bartolome, Javier ; Bassi, Claudio ; Bathe, Oliver F. ; Baumhoer, Daniel ; Bavi, Prashant ; Baylin, Stephen B. ; Bazant, Wojciech ; Beardsmore, Duncan ; Beck, Timothy A. ; Behjati, Sam ; Behren, Andreas ; Niu, Beifang ; Bell, Cindy ; Beltran, Sergi ; Benz, Christopher ; Berchuck, Andrew ; Bergmann, Anke K. ; Bergstrom, Erik N. ; Berman, Benjamin P. ; Berney, Daniel M. ; Bernhart, Stephan H. ; Beroukhim, Rameen ; Berrios, Mario ; Bersani, Samantha ; Bertl, Johanna ; Betancourt, Miguel ; Bhandari, Vinayak ; Bhosle, Shriram G. ; Bieg, Matthias ; Bigner, Darell ; Binder, Hans ; Birney, Ewan ; Birrer, Michael ; Biswas, Nidhan K. ; Bjerkehagen, Bodil ; Bodenheimer, Tom ; Boice, Lori ; Bonizzato, Giada ; de Bono, Johann S. ; Boot, Arnoud ; Bootwalla, Moiz S. ; Borg, Ake ; Borkhardt, Arndt ; Boroevich, Keith A. ; Borozan, Ivan ; Borst, Christoph ; Bosenberg, Marcus ; Bosio, Mattia ; Boultwood, Jacqueline ; Bourque, Guillaume ; Bova, G. Steven ; Bowen, David T. ; Bowlby, Reanne ; Bowtell, David D. L. ; Boyault, Sandrine ; Boyce, Rich ; Boyd, Jeffrey ; Brazma, Alvis ; Brennan, Paul ; Brewer, Daniel S. ; Brinkman, Arie B. ; Bristow, Robert G. ; Broaddus, Russell R. ; Brock, Jane E. ; Brock, Malcolm ; Broeks, Annegien ; Brooks, Angela N. ; Brooks, Denise ; Brors, Benedikt ; Brunak, Søren ; Bruxner, Timothy J. C. ; Bruzos, Alicia L. ; Buchanan, Alex ; Buchhalter, Ivo ; Buchholz, Christiane ; Bullman, Susan ; Burke, Hazel ; Burkhardt, Birgit ; Burns, Kathleen H. ; Busanovich, John ; Bustamante, Carlos D. ; Butler, Adam P. ; Butte, Atul J. ; Byrne, Niall J. ; Børresen-Dale, Anne-Lise ; Caesar-Johnson, Samantha J. ; Cafferkey, Andy ; Cahill, Declan ; Calabrese, Claudia ; Caldas, Carlos ; Calvo, Fabien ; Camacho, Niedzica ; Campo, Elias ; Cantù, Cinzia ; Cao, Shaolong ; Carey, Thomas E. ; Carlevaro-Fita, Joana ; Carlsen, Rebecca ; Cataldo, Ivana ; Cazzola, Mario ; Cebon, Jonathan ; Cerfolio, Robert ; Chadwick, Dianne E. ; Chakravarty, Dimple ; Chalmers, Don ; Chan, Calvin Wing Yiu ; Chan, Kin ; Chan-Seng-Yue, Michelle ; Chandan, Vishal S. ; Chanock, Stephen J. ; Chantrill, Lorraine A. ; Chateigner, Aurélien ; Chatterjee, Nilanjan ; Chayama, Kazuaki ; Chen, Hsiao-Wei ; Chen, Jieming ; Chen, Ken ; Chen, Yiwen ; Chen, Zhaohong ; Cherniack, Andrew D. ; Chien, Jeremy ; Chiew, Yoke-Eng ; Chin, Suet-Feung ; Cho, Juok ; Cho, Sunghoon ; Choi, Jung Kyoon ; Choi, Wan ; Chomienne, Christine ; Chong, Zechen ; Choo, Su Pin ; Chou, Angela ; Christ, Angelika N. ; Christie, Elizabeth L. ; Chuah, Eric ; Cibulskis, Carrie ; Cibulskis, Kristian ; Cingarlini, Sara ; Clapham, Peter ; Claviez, Alexander ; Cleary, Sean ; Cloonan, Nicole ; Cmero, Marek ; Collins, Colin C. ; Connor, Ashton A. ; Cooper, Colin S. ; Cope, Leslie ; Corbo, Vincenzo ; Cordes, Matthew G. ; Cordner, Stephen M. ; Cortés-Ciriano, Isidro ; Covington, Kyle ; Cowin, Prue A. ; Craft, Brian ; Craft, David ; Creighton, Chad J. ; Cun, Yupeng ; Curley, Erin ; Cutcutache, Ioana ; Czajka, Karolina ; Czerniak, Bogdan ; Dagg, Rebecca A. ; Danilova, Ludmila ; Davì, Maria Vittoria ; Davidson, Natalie R. ; Davies, Helen ; Davis, Ian J. ; Davis-Dusenbery, Brandi N. ; Dawson, Kevin J. ; De La Vega, Francisco M. ; De Paoli-Iseppi, Ricardo ; Defreitas, Timothy ; Dei Tos, Angelo P. ; Delaneau, Olivier ; Demchok, John A. ; Demeulemeester, Jonas ; Demidov, German M. ; Demircioğlu, Deniz ; Dennis, Nening M. ; Denroche, Robert E. ; Pcawg Tumour Subtypes ; Clinical, Translation ; Pcawg Consortium

Sex differences have been observed in multiple facets of cancer epidemiology, treatment and biology, and in most cancers outside the sex organs. Efforts to link these clinical differences to specific molecular features have focused on somatic mutations within the coding regions of the genome. Here we report a pan-cancer analysis of sex differences in whole genomes of 1983 tumours of 28 subtypes as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium. We both confirm the [...]

A partir de l'analyse épigénétique de plasmocytes de myelomes multiples, cette étude met en évidence une association entre une activation anormale de la chromatine et le phénotype des plasmocytes malins

Chromatin activation as a unifying principle underlying pathogenic mechanisms in multiple myeloma

Ordoñez, Raquel ; Kulis, Marta ; Russinol, Nuria ; Chapaprieta, Vicente ; Carrasco-Leon, Arantxa ; García-Torre, Beatriz ; Charalampopoulou, Stella ; Clot, Guillem ; Beekman, Renee ; Meydan, Cem ; Duran-Ferrer, Martí ; Verdaguer-Dot, Núria ; Vilarrasa-Blasi, Roser ; Soler-Vila, Paula ; Garate, Leire ; Miranda, Estíbaliz ; José-Enériz, Edurne San ; Rodriguez-Madoz, Juan R. ; Ezponda, Teresa ; Martínez-Turrilas, Rebeca ; Vilas-Zornoza, Amaia ; Lara-Astiaso, David ; Dupéré-Richer, Daphné ; Martens, Joost H.A. ; El-Omri, Halima ; Taha, Ruba Y. ; Calasanz, María J. ; Paiva, Bruno ; Miguel, Jesus San ; Flicek, Paul ; Gut, Ivo ; Melnick, Ari ; Mitsiades, Constantine S. ; Licht, Jonathan D. ; Campo, Elias ; Stunnenberg, Hendrik G. ; Agirre, Xabier ; Prósper, Felipe ; Martin-Subero, Jose I.

Multiple myeloma (MM) is a plasma cell neoplasm associated with a broad variety of genetic lesions. In spite of this genetic heterogeneity, MMs share a characteristic malignant phenotype whose underlying molecular basis remains poorly characterized. In the present study, we examined plasma cells from MM using a multi-epigenomics approach and demonstrated that, when compared to normal B cells, malignant plasma cells showed an extensive activation of regulatory elements, in part affecting [...]