Nota Bene Cancer
Nota Bene Cancer est un bulletin hebdomadaire de veille bibliographique. En libre accès, Nota Bene Cancer permet à ses abonnés de gagner du temps pour se tenir informé de l’actualité scientifique et médicale dans les divers domaines de la recherche sur les cancers.
Rechercher des publications
Pour retrouver les publications signalées par Nota Bene Cancer (archives indexées à partir du n°127 du 1" mars 2012) :
Sommaire du n° 445 du 2 avril 2020
Biologie
Aberrations chromosomiques (1)
Menée à partir du séquençage de l'ensemble de l'exome de métastases cérébrales issues d'adénocarcinomes pulmonaires et menée à l'aide de xénogreffes sur des modèles murins, cette étude identifie des altérations génétiques contribuant au processus métastatique
Genomic characterization of human brain metastases identifies drivers of metastatic lung adenocarcinoma
Menée à partir du séquençage de l'ensemble de l'exome de métastases cérébrales issues d'adénocarcinomes pulmonaires et menée à l'aide de xénogreffes sur des modèles murins, cette étude identifie des altérations génétiques contribuant au processus métastatique
Genomic characterization of human brain metastases identifies drivers of metastatic lung adenocarcinoma
Shih, David J. H. ; Nayyar, Naema ; Bihun, Ivanna ; Dagogo-Jack, Ibiayi ; Gill, Corey M. ; Aquilanti, Elisa ; Bertalan, Mia ; Kaplan, Alexander ; D’Andrea, Megan R. ; Chukwueke, Ugonma ; Ippen, Franziska Maria ; Alvarez-Breckenridge, Christopher ; Camarda, Nicholas D. ; Lastrapes, Matthew ; McCabe, Devin ; Kuter, Ben ; Kaufman, Benjamin ; Strickland, Matthew R. ; Martinez-Gutierrez, Juan Carlos ; Nagabhushan, Deepika ; De Sauvage, Magali ; White, Michael D. ; Castro, Brandyn A. ; Hoang, Kaitlin ; Kaneb, Andrew ; Batchelor, Emily D. ; Paek, Sun Ha ; Park, Sun Hye ; Martinez-Lage, Maria ; Berghoff, Anna S. ; Merrill, Parker ; Gerstner, Elizabeth R. ; Batchelor, Tracy T. ; Frosch, Matthew P. ; Frazier, Ryan P. ; Borger, Darrell R. ; Iafrate, A. John ; Johnson, Bruce E. ; Santagata, Sandro ; Preusser, Matthias ; Cahill, Daniel P. ; Carter, Scott L. ; Brastianos, Priscilla K.
Brain metastases from lung adenocarcinoma (BM-LUAD) frequently cause patient mortality. To identify genomic alterations that promote brain metastases, we performed whole-exome sequencing of 73 BM-LUAD cases. Using case-control analyses, we discovered candidate drivers of brain metastasis by identifying genes with more frequent copy-number aberrations in BM-LUAD compared to 503 primary LUADs. We identified three regions with significantly higher amplification frequencies in BM-LUAD, including [...]
Oncogènes et suppresseurs de tumeurs (3)
Menée à l'aide notamment d'échantillons tumoraux issus de patients atteints d'un cancer colorectal et menée à l'aide de xénogreffes sur un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme de régulation des cellules souches cancéreuses impliquant l'aldéhyde déshydrogénase ALDH1A1 ainsi que la ligase TRIM21 et la sous-unité CSN6 du complexe protéique COP9
CSN6–TRIM21 axis instigates cancer stemness during tumorigenesis
Menée à l'aide notamment d'échantillons tumoraux issus de patients atteints d'un cancer colorectal et menée à l'aide de xénogreffes sur un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme de régulation des cellules souches cancéreuses impliquant l'aldéhyde déshydrogénase ALDH1A1 ainsi que la ligase TRIM21 et la sous-unité CSN6 du complexe protéique COP9
CSN6–TRIM21 axis instigates cancer stemness during tumorigenesis
Qin, Baifu ; Zou, Shaomin ; Li, Kai ; Wang, Huashe ; Wei, Wenxia ; Zhang, Boyu ; Xiao, Lishi ; Choi, Hyun Ho ; Tang, Qin ; Huang, Dandan ; Liu, Qingxin ; Pan, Qihao ; Meng, Manqi ; Fang, Lekun ; Lee, Mong-Hong
Background : Cancer stem cells (CSCs) are responsible for tumour initiation, metastasis and recurrence. However, the mechanism of CSC formation, maintenance and expansion in colorectal cancer (CRC) remains poorly characterised. Methods : The role of COP9 signalosome subunit 6 (CSN6) in regulating cancer stemness was evaluated by organoid formation and limited dilution analysis. The role of CSN6–TRIM21–OCT1–ALDH1A1 axis in CSC formation was evaluated in vitro and in vivo. The association of [...]
Menée à l'aide de données portant sur plusieurs cohortes de patients et menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel des lésions aiguës du rein favorisent le développement, à partir de cellules progénitrices rénales, d'adénomes et de carcinomes papillaires
Acute kidney injury promotes development of papillary renal cell adenoma and carcinoma from renal progenitor cells
Menée à l'aide de données portant sur plusieurs cohortes de patients et menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel des lésions aiguës du rein favorisent le développement, à partir de cellules progénitrices rénales, d'adénomes et de carcinomes papillaires
Acute kidney injury promotes development of papillary renal cell adenoma and carcinoma from renal progenitor cells
Peired, Anna Julie ; Antonelli, Giulia ; Angelotti, Maria Lucia ; Allinovi, Marco ; Guzzi, Francesco ; Sisti, Alessandro ; Semeraro, Roberto ; Conte, Carolina ; Mazzinghi, Benedetta ; Nardi, Sara ; Melica, Maria Elena ; De Chiara, Letizia ; Lazzeri, Elena ; Lasagni, Laura ; Lottini, Tiziano ; Landini, Samuela ; Giglio, Sabrina ; Mari, Andrea ; Di Maida, Fabrizio ; Antonelli, Alessandro ; Porpiglia, Francesco ; Schiavina, Riccardo ; Ficarra, Vincenzo ; Facchiano, Davide ; Gacci, Mauro ; Serni, Sergio ; Carini, Marco ; Netto, George J. ; Roperto, Rosa Maria ; Magi, Alberto ; Christiansen, Christian Fynbo ; Rotondi, Mario ; Liapis, Helen ; Anders, Hans-Joachim ; Minervini, Andrea ; Raspollini, Maria Rosaria ; Romagnani, Paola
Tissue injury and repair can contribute to subsequent development of cancer, especially in the setting of chronic damage and repeated cycles of tissue repair. It appears that acute injury may have a similar effect, at least in the kidney. Peired et al. first analyzed data from multiple independent cohorts of human patients and demonstrated a correlation between acute kidney injury and subsequent development of papillary renal cancer and recurrence of cancer in patients who had undergone surgery [...]
Menée in vitro et à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel le virus de l'herpès associé au sarcome de Kaposi favorise la tumorigenèse en augmentant la biosynthèse de la proline
Oncogenic human herpesvirus hijacks proline metabolism for tumorigenesis
Menée in vitro et à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel le virus de l'herpès associé au sarcome de Kaposi favorise la tumorigenèse en augmentant la biosynthèse de la proline
Oncogenic human herpesvirus hijacks proline metabolism for tumorigenesis
Choi, Un Yung ; Lee, Jae Jin ; Park, Angela ; Zhu, Wei ; Lee, Hye-Ra ; Choi, Youn Jung ; Yoo, Ji-Seung ; Yu, Claire ; Feng, Pinghui ; Gao, Shou-Jiang ; Chen, Shaochen ; Eoh, Hyungjin ; Jung, Jae U.
While understanding metabolic change of tumor cells is crucial to improve cancer therapy, current 2D cell culture condition may not fully recapitulate in vivo metabolic environment of tumors. Our metabolomics analysis demonstrates that proline metabolism is critical for the KSHV-transformed cell growth in 3D culture, not in 2D culture. Specifically, the KSHV K1 oncoprotein activates PYCR proline biosynthesis enzyme, increasing intracellular proline concentration for tumor cell growth in in [...]
Progression et métastases (4)
Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la kinase MAP4K4 régule négativement l'immunité antitumorale et l'immunité antivirale induites par les lymphocytes T CD8+
MAP4K4 negatively regulates CD8 T cell–mediated antitumor and antiviral immunity
Menée à l'aide de modèles murins, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la kinase MAP4K4 régule négativement l'immunité antitumorale et l'immunité antivirale induites par les lymphocytes T CD8+
MAP4K4 negatively regulates CD8 T cell–mediated antitumor and antiviral immunity
Esen, Emel ; Sergin, Ismail ; Jesudason, Rajiv ; Himmels, Patricia ; Webster, Joshua D. ; Zhang, Hua ; Xu, Min ; Piskol, Robert ; McNamara, Erin ; Gould, Stephen ; Capietto, Aude-Hélène ; Delamarre, Lelia ; Walsh, Kevin ; Ye, Weilan
CD8+ T cell activation is dependent on encounters with antigen-presenting cells (APCs) through immune synapse formation, which involves binding interactions mediated by multiple molecules on T cells, including lymphocyte function-associated antigen–1 (LFA-1). Here, Esen et al. show that mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 (MAP4K4) suppresses LFA-1 activation. CD8+ T cell activation is increased upon genetic deletion of Map4k4, which is caused by reduced phosphorylation of [...]
Menée à l'aide de modèles de cancer spontané du pancréas ou du poumon, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la pénurie de cellules dendritiques favorise le dysfonctionnement du système de surveillance immunitaire dans les cancers du pancréas
Dendritic Cell Paucity Leads to Dysfunctional Immune Surveillance in Pancreatic Cancer
Menée à l'aide de modèles de cancer spontané du pancréas ou du poumon, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la pénurie de cellules dendritiques favorise le dysfonctionnement du système de surveillance immunitaire dans les cancers du pancréas
Dendritic Cell Paucity Leads to Dysfunctional Immune Surveillance in Pancreatic Cancer
Hegde, Samarth ; Krisnawan, Varintra E. ; Herzog, Brett H. ; Zuo, Chong ; Breden, Marcus A. ; Knolhoff, Brett L. ; Hogg, Graham D. ; Tang, Jack P. ; Baer, John M. ; Mpoy, Cedric ; Lee, Kyung Bae ; Alexander, Katherine A. ; Rogers, Buck E. ; Murphy, Kenneth M. ; Hawkins, William G. ; Fields, Ryan C. ; DeSelm, Carl J. ; Schwarz, Julie K. ; DeNardo, David G.
Here, we utilized spontaneous models of pancreatic and lung cancer to examine how neoantigenicity shapes tumor immunity and progression. As expected, neoantigen expression during lung adenocarcinoma development leads to T cell-mediated immunity and disease restraint. By contrast, neoantigen expression in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) results in exacerbation of a fibro-inflammatory microenvironment that drives disease progression and metastasis. Pathogenic TH17 responses are [...]
Menée à l'aide de cellules tumorales circulantes issues de patientes atteintes d'un cancer du sein et menée à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la surexpression de certaines protéines ribosomales et de certaines protéines régulatrices de la traduction favorise le développement de métastases
Deregulation of ribosomal protein expression and translation promotes breast cancer metastasis
Menée à l'aide de cellules tumorales circulantes issues de patientes atteintes d'un cancer du sein et menée à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la surexpression de certaines protéines ribosomales et de certaines protéines régulatrices de la traduction favorise le développement de métastases
Deregulation of ribosomal protein expression and translation promotes breast cancer metastasis
Ebright, Richard Y. ; Lee, Sooncheol ; Wittner, Ben S. ; Niederhoffer, Kira L. ; Nicholson, Benjamin T. ; Bardia, Aditya ; Truesdell, Samuel ; Wiley, Devon F. ; Wesley, Benjamin ; Li, Selena ; Mai, Andy ; Aceto, Nicola ; Vincent-Jordan, Nicole ; Szabolcs, Annamaria ; Chirn, Brian ; Kreuzer, Johannes ; Comaills, Valentine ; Kalinich, Mark ; Haas, Wilhelm ; Ting, David T. ; Toner, Mehmet ; Vasudevan, Shobha ; Haber, Daniel A. ; Maheswaran, Shyamala ; Micalizzi, Douglas S.
Solid tumors shed a small number of cancer cells into the bloodstream, some of which are believed to contribute to metastasis. The molecular features that confer these circulating tumor cells (CTCs) with metastatic potential are poorly understood. Ebright et al. studied CTCs from breast cancer patients and found that cells with increased expression levels of certain ribosomal proteins and regulators of translation had greater metastatic capacity in a mouse model (see the Perspective by Ma and [...]
Deciphering cancer clues from blood
Menée à l'aide de cellules tumorales circulantes issues de patientes atteintes d'un cancer du sein et menée à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence un mécanisme par lequel la surexpression de certaines protéines ribosomales et de certaines protéines régulatrices de la traduction favorise le développement de métastases
Deciphering cancer clues from blood
Ma, Ning ; Jeffrey, Stefanie S.
Cancer is associated with considerable morbidity and mortality, and despite therapeutic advances, it still represents the second leading cause of death worldwide (1). As cancers grow, evolve, and spread, they shed circulating tumor cells (CTCs), as well as other tumor-associated cells and products, into the bloodstream. Capturing and analyzing CTCs or other tumor-associated cells and products from a patient's blood sample can provide insight into a particular cancer's biology, response to [...]
Menée in vitro et à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence le rôle des glycanes à longue chaîne riche en mannoses dans le processus métastatique des cholangiocarcinomes
Metastasis of cholangiocarcinoma is promoted by extended high-mannose glycans
Menée in vitro et à l'aide d'un modèle murin, cette étude met en évidence le rôle des glycanes à longue chaîne riche en mannoses dans le processus métastatique des cholangiocarcinomes
Metastasis of cholangiocarcinoma is promoted by extended high-mannose glycans
Park, Diane Dayoung ; Phoomak, Chatchai ; Xu, Gege ; Olney, Laura P. ; Tran, Khiem A. ; Park, Simon S. ; Haigh, Nathan E. ; Luxardi, Guillaume ; Lert-itthiporn, Worachart ; Shimoda, Michiko ; Li, Qiongyu ; Matoba, Nobuyuki ; Fierro, Fernando ; Wongkham, Sopit ; Maverakis, Emanual ; Lebrilla, Carlito B.
Cells assemble a dense layer composed of glycans on the plasma membrane, following nontemplated processes that can be perturbed during malignancy. The intrinsic heterogeneity of glycosylation presents challenges to unambiguously identifying disease-specific transformations and selectively targeting them while preventing off-target events. Here, we show that extended high-mannose glycans are more abundantly expressed in metastatic cholangiocarcinoma than in the parental tumor cells from which [...]
Ressources et infrastructures (Biologie) (5)
Cet article analyse les mécanismes impliqués dans le développement et la régulation des cellules souches cancéreuses puis identifie les cibles thérapeutiques potentielles
Cancer stemness in hepatocellular carcinoma: mechanisms and translational potential
Cet article analyse les mécanismes impliqués dans le développement et la régulation des cellules souches cancéreuses puis identifie les cibles thérapeutiques potentielles
Cancer stemness in hepatocellular carcinoma: mechanisms and translational potential
Tsui, Yu-Man ; Chan, Lo-Kong ; Ng, Irene Oi-Lin
Cancer stemness, referring to the stem-cell-like phenotype of cancer cells, has been recognised to play important roles in different aspects of hepatocarcinogenesis. A number of well-established cell-surface markers already exist for liver cancer stem cells, with potential new markers of liver cancer stem cells being identified. Both genetic and epigenetic factors that affect various signalling pathways are known to contribute to cancer stemness. In addition, the tumour microenvironment—both [...]
Menée à partir de données de séquençage de l'ADN de cellules sanguines issues d'environ 50 000 personnes et en appliquant la théorie génétique des populations, cette étude analyse l'évolution au cours du vieillissement des mutations génétiques de différentes populations de cellules sanguines et examine la façon dont certaines mutations peuvent conduire à l'expansion de certaines lignées clonales, à la diversité génétique des cellules normales ou au développement de cancers hématologiques
The evolutionary dynamics and fitness landscape of clonal hematopoiesis
Menée à partir de données de séquençage de l'ADN de cellules sanguines issues d'environ 50 000 personnes et en appliquant la théorie génétique des populations, cette étude analyse l'évolution au cours du vieillissement des mutations génétiques de différentes populations de cellules sanguines et examine la façon dont certaines mutations peuvent conduire à l'expansion de certaines lignées clonales, à la diversité génétique des cellules normales ou au développement de cancers hématologiques
The evolutionary dynamics and fitness landscape of clonal hematopoiesis
Watson, Caroline J. ; Papula, A. L. ; Poon, Gladys Y. P. ; Wong, Wing H. ; Young, Andrew L. ; Druley, Todd E. ; Fisher, Daniel S. ; Blundell, Jamie R.
Cells accumulate mutations as we age, and these mutations can be a source of diseases such as cancer. How cells containing mutations evolve, are maintained, and proliferate within the body has not been well characterized. Using a quantitative framework, Watson et al. applied population genetic theory to estimate mutation accumulation in cells in blood from sequencing data derived from nearly 50,000 healthy individuals (see the Perspective by Curtis). By evaluating how mutations differ between [...]
Quantifying mutations in healthy blood
Menée à partir de données de séquençage de l'ADN de cellules sanguines issues d'environ 50 000 personnes et en appliquant la théorie génétique des populations, cette étude analyse l'évolution au cours du vieillissement des mutations génétiques de différentes populations de cellules sanguines et examine la façon dont certaines mutations peuvent conduire à l'expansion de certaines lignées clonales, à la diversité génétique des cellules normales ou au développement de cancers hématologiques
Quantifying mutations in healthy blood
Curtis, Christina
Over time, somatic mutations accrue during normal cell division and tissue self-renewal. The patterns of age-associated somatic mutation have been perhaps most extensively characterized in the blood. Although many mutations are functionally benign, a subset represents premalignant initiating events in hematopoietic stem cells that result in clonal expansion. This clonal hematopoiesis confers an increased risk of hematologic malignancy (after the accrual of additional cooperating mutations), as [...]
Cet article analyse les différences entre les cancers sporadiques et héréditaires associés à la voie de signalisation RAS
Germline and sporadic cancers driven by the RAS pathway: parallels and contrasts
Cet article analyse les différences entre les cancers sporadiques et héréditaires associés à la voie de signalisation RAS
Germline and sporadic cancers driven by the RAS pathway: parallels and contrasts
Dunnett-Kane, V. ; Burkitt-Wright, E. ; Blackhall, F. H. ; Malliri, A. ; Evans, G. ; Lindsay, C. R.
Somatic mutations in RAS and related pathway genes such as NF1 have been strongly implicated in the development of cancer whilst also being implicated in a diverse group of developmental disorders named the “RASopathies”; including Neurofibromatosis 1 (NF1), Noonan syndrome (NS), Noonan syndrome with multiple lentigines (NSML), Costello syndrome (CS), cardio-facio-cutaneous syndrome (CFC), and capillary malformation-arteriovenous syndrome (CM-AVM). It remains unclear why i) there is little [...]
A partir de l'analyse génomique et transcriptomique de 416 échantillons prostatiques prélevés sur des hommes d'origine chinoise atteints ou non d'un cancer de la prostate et menée à l'aide de données portant sur 2 554 tumeurs de la prostate, cette étude met en évidence des différences entre les altérations génomiques identifiées chez les populations asiatiques et celles identifiées chez les populations européennes
A genomic and epigenomic atlas of prostate cancer in Asian populations
A partir de l'analyse génomique et transcriptomique de 416 échantillons prostatiques prélevés sur des hommes d'origine chinoise atteints ou non d'un cancer de la prostate et menée à l'aide de données portant sur 2 554 tumeurs de la prostate, cette étude met en évidence des différences entre les altérations génomiques identifiées chez les populations asiatiques et celles identifiées chez les populations européennes
A genomic and epigenomic atlas of prostate cancer in Asian populations
Li, Jing ; Xu, Chuanliang ; Lee, Hyung Joo ; Ren, Shancheng ; Zi, Xiaoyuan ; Zhang, Zhiming ; Wang, Haifeng ; Yu, Yongwei ; Yang, Chenghua ; Gao, Xiaofeng ; Hou, Jianguo ; Wang, Linhui ; Yang, Bo ; Yang, Qing ; Ye, Huamao ; Zhou, Tie ; Lu, Xin ; Wang, Yan ; Qu, Min ; Yang, Qingsong ; Zhang, Wenhui ; Shah, Nakul M. ; Pehrsson, Erica C. ; Wang, Shuo ; Wang, Zengjun ; Jiang, Jun ; Zhu, Yan ; Chen, Rui ; Chen, Huan ; Zhu, Feng ; Lian, Bijun ; Li, Xiaoyun ; Zhang, Yun ; Wang, Chao ; Wang, Yue ; Xiao, Guangan ; Jiang, Junfeng ; Yang, Yue ; Liang, Chaozhao ; Hou, Jianquan ; Han, Conghui ; Chen, Ming ; Jiang, Ning ; Zhang, Dahong ; Wu, Song ; Yang, Jinjian ; Wang, Tao ; Chen, Yongliang ; Cai, Jiantong ; Yang, Wenzeng ; Xu, Jun ; Wang, Shaogang ; Gao, Xu ; Wang, Ting ; Sun, Yinghao
Prostate cancer is the second most common cancer in men worldwide1. Over the past decade, large-scale integrative genomics efforts have enhanced our understanding of this disease by characterizing its genetic and epigenetic landscape in thousands of patients2,3. However, most tumours profiled in these studies were obtained from patients from Western populations. Here we produced and analysed whole-genome, whole-transcriptome and DNA methylation data for 208 pairs of tumour tissue samples and [...]
Menée à partir de l'analyse de l'exome et du transcriptome de cellules d'organoïdes dérivés de tumeurs cancéreuses ou de tissus sains de patients atteints d'un cancer colorectal sporadique d'apparition précoce et présentant des microsatellites stables, cette étude met en évidence des profils génétiques rares et distincts
Organoid cultures of early-onset colorectal cancers reveal distinct and rare genetic profiles
Menée à partir de l'analyse de l'exome et du transcriptome de cellules d'organoïdes dérivés de tumeurs cancéreuses ou de tissus sains de patients atteints d'un cancer colorectal sporadique d'apparition précoce et présentant des microsatellites stables, cette étude met en évidence des profils génétiques rares et distincts
Organoid cultures of early-onset colorectal cancers reveal distinct and rare genetic profiles
Yan, Helen H. N. ; Siu, Hoi Cheong ; Ho, Siu Lun ; Yue, Sarah S. K. ; Gao, Yang ; Tsui, Wai Yin ; Chan, Dessy ; Chan, April S. ; Wong, Jason W. H. ; Man, Alice H. Y. ; Lee, Bernard C. H. ; Chan, Annie S. Y. ; Chan, Anthony K. W. ; Hui, Ho Sang ; Cheung, Arthur K. L. ; Law, Wai Lun ; Lo, Oswens S. H. ; Yuen, Siu Tsan ; Clevers, Hans ; Leung, Suet Yi
Objective : Sporadic early-onset colorectal cancer (EOCRC) has bad prognosis, yet is poorly represented by cell line models. We examine the key mutational and transcriptomic alterations in an organoid biobank enriched in EOCRCs. Design : We established paired cancer (n=32) and normal organoids (n=18) from 20 patients enriched in microsatellite-stable EOCRC. Exome and transcriptome analysis was performed. Results : We observed a striking diversity of molecular phenotypes, including PTPRK-RSPO3 [...]
